カスタムオリゴDNA

次世代シーケンス解析用カスタムアダプターオリゴ

次世代シーケンスのプラットフォームに関わらず、ユニバーサルなインデックス用アダプター配列はフラグメントサンプルの正しいアセンブリに必要です。複数のサンプルを同時に解析する際、アダプター配列—特にインデックス用アダプターはMID(Multiplex Identifier)やバーコード配列を含んでおり、トランケートされた配列の割合が高くなったり(許容できないレベルの低純度の発生)、他のアダプター配列の混入比率が高まるほど(余分なクロスコンタミネーションの発生)、シーケンスリードの整合性が疑われたり、不正確なシーケンスアセンブリを引き起こす可能性があります。このような問題はデータ解析の過程まで発見できないため、時間やコストを無駄にしてしまうおそれがあります。

上記の理由から、アダプターの製造工程はシーケンス解析のランを成功するために非常に重要です。弊社のNext-Gen Sequencing Oligo(NGSO)は、適切な純度および低いクロスコンタミネーション率を達成するために厳しい条件のもとで製造されており、研究、商用利用、および分子診断など、幅広いニーズに対応しております。

下記の表をご参考に、実験ごとのニーズに応じた適切な製品グレードをお選びください。主な選択基準はそれぞれの品質管理システムに応じた、許容できるクロスコンタミネーションのしきい値に基づくことをお勧めします。(ISO 9001は研究および商用利用向けの品質管理、ISO13485は分子診断向けの品質管理)

 

Next-Gen Sequencing Oligos Specifications
グレード NGSO-1 NGSO-2 NGSO-3 NGSO-4
クロスコンタミネーション率 <3% <2% <2% <0.25%
合成スケール • 0.2 and 1.0 µmol • 0.2 µmol • 0.2, 1.0, and  2.0 µmol • 0.2, 1.0, 2.0, 3.0, 4.0, and 5.0 µmol
• ラージスケールはお問い合わせください • ラージスケールはお問い合わせください • ラージスケールはお問い合わせください • ラージスケールはお問い合わせください
純度 • 70-85% • 65-80% • 75-90% • 85-95%
鎖長 • 10 - 80 bases • 10 - 50 bases • 10 - 80 bases • 10 - 80 bases
修飾 • 5’-Phosphate • 5-Me-dC • 5’-Phosphate • 5’-Phosphate
• Phosphorothioate • Phosphorothioate • Phosphorothioate
• 5-Me-dC • 5-Me-dC • 5-Me-dC
フォーマット • 凍結乾燥あるいは溶液(チューブ入り) • 溶液、96wellプレート入り • 凍結乾燥、チューブ入り • 凍結乾燥、チューブ入り
機器の適合性 • Illumina HiSeq™, MiSeq®, and NextSeq™ • Life Technologies Ion Torrent • Illumina HiSeq, MiSeq, and NextSeq • Illumina HiSeq, MiSeq, and NextSeq
• Life Technologies Ion Torrent™ • Life Technologies Ion Torrent • Life Technologies Ion Torrent
• PacBio™ RS II • PacBio RS II • PacBio RS II
品質管理 • 100% mass spectrometry
• HPLCによる純度分析
• 品質保証シート(Certificate of Analysis)を提供可能
品質マネジメントシステム • ISO 9001 (research applications) • ISO 9001 (research, commercial applications) • ISO 9001 (research, commercial applications) • ISO 9001 (research, commercial applications)
• ISO 13485 (molecular diagnostic applications) • ISO 13485 (molecular diagnostic applications) • ISO 13485 (molecular diagnostic applications)
価格1 低い   高い
納期1 短い   長い

1 最小スケールの場合を前提としております。スケールによって変動いたします。

アダプターに加えて、主要な次世代シーケンシングプラットフォームでは解析ワークフローにおけるその他のステップで増幅プライマーなどの異なるタイプのオリゴヌクレオチドをしばしば必要とします(Figure 1)。これらのその他オリゴヌクレオチドはアダプターと異なり厳密なクロスコンタミネーションのコントロールは必要なく、標準的なカスタムオリゴDNA合成サービスでご利用頂けます。

Figure 1. 一般的な次世代シーケンス解析ワークフロー、および解析に必要なオリゴヌクレオチドの種類

 

下記表の通り、次世代シーケンス解析におけるオリゴヌクレオチドの種類に基づく精製グレードを推奨いたします。

 

Recommended Purification for Additional Next-Gen Oligonucleotides
Platform Illumina HiSeq, MiSeq, and NextSeq Life Technologies Ion Torrent PacBio RS II
Amplification Primers Cartridge or HPLC Not available Not applicable
Target Capture Probes HPLC HPLC HPLC
Blocking Oligos HPLC HPLC HPLC
Sequencing Primers Cartridge or HPLC Not applicable Cartridge or HPLC
Multiplexing Primers Not applicable Not applicable Cartridge or HPLC

カスタムオリゴDNAのご注文はこちら (Excelファイル:54KB)