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[Home](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it)[Applicazioni della reazione a catena della polimerasi](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/applications/genomics/pcr)Protocollo standard per la PCR
# Protocollo standard per la PCR
## Come eseguire la PCR
Una procedura standard di reazione a catena della polimerasi (PCR) si articola in quattro fasi:
1. Aggiungere i reagenti necessari o il mastermix e il templato nelle provette per PCR.
2. Miscelare e centrifugare.
\*Aggiungere olio minerale per impedire l'evaporazione in un termociclatore senza coperchio riscaldato.
3. Amplificare secondo i parametri del termociclatore e dei primer.
4. Valutare il DNA amplificato mediante elettroforesi su gel di agarosio seguita da colorazione con bromuro di etidio.

Di seguito vengono illustrate queste fasi in modo più dettagliato, insieme ad alcuni consigli sulla scelta dei materiali e dei reagenti. Si tratta di un protocollo PCR di base che utilizza la Taq DNA polimerasi.
## Fasi della PCR e componenti essenziali della PCR
La risoluzione dei problemi relativi a una reazione PCR coinvolge numerosi fattori. Guarda questa animazione per scoprire come la scelta dei componenti e delle condizioni di ciclo più adatti alle tue esigenze possa aiutarti a ottenere risultati ottimali.
* * *
Per ulteriori protocolli relativi ad altre polimerasi o tecniche PCR avanzate, consulta la sezione [“Protocolli”](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/pcr-technologies-protocols-introduction) della nostra Guida alle tecnologie PCR.
Scopri di più sulla PCR standard, compreso cosa sia, nella nostra [pagina Nozioni di base sulla PCR](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/routine-amplification).
## [](https://www.sigmaaldrich.com)Reagenti: cosa serve per la PCR?
Reagente utilizzato nella PCRProdotto consigliato
*Taq* DNA polimerasiScegliere la *Taq* DNA polimerasi in base alle proprie preferenze. (Vedere [la tabella](https://www.sigmaaldrich.com#taqdnapolymerase) separata [sulle *Taq* polimerasi](https://www.sigmaaldrich.com#taqdnapolymerase) riportata di seguito.)
Acqua per PCRAcqua per reagenti PCR
Primer diluiti alla concentrazione
di lavoro Per la maggior parte dei test sono sufficienti soluzioni madre da 10 µM.
Oligonucleotidi[Oligonucleotidi personalizzati](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/products/molecular-biology-and-functional-genomics/oligos-and-qpcr-probes/custom-predesigned-dna-oligos-and-qpcr-probes)
DNA da amplificareFornito dal ricercatore
Pipette dedicate
TermociclatoreCon blocchi di pozzetti di varie dimensioni o multiformato
Punte sterili per pipette con filtro
Provette da microcentrifuga sterili da 1,5 mL con tappo a viteProvette da microcentrifuga Corning® con tappo a vite
Provette o piastre per PCRScegliere in base al termociclatore:
Provette PCR singole da 200 µL a parete sottile
Provette in striscia da 200 µL
Piastri multipozzetto e sigilli per piastre
Miscela di dNTPMiscela di desossinucleotidi contenente 10 mM ciascuno di dATP, dCTP, dGTP e dTTP
\*Le miscele pronte all'uso includono già i dNTP
## Che cos’è la *Taq* polimerasi?
La *Taq* DNA polimerasi è un enzima termostabile derivato dal batterio termofilo *Thermus aquaticus.* È comunemente utilizzata per amplificare frammenti di DNA nella PCR. L'enzima si presenta in forma ricombinante, espresso in *E. coli*. È in grado di resistere a ripetuti riscaldamenti a 95 °C (come richiesto dalla tecnica PCR) senza una significativa perdita di attività. L'enzima ha un peso molecolare di circa 94 kDa, determinato mediante SDS-PAGE, e non presenta attività endonucleasica o esonucleasica rilevabile. Presenta attività di DNA polimerasi 5'→3' e attività esonucleasica 5'→3'. Ogni lotto di *Taq* DNA polimerasi viene testato per l’amplificazione PCR e il sequenziamento a doppio filamento. L’enzima è fornito a 5 unità/µL ed è accompagnato da un tampone di reazione 10x ottimizzato.
[](https://www.sigmaaldrich.com)
### *Taq* DNA polimerasi standard
Utilizzare la tabella sottostante per selezionare una miscela appropriata di *Taq* DNA polimerasi in base alle proprie condizioni di reazione. È possibile scegliere tra formulazioni trasparenti o colorate di rosso, con o senza cloruro di magnesio (MgCl₂), oppure un mix pronto all'uso o un master mix con tampone e dNTP.
Contenente MgCl₂ Separare il MgCl₂Miscela pronta
Formulazione trasparente senza coloranteCon colorante rosso per l’applicazione diretta sui gelFormulazione trasparente senza coloranteCon colorante rosso per il caricamento diretto sui gelFormulazione trasparente senza colorante
*Taq* DNA polimerasi da *Thermus aquaticus* (D1806)*REDTaq®* DNA polimerasi
(D4309)Taq DNA polimerasi da *Thermus aquaticus*, senza MgCl₂ (D4545)Miscela
di reazione PCR *REDTaq®* ReadyMix™ (R2523)Miscela
di reazione PCR ReadyMix™ *Taq* (P4600)
__Definizione dell'unità:__ un'unità incorpora 10 nmol di desossiribonucleosidi trifosfati totali nel DNA precipitabile con acido in 30 minuti a 74 °C.
## [](https://www.sigmaaldrich.com)Procedura: fasi della PCR
Le condizioni ottimali relative alla concentrazione della *Taq* DNA polimerasi, del DNA matrice, dei primer e del MgCl₂ dipenderanno dal sistema utilizzato. Potrebbe essere necessario determinare le condizioni ottimali per ogni singolo componente. Ciò vale in particolare per la *Taq* DNA polimerasi, i parametri di ciclo e la concentrazione di MgCl₂. Si raccomanda di effettuare una titolazione dell’enzima e del MgCl₂ per determinare l’efficienza ottimale.
1. __Aggiungere i reagenti in una provetta di dimensioni adeguate__ nell’ordine indicato nella tabella. (Selezionare la tabella appropriata per la preparazione della reazione: reagenti standard o pre-miscelati.) Per un numero elevato di reazioni, è opportuno preparare un mastermix senza il DNA matrice e suddividerlo in aliquote nelle provette di reazione. Al termine, il DNA matrice deve essere aggiunto alle provette appropriate.
### Reazione PCR standard
ImportoComponenteConcentrazione finale
w µLAcqua
5 µLTampone PCR 10x ([P2192](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/product/sigma/P2192) o [P2317](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/product/sigma/P2317))\*1x
1 µLMiscela di desossinucleotidi200 µM
w µLPrimer
diretto (lunghezza tipica 15-30 basi)0,1-0,5 µM
x µL
Primer
inverso (lunghezza tipica: 15-30 basi)
0,1-0,5 µM
0,5 µL
*Taq* DNA polimerasi*
0,05 unità/µL
y µL
DNA matrice (in genere 10 ng)
200 pg/µL
z µL
25 mM MgCl₂ (da utilizzare solo con il tampone [P2317](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/product/sigma/P2317))
0,1-0,5 mM
__50 µL__
__Volume__
__totale di reazione__
\*Acquista il tampone e la *Taq* polimerasi insieme: D1806, D4309 o D4545
### Reazione PCR pronta all’uso
ImportoComponenteConcentrazione finale
25 µL
Readymix ([R2523](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/product/sigma/R2523) o [P4600](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/product/sigma/P4600))
w µL
Primer
di senso positivo (lunghezza tipica 15-30 basi)
0,1-0,5 µM
x µL
Primer
inverso (di solito lungo 15-30 basi)
0,1-0,5 µM
y µL
DNA matrice (tipicamente 10 ng)
200 pg/µL
z µL
Acqua
__50 µL__
__Volume totale della reazione__
2\. __Miscelare delicatamente con il vortex e centrifugare brevemente__ per far depositare tutti i componenti sul fondo della provetta.
Nota: aggiungere 50 µL di olio minerale nella parte superiore di ciascuna provetta per impedire l’evaporazione se si utilizza un termociclatore senza coperchio riscaldato.
3\. __Eseguire l’amplificazione.__ I parametri di amplificazione variano a seconda dei primer e del termociclatore utilizzato. Potrebbe essere necessario ottimizzare il sistema per i singoli primer, il modello e il termociclatore.
### Parametri tipici di ciclizzazione
Si raccomandano 25-30 cicli di amplificazione.
| | | |
|----------------------------|----------------|--------|
| Fase della PCR | Temperatura °C | Durata |
| Denaturazione del template | 94 °C | 1 min |
| Hibridazione dei primer | 55 °C | 2 min |
| Estensione | 72 °C | 3 min |
4\. __Il DNA amplificato può essere analizzato mediante [elettroforesi su gel di agarosio](https://www.sigmaaldrich.com/CH/it/technical-documents/protocol/genomics/nucleic-acid-gel-electrophoresis/nucleic-acid-electrophoresis) e successiva colorazione con bromuro di etidio.__
Nota: lo strato di olio minerale può essere rimosso mediante un’unica estrazione con cloroformio (1:1), recuperando la fase acquosa.
### [](https://www.sigmaaldrich.com)Reagenti per l’elettroforesi degli acidi nucleici
- Agarosio (gel prefabbricati, polvere, ecc.)
- Tamponi quali MOPS-EDTA-acetato di sodio, tris-acetato-EDTA (TAE) o tris-borato-EDTA (TBE)
- Soluzione di caricamento del gel e tampone di caricamento del campione per l’RNA
- Colorante per elettroforesi, ad esempio bromuro di etidio
1\.
Cheng S, Fockler C, Barnes WM, Higuchi R. 1994. Effective amplification of long targets from cloned inserts and human genomic DNA.. Proceedings of the National Academy of Sciences. 91(12):5695-5699. [https://doi.org/10.1073/pnas.91.12.5695](https://doi.org/10.1073/pnas.91.12.5695)
2\.
Chou Q. 1992. Minimizing deletion mutagenesis artifact duringTaqDNA polymerase PCR byE.coliSSB. Nucl Acids Res. 20(16):4371-4371. [https://doi.org/10.1093/nar/20.16.4371](https://doi.org/10.1093/nar/20.16.4371)
3\.
Innis MA. 1995. PCR Strategies. New York: Academic Press.
4\.
Innis MA. 1990. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. New York: Academic Press.
5\.
Innis MA, Myambo KB, Gelfand DH, Brow MA. 1988. DNA sequencing with Thermus aquaticus DNA polymerase and direct sequencing of polymerase chain reaction-amplified DNA.. Proceedings of the National Academy of Sciences. 85(24):9436-9440. [https://doi.org/10.1073/pnas.85.24.9436](https://doi.org/10.1073/pnas.85.24.9436)
6\.
Newton CR. 1995. PCR: Essential Data. 1. Wiley-Blackwell.
7\.
Olive DM, Simsek M, Al-Mufti S. 1989. Polymerase chain reaction assay for detection of human cytomegalovirus.. 27(6):1238-1242. [https://doi.org/10.1128/jcm.27.6.1238-1242.1989](https://doi.org/10.1128/jcm.27.6.1238-1242.1989)
8\.
Pääbo S, Gifford JA, Wilson AC. 1988. Mitochondrial DNA sequences from a 7000-year old brain. Nucl Acids Res. 16(20):9775-9787. [https://doi.org/10.1093/nar/16.20.9775](https://doi.org/10.1093/nar/16.20.9775)
9\.
Erlich HA. 1989. PCR technology : principles and applications for DNA amplification. New York: Stockton Press.
10\.
Sambrook J, Fritsch E, Maniatis T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 1. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
11\.
Sarkar G, Kapelner S, Sommer SS. 1990. Formamide can dramatically improve the specificity of PCR. Nucl Acids Res. 18(24):7465-7465. [https://doi.org/10.1093/nar/18.24.7465](https://doi.org/10.1093/nar/18.24.7465)
12\.
Winship PR. 1989. An lmproved method for directly sequencing PCR-amplified material using dimethyl sulphoxide. Nucl Acids Res. 17(3):1266-1266. [https://doi.org/10.1093/nar/17.3.1266](https://doi.org/10.1093/nar/17.3.1266)
## Dichiarazione relativa alla licenza dell’etichetta
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## Materiali
Si è verificato un errore inatteso.
Response not successful: Received status code 500
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