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微生物多组学服务

从样本收集到测序和代谢物鉴定,微生物组学研究领域对可用于治疗人类和环境疾病的可重复、可转化价值数据的需求从未间断。我们的微生物组服务以多组学形式提供,面向希望外包微生物组样本测序和代谢物鉴定的全球客户,可为客户提供支持云端存取、全面、直观的生物信息学数据报告。

我们正在将微生物多组学服务添加到我们的 Sigma-Aldrich®产品组合中,以满足客户对不同生物和环境样品的需求,并提供从样品制备到统计报告的强大而全面的检测和分析服务。我们可满足各种应用的需求,包括从用于细菌物种分类的16S扩增子测序到用于确定菌株或亚种水平特异性和功能分析的鸟枪法宏基因组测序。我们的代谢分析服务包括特定组合代谢物的靶向鉴定和非靶向筛查。

对于大量复杂的数据,生物信息学和统计工具程序必须简单易用,因此基于云端的微生物组学平台将使得新手和有经验的用户都能够为他们的研究项目分析和生成可供发表的数据。生物信息学数据库会随着新物种的鉴定而定期更新,而云端的应用程序也可通过网络进行访问,因此无需任何的年度授权或软件下载。作为服务产品的一部分,所生成的项目数据将会被上传到云端,并生成可下载的HTML报告。该报告是动态且可互动的,并可通过电子邮件发送给合作者,同时也可在参考文献中被引用。

我们的专家可以在您的整个服务项目过程中分别助力于用于微生物组学生物样本收集制备的上游临床研究设计、统计分析和下游报告。


索取信息


微生物组学平台包括了多组学的方法

  • 宏基因组学服务
    • 16S扩增子测序
    • 鸟枪法宏基因组测序
    • SMURF测序
  • 用于生物信息学的云端宏基因组学平台
    • 服务索取和跟踪样本运输和项目状态
    • 标准化且及时更新的测序数据库
    • 用于16S和鸟枪法宏基因组测序数据文件的直观生物信息学软件
  • 代谢组学服务
    • 靶向的代谢物组合检测
    • 非靶向的代谢物筛查

生物信息学的直觉

微生物组学服务比较条形图

为了将我们的内部微生物组学平台与竞品进行比较,我们使用了16S-seq标准品模拟混合物,包括由我们的微生物组学服务实验室测序的23个样本和具有公开可用Illumina MiSeq测序数据的9个已发表样本1,2,3。我们可通过我们的微生物组学平台运行每个样本,并将其与竞品的商业云平台以及使用我们内部开发和典藏的16S (V3-V4)数据库运行的学术算法进行了比较。物种水平的结果是通过使用F1 score、precision和recall进行比较的。Precision与假阳性细菌的数量成反比,recall与未检测到的真阳性细菌的数量成反比。F1 score是precison和recall的结合,是对计算的和已知的分类概况的相匹配程度的一种总体衡量标准。结果表明,我们的微生物组学平台可在复杂微生物群落的物种级分析中实现强大的性能。

微生物组学服务追踪程序

微生物组学项目状态追踪程序

紫色:客户;青色:微生物组学服务实验室

我们希望为您提供一种简单易行的方式来追踪您的服务项目的状态,包括从样本运送到我们的服务实验室,到最终数据报告上传和与我们专家的咨询。通过在我们的微生物学组平台上设置一个帐户您将能够返回到您的项目并调整文献或QC要求中可能已更改的参数,并重新运行分类和比较分析。


参考文献

1.
Gohl DM, Vangay P, Garbe J, MacLean A, Hauge A, Becker A, Gould TJ, Clayton JB, Johnson TJ, Hunter R, et al. 2016. Systematic improvement of amplicon marker gene methods for increased accuracy in microbiome studies. Nat Biotechnol. 34(9):942-949. http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3601
2.
Tourlousse DM, Yoshiike S, Ohashi A, Matsukura S, Noda N, Sekiguchi Y. Synthetic spike-in standards for high-throughput 16S rRNA gene amplicon sequencing. Nucleic Acids Res.gkw984. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkw984
3.
Schirmer M, Ijaz UZ, D'Amore R, Hall N, Sloan WT, Quince C. 2015. Insight into biases and sequencing errors for amplicon sequencing with the Illumina MiSeq platform. 43(6):e37-e37. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku1341