欢迎使用所介绍的肽文库设计和计算器工具

您可同时启动设计工具并查看这些教程,或仅查看参考图表。

为您的目标天然蛋白设计重叠的肽片段文库。该肽文库设计工具的功能包括设置自定义序列参数(肽长度和氨基酸补偿)、格式化序列输出并将自定义的肽文库序列导出到其他程序(Microsoft Word、Excel等)。

  1. 进入设计工具。
  2. 选择您希望设计的文库类型。
选择-一种-文库-类型-进行-设计
  1. 复制并粘贴目标蛋白的序列至标记有“输入蛋白序列”的大文本框内。这一栏可接受单字母的氨基酸编码以及大小写字母。或者,您可在该栏输入目标蛋白的序列。
蛋白序列
  1. 输入所需要的肽长度。该肽序列长度的考虑将会影响肽文库设计的成功。该栏可从6至20个氨基酸中进行选择。
设置肽序列参数
  1. 氨基酸重叠:该值(1-20)决定了移码或肽序列沿天然蛋白序列移动的残基数。小的重叠(如1或2)将会确保更高几率的多重表位匹配。大的重叠(如>6+)将会产生具有更少肽的文库,但多重表位匹配的几率也会最低。

    在设计肽文库时,肽长度和氨基酸重叠非常重要,下表表明了肽长度和氨基酸补偿数之间关系:
表1.肽长度和补偿数之间不同组合的潜在影响总结。
表2.在一组给定预定义参数(肽长度和氨基酸补偿数)的蛋白中肽序列的数量。
  1. 格式化肽输出。该部分可实现肽文库序列的输出定制化。
格式化序列输出

a)着色:该选项将通过颜色直观显示肽序列中每个氨基酸的疏水性分类。这使您可以根据氨基酸的组成直观地确定每个肽序列的潜在合成和/或溶解困难。

着色

b)阶梯:该选项会按序列参数中确定的氨基酸重叠显示肽文库的序列。基于此格式可以快速确定潜在错过的表位,因为您可以轻松地看到相对于相邻序列的氨基酸重叠。示例蛋白序列:AVHNDTMTFRAPHSTWSEISILLQEVGSLGLSGDLRCGQRSQESP 基于长度为15的肽以及氨基酸重叠为5而计算得到的肽序列:

阶梯

c)计算亲水指数:该数值预测了肽序列在水溶液中的溶解度特征。所呈现出的数值是基于每个氨基酸的已知亲水性值除以肽序列长度的加权平均值。该值是基于Fauchere&Pliska(1988)的乙酰氨基氨基酰基酰胺(Ac-AA-am)自由能转移模型系统,以及Monera的肽模型系统在pH 7时的RP-HPLC保留时间。

下表显示了Fauchere & Pliska和Monera等疏水指数的关联性:

疏水指数
  1. 点击“计算”以根据定义的序列参数和序列输出生成肽文库序列。所生产的序列总数将会显示在屏幕的右下方。
执行-功能
总肽数量
  1. 点击”复制输出“以将序列导出到另一个文件(如Microsoft Word、Excel等)。该序列格式会自动以制表符进行分隔,因此所有的信息都以单独的列进行放置。在选择“复制输出”后,会自动复制数据并可将其粘贴到所选的文件类型中。您将不会收到序列可供粘贴的提示。

    如需使用设计工具的输出进行下单,可访问PEPscreen订购中心。

    点击”重置“来清除工具中所有的蛋白序列和设计结果。这将会重置(清除)所有数据,以便您可以开始新的设计或修改肽序列参数或格式序列输出参数。

如果您有任何关于该工具的问题或建议,请联系contact peptides@sial.com。