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Interacciones de ácidos nucleicos y proteínas

Procedimiento del análisis de inmunoprecipitación de la cromatina (CHIP)

Las proteínas son las moléculas principales del interior de una célula y son responsables de la miríada de actividades biológicas que las células experimentan para funcionar y sobrevivir. Curiosamente un conjunto diverso de proteínas también interactúa con el ADN. El ADN de nuestros cromosomas suele estar estrechamente empaquetado alrededor de las proteínas en lo que se denominan cromátidas dentro del cromosoma. Estos haces de proteínas y ADN ayudan a empaquetar el ADN en una forma compacta dentro del núcleo celular. Los investigadores han desarrollado potentes herramientas y técnicas moleculares para aislar estos grupos de proteínas y ADN y otros complejos de proteínas de unión al ADN para otras aplicaciones posteriores.

Inmunoprecipitación

Mediante inmunoprecipitación utilizando anticuerpos muy específicos contra el ARN y las proteínas de unión al ADN (por ejemplo, factores de transcripción), los científicos pueden evaluar la regulación de las vías moleculares y comprender mejor la función génica en tejidos sanos y enfermos.

En la actualidad se dispone de numerosas tecnologías y métodos para investigar las interacciones proteína-ARN y proteína-ADN y son adecuados para otros análisis posteriores. Por ejemplo,los análisis de inmunoprecipitación de la cromatina (CHIP) se utilizan a menudo para investigar las interacciones entre el factor de transcripción y el ADN para estudios de expresión génica y modificación epigenética. Por otro lado, los análisis de precipitación de ARN (RIP) se utilizan comúnmente para investigar las proteínas que se unen a los ARNm, los ARN no codificantes, los miARN y los ARN víricos. Un reto común en los estudios de inmunoprecipitación es la especificidad y el acceso del anticuerpo a la proteína de interés. Para esquivar algunos de estos problemas, los investigadores utilizarán la tecnología de proteínas recombinantes para expresar proteínas modificadas con etiquetas únicas, como la etiqueta hemaglutinina (HA), que el anticuerpo apropiado reconoce con gran especificidad.

Tecnología de ensayo de ligadura de proximidad

Curiosamente los científicos que aprovechan las tecnologías de proteínas y ADN han ideado nuevas herramientas y métodos para evaluar las interacciones proteína-proteína. Con una elevada especificidad y sensibilidad, la tecnología del ensayo de ligadura por proximidad (PLA) facilita la detección in situ de proteínas endógenas, modificaciones de proteínas e interacciones proteicas. Al igual que las técnicas de inmunoprecipitación, en el ensayo de PLA se utilizan anticuerpos primarios muy específicos para reconocer las dos proteínas de interés. Sin embargo, se utilizan anticuerpos secundarios etiquetados con oligonucleótidos modificados, que funcionan como la sonda de PLA, para unirse a los anticuerpos primarios. Sólo si ambas proteínas están presentes y cerca, los oligonucleótidos conectores de hibridación se unirán a las sondas de PLA. La adición de ligasa permite la formación de una plantilla de ADN circular cerrado. Con la nueva plantilla de ADN circular formada, ahora es posible la amplificación en círculo giratorio con la agregación de la ADN polimerasa. En última instancia, se genera una señal muy amplificada ligada a la sonda de PLA. La selección de la tecnología adecuada de interacción entre proteínas y ácidos nucleicos vendrá determinada en gran medida por las aplicaciones posteriores que necesite realizar el investigador.


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