Epigenetyka

Modyfikacja histonów

Chromatyna to kompleks genomowego DNA i związanych z nim białek w jądrze. Modyfikacje struktury chromatyny i wzajemne oddziaływanie białek chromatyny odgrywają bezpośrednią rolę w regulacji epigenetycznej. Struktura chromatyny jest ułatwiona przez histony, główną klasę białek chromatynowych. Histony tworzą nukleosom, kompleks zawierający po 2 podjednostki histonów H2A, H2B, H3 i H4. Na zewnątrz kompleksu rdzeniowego histon łącznikowy H1 zajmuje międzynukleosomalny DNA. Ten kompleks nukleosomów utrzymuje zagęszczoną strukturę chromatyny. Specyficzne dla danego miejsca modyfikacje histonów, takie jak metylacja, acetylacja, fosforylacja, ubikwitynacja i cytrulinacja, mogą zmieniać lokalną strukturę chromatyny i regulować transkrypcję, naprawę, rekombinację i replikację. Białka niehistonowe związane z chromatyną stanowią zróżnicowaną grupę obejmującą tysiące różnych typów białek, w tym czynniki transkrypcyjne, polimerazy, receptory hormonalne i inne enzymy jądrowe.

Metylacja DNA

Metylacja DNA jest ważnym mechanizmem epigenetycznym regulującym wyciszanie genów, imprinting, rozwój embrionalny i stabilność chromosomów. Metylacja DNA zachodzi na 5-węglowej pozycji reszt cytozyny, głównie w dinukleotydach CpG, tworząc 5-metylocytozyny (5-mC). Reakcja ta jest katalizowana przez metylotransferazy DNA (DNMT). Reszty 5-metylocytozyny mogą być również hydroksylowane przez enzymy TET, tworząc 5-hydroksymetylocytozynę (5-hmC), która pełni inną rolę niż 5-mC. Zapewniamy solidne narzędzia, które umożliwiają nie tylko wykrywanie i oznaczanie ilościowe 5-mC i 5-hmC, ale także dokładne rozróżnianie tych modyfikacji.

Zestawy do immunoprecypitacji chromatyny (ChIP)

Ilościowe wykrywanie modyfikacji histonów jest ważne dla lepszego zrozumienia epigenetycznej regulacji procesów komórkowych w tkankach prawidłowych lub nowotworowych. Najczęściej stosowaną techniką badania wpływu modyfikacji histonów i innych białek wiążących DNA, takich jak czynniki transkrypcyjne, na ekspresję genów jest immunoprecypitacja chromatyny (ChIP) w połączeniu z jakościową reakcją łańcuchową polimerazy (qPCR). ChIP obejmuje chemiczne sieciowanie białek z sekwencjami DNA, po którym następuje immunoprecypitacja usieciowanych kompleksów za pomocą przeciwciał i kulek w celu ściągnięcia zmodyfikowanego histonu lub innych interesujących białek. Najczęściej badanymi i najlepiej poznanymi modyfikacjami histonów są acetylacja, fosforylacja, metylacja i ubikwitynacja. Modyfikacje histonów regulują transkrypcję, naprawę, rekombinację i replikację DNA oraz mogą zmieniać lokalną architekturę chromatyny. Zapoznaj się z naszą szeroką gamą zestawów do analizy złożonych wzorców modyfikacji histonów.

Kontrola transkrypcyjna i potranskrypcyjna: Regulacja RNA

Tradycyjnie badania nad ekspresją genów koncentrowały się na regulacji transkrypcji poprzez interakcje czynników transkrypcyjnych ze specyficznymi miejscami wiązania, modyfikacje histonów w chromatynie i skoordynowaną dynamikę chromatyny związaną ze zmianami w transkrypcji genów. Dzisiejsze badania nad ekspresją genów mają na celu zrozumienie dynamiki regulacji RNA, a ich ostatecznym celem jest wypełnienie luki między kontrolą transkrypcji a ekspresją białek. Białka wiążące RNA (RBP) odgrywają kluczową rolę w potranskrypcyjnej regulacji ekspresji genów.

Regulacja RNA: Zestawy do immunoprecypitacji białek wiążących RNA (RIP)

RIP może być postrzegany jako analog RNA bardziej znanej aplikacji ChIP. RIP może być stosowany do identyfikacji specyficznych cząsteczek RNA związanych z określonymi jądrowymi lub cytoplazmatycznymi białkami wiążącymi. RIP rozpoczyna się od immunoprecypitacji endogennych kompleksów białek wiążących RNA i współizolacji gatunków RNA związanych z immunoprecypitowanym kompleksem. Po oczyszczeniu tych gatunków RNA można je badać i identyfikować jako mRNA lub niekodujące RNA za pomocą różnych aplikacji, w tym ilościowego RT-PCR, analizy mikromacierzy (RIP-Chip) i sekwencjonowania o wysokiej przepustowości (RIP-Seq).