Mapy wektorowe

Zespół badawczo-rozwojowy MISSION, we współpracy z naukowcami RNAi Consortium (TRC), wygenerował serię wektorów, aby umożliwić pomyślną realizację eksperymentów RNAi. Wektor bazowy pLKO.1-puro został opracowany1 w Broad Institute w ramach TRC. Naszym wkładem w TRC jest zróżnicowany zestaw wektorów do krytycznych eksperymentów kontrolnych, a także wektory do niestandardowej produkcji shRNA. Ta strona zawiera informacje dotyczące tych wektorów.

sekwencja puro (bez shRNA).puro (bez wstawki shRNA)

wektor TRC1.5: pLKO.1-puro
wektory kontrolne TRC1.5 Wektory kontrolne
TRC1.5 Alternate Vector Backbones
Wektor TRC2: TRC2-pLKO-puro
Inducible shRNA Vectors
wektory lentiwirusowe
Referencje

  Wektor TRC1.5 Wektor: pLKO.1-puro

Klonony TRC1.5 są w dokładnie tym samym szkielecie wektorowym co klony TRC1

Funkcje wektora pLKO.1-puro pozwalają na przejściową lub stabilną transfekcję shRNA, a także produkcję cząstek lentiwirusowych.¹ Stabilne wyciszanie genów jest wybierane przy użyciu selektywnego markera puromycyny, podczas gdy samodezaktywujące się niekompetentne replikacyjnie cząstki wirusowe mogą być wytwarzane w komórkach pakujących (HEK293T) poprzez współtransfekcję z kompatybilnymi plazmidami pakującymi.^2,3 TRC1.5, dostępny wyłącznie w naszym portfolio, zawiera prawie 200 000 klonów, w tym ponad 49 000 zweryfikowanych klonów. Łączy w sobie całą zawartość TRC1 oraz dodatkowe 39 212 klonów ukierunkowanych na 2661 nowych genów ludzkich i 2395 genów myszy. W przeciwieństwie do systemów retrowirusowych opartych na adenowirusach lub mysich MMLV lub MSCV, cząsteczki oparte na lentiwirusach umożliwiają skuteczną infekcję i integrację określonego konstruktu shRNA w zróżnicowanych i nie dzielących się komórkach, takich jak neurony i komórki dendrytyczne, pokonując trudności związane z niską transfekcją i integracją podczas korzystania z tych linii komórkowych. W porównaniu do siRNA i innych systemów opartych na wektorach, pLKO.1-puro zapewnia rozwiązania dla długoterminowego knockdownu i obserwacji fenotypowej, transdukcji trudnych lub wrażliwych linii komórkowych (nie dzielących się komórek lub komórek pierwotnych) i jest ekonomicznym zasobem odnawialnym.

Z wstawką shRNA, długość plazmidu pLKO.1-puro wynosi 7086 bp, jak wskazano na poniższej mapie wektora. Bez wstawki shRNA, wektor pLKO.1-puro ma długość 7,052 bp. Dostarczony plik sekwencji to pusty wektor pLKO.1-puro (7,052 bp).

TRC1.5 Vector Map (pLKO.1-puro)

TRC1.5 Opis i funkcje wektora

Nazwa	Opis
cppt	.Centralny szlak polipurynowy
hPGK	Promotor eukariotycznej ludzkiej kinazy fosfoglicerynianowej
puroR	Gen oporności na piromycynę dla selekcji ssaków
SIN/LTR	3' samoaktywujące się długie powtórzenie terminalne
f1 ori	pochodzenie replikacji f1
ampR	gen oporności na ampicylinę do selekcji bakteryjnej
pUC ori	pUC origin of replication
5' LTR	5' long terminal repeat
Psi	Sygnał pakowania RNA
RRE	Rev response element

 Wektory kontrolne TRC1.5

Oferujemy różnorodne kontrole do przeprowadzania najbardziej rygorystycznych i pouczających eksperymentów shRNA. Odwiedź stronę kontrole shRNA aby dowiedzieć się więcej.

Product	Purpose	Mapa wektorowa	Plik wektorowy
SHC001	Pusty wektor (bez wstawki shRNA) kontrolny	SHC001	SHC001
SHC002	Non-Mammalian shRNA Control	SHC002	SHC002
SHC003	TurboGFP Control	SHC003	SHC003
SHC004	TurboGFP shRNA Control	SHC004	SHC004
SHC005	eGFP shRNA Control	SHC005	SHC005
.SHC007	Luciferase shRNA Control	SHC007	SHC007
SHC008	B2M shRNA Control	SHC008	SHC008
SHC009	ARHGDIA shRNA Control	SHC009	SHC009
SHC010	CMV-TagCFP™ Control	SHC010	SHC010
SHC011	CMV-TagYFP™ Control	SHC011	SHC011
SHC012	CMV-TagRFP™ Control	SHC012	SHC012
SHC013	CMV-TagFP635™ Control	SHC013	SHC013
SHC014	UbC-TurboGFP™ Control	SHC014	SHC014
SHC015	UbC-TagFP635™ Control	SHC015	SHC015
SHC016	Non-Target shRNA Control	SHC016	SHC016

TRC1.5 Alternatywne szkielety wektorowe

Oferujemy szereg alternatywnych szkieletów wektorowych w ramach naszej standardowej oferty shRNA. Dzięki naszemu konfigurowalnemu interfejsowi zamawiania MISSION shRNA, możliwe jest zamawianie TRC shRNA w tych szkieletach wektorowych bezpośrednio online na stronach szczegółów klonów dla plazmidowego DNA lub lentiwirusowych cząsteczek transdukcyjnych. W przypadku niestandardowych spinek do włosów, odwiedź naszą stronę klonowania niestandardowego, aby uzyskać szczegółowe informacje na temat zamawiania.

Produkt	Przeznaczenie	Vector Map	Vector File
pLKO.1-CMV-Neo	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-CMV-Neo	pLKO.1-CMV-Neo
pLKO.1-Neo	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-Neo	pLKO.1-Neo
pLKO.1-CMV-tGFP	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-CMV-tGFP	pLKO.1-CMV-tGFP
pLKO.1-Neo-CMV-tGFP	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-Neo-CMV-tGFP	pLKO.1-Neo-CMV-tGFP
pLKO.1-puro-CMV-tGFP	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-puro-CMV-tGFP	pLKO.1-puro-CMV-tGFP

Oferujemy również kilka alternatywnych szkieletów wektorowych z białkami fluorescencyjnymi lub promotorem UbC. Konstrukty te są dostępne wyłącznie jako opcje niestandardowe. Odwiedź naszą stronę klonowania niestandardowego, aby uzyskać szczegółowe informacje na temat zamawiania.

Produkt	Przeznaczenie	Mapa wektorowa	Plik wektorowy
pLKO.1-puro-CMV-TagCFP™	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-puro-CMV-TagCFP	pLKO.1-puro-CMV-TagCFP
pLKO.1-puro-CMV-TagYFP™	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-puro-CMV-TagYFP	pLKO.1-puro-CMV-TagYFP
pLKO.1-puro-CMV-TagRFP™	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-puro-CMV-TagRFP	pLKO.1-puro-CMV-TagRFP
pLKO.1-puro-CMV-TagFP635™	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-puro-CMV-TagFP635	pLKO.1-puro-CMV-TagFP635
pLKO.1-puro-UbC-TurboGFP™	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-puro-UbC-TurboGFP	pLKO.1-puro-UbC-TurboGFP
pLKO.1-puro-UbC-TagFP635™	Alternatywny szkielet wektora	pLKO.1-puro-UbC-TagFP635	pLKO.1-puro-UbC-TagFP635

wektor TRC2: Wektor TRC2-pLKO-puro i zastosowanie

Wektor TRC2-pLKO-puro umożliwia również przejściową lub stabilną transfekcję shRNA, a także produkcję cząstek lentiwirusowych. Jedyną zmianą między wektorem TRC1.5 a wektorem TRC2 jest dodanie WPRE (lub potranskrypcyjnego elementu regulacyjnego Woodchuck Hepatitis).⁴ Pozwala to na zwiększoną ekspresję transgenów dostarczanych przez lentiwirusy.⁵ Podobnie jak w przypadku TRC1.5, stabilne wyciszanie genów uzyskuje się za pomocą selektywnego markera puromycyny. Samoaktywujące się, niekompetentne replikacyjnie cząsteczki wirusowe mogą być wytwarzane w komórkach pakujących (HEK293T) poprzez współtransfekcję z kompatybilnymi plazmidami pakującymi. TRC2-pLKO-puro zapewnia rozwiązania dla stabilnego długoterminowego knockdownu i obserwacji fenotypowej, transdukcji trudnych lub wrażliwych linii komórkowych (nie dzielących się komórek lub komórek pierwotnych) oraz zwiększonej ekspresji transgenów.

Z wstawką shRNA, długość plazmidu TRC2-pLKO-puro wynosi 7518 bp, jak wskazano na poniższej mapie wektora. Bez wstawki shRNA, wektor TRC2-pLKO-puro ma długość 7,484 bp. Dostarczony plik sekwencji to pusty wektor TRC2-pLKO-puro (7,484 bp).

Sekwencja TRC2-pLKO-puro (bez wstawki shRNA) 

Mapa wektora TRC2 (TRC2-pLKO-puro)

Opis i funkcje wektora TRC2

Nazwa	Opis
cppt	Centralny szlak polipurynowy
hPGK	Promotor eukariotycznej ludzkiej kinazy fosfoglicerynianowej
puroR	Gen oporności na piromycynę do selekcji ssaków
WPRE	Woodchuck Hepatitis Post-Transcriptional Regulatory Element
SIN/LTR	3' self inactivating long terminal repeat
f1 ori	pochodzenie replikacji f1
ampR	Gen oporności na ampicylinę do selekcji bakterii
pUC ori	pUC origin of replication
5' LTR	5' long terminal repeat
Psi	Sygnał pakowania RNA
RRE	Rev response element

Wektory kontrolne TRC2

Produkt	Przeznaczenie	Mapa wektorowa	Plik wektorowy
SHC201	Pusty wektor TRC2 (bez wstawki shRNA) Kontrola	SHC201	SHC201
SHC202	Non-Target shRNA Control	SHC202	SHC202
SHC203	TurboGFP Control	SHC203	SHC203
SHC204	TurboGFP shRNA Control	SHC204	SHC204

Uwaga: Obecnie nie są dostępne alternatywne szkielety wektorowe dla TRC2.

 Indukowalne wektory shRNA

Wektor pLKO został przeprojektowany tak, aby zawierał LacI (represor) i zmodyfikowany ludzki promotor U6 shRNA z sekwencjami LacO (operator). Pod nieobecność IPTG (izopropylo-β-D-tio-galaktozydu), analogu laktozy, LacI wiąże się z LacO zapobiegając ekspresji shRNA. Gdy obecny jest IPTG, allosteryczny represor LacI zmienia konformację, uwalniając się ze zmodyfikowanego lacO ludzkiego promotora U6, a następnie umożliwia ekspresję shRNA.

Z dumą oferujemy dwa różne wektory indukowalne IPTG do badań. Preferowany wektor indukowalny, pLKO-puro-IPTG-3xLacO, zawiera trzy sekwencje operonu lac (dwie w promotorze U6 i jedną 3' promotora), zapewniając zarówno ścisłą regulację, jak i doskonałe wyciszanie genów. Natomiast pLKO-puro-IPTG-1xLacO  wektor zawiera pojedynczą sekwencję operonu lac w promotorze U6, co pozwala na przewagę ekspresji shRNA, ale luźniejszą kontrolę promotora, gdy nie jest indukowany.

Product	Purpose	Mapa wektorowa	Plik wektorowy
pLKO-puro-IPTG-1xLacO	Alternatywny szkielet wektora	pLKO-puro-IPTG-1xLacO	pLKO-puro-IPTG-1xLacO
pLKO-puro-IPTG-3xLacO	Alternatywny szkielet wektora	pLKO-puro-IPTG-3xLacO	pLKO-puro-IPTG-3xLacO

 Pakowanie wektorów lentiwirusowych

Wreszcie, dla tych, którzy chcą zapakować swój własny lentiwirus, oferujemy zoptymalizowaną mieszankę opakowań. Odwiedź stronę Lentiviral packaging mix aby dowiedzieć się więcej.

Produkt	Przeznaczenie	Mapa wektorowa	Plik wektorowy
SHP001 pMISSIONgagpol	Packaging Vector #1	pMISSIONgagpol	pMISSIONgagpol
SHP001 pMISSIONvsvg	Opakowanie Vector #2	pMISSIONvsvg	pMISSIONvsvg

Referencje

1. Stewart, S. A. et al. Lentivirus-delivered stable gene silencing by RNAi in primary cells. RNA 2003, 9, 493–501.. https://doi.org/10.1261/rna.2192803

2. Zufferey, R. et al. Multiply attenuated lentiviral vector achieves efficient gene delivery in vivo. Nat. Biotechnol 1997, 15, 871–85.. https://doi.org/10.1038/nbt0997-871

3. Zufferey, R. et al. Self-inactivating lentivirus vector for safe and efficient in vivo gene delivery. J. Virol. 1998, 72, 9873–80.. https://doi.org/10.1128/JVI.72.12.9873-9880.1998

4. Donello J. E. et al. Woodchuck hepatitis virus contains a tripartite posttranscriptional regulatory element. J. Virol. 1998, 72, 5085-92.. https://doi.org/10.1128/JVI.72.6.5085-5092.1998

5. Zufferey, R. et al. Woodchuck hepatitis virus posttranscriptional regulatory element enhances expression of transgenes delivered by retroviral vectors. J. Virol. 1999, 73, 2886-92.. https://doi.org/10.1128/JVI.73.4.2886-2892.1999

Kontakt

W przypadku pytań dotyczących biblioteki, cen i ofert lub innych wątpliwości, prosimy o kontakt e-mailowy pod adresem: [email protected].

.