[Przejdź do zawartości](https://www.sigmaaldrich.com#main-content) [![Merck](https://www.sigmaaldrich.com/static/logos/purple/merck.svg)](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl) Produkty Koszyk0 PLPL Produkty [Zaloguj się / Zarejestruj się](https://www.sigmaaldrich.com/oidc-sign-in) [Wyszukiwanie zamówienia](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/order-lookup) [Szybkie zamówienie](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/quick-order) Koszyk0 [Strona główna](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl)[qPCR](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/applications/genomics/qpcr)Analiza macierzowa CGH trudnych próbek # Analiza macierzowa CGH trudnych próbek __Sunny Song1, Jim Collins1, Steve Michalik2, Chad Brueck2__ 1Agilent Technologies, 5301 Stevens Creek Blvd., Santa Clara, CA, 95051, 2MilliporeSigma, 3050 Spruce Street, St. Louis, MO, 63103 AACR, April 2007 Poster # 3792 ### Czytaj więcej o - [Wprowadzenie](https://www.sigmaaldrich.com#introduction) - [Wyniki](https://www.sigmaaldrich.com#results) - [Przypisy](https://www.sigmaaldrich.com#footnotes) - [Wnioski](https://www.sigmaaldrich.com#conclusions) - [Materials](https://www.sigmaaldrich.com#materials) - [References](https://www.sigmaaldrich.com#references) ## [](https://www.sigmaaldrich.com)Wprowadzenie W ostatnich latach, oparta na macierzach porównawcza hybrydyzacja genomowa (aCGH) została udoskonalona w celu określenia zmian chromosomalnych w coraz wyższych rozdzielczościach1. Ta rozwijająca się technologia jest jednak utrudniona przez duże wymagania wejściowe DNA - do przetworzenia jednej macierzy CGH potrzeba co najmniej 150 000 kopii ludzkiego genomu lub 0,5 μg na próbkę. Często dostępne tkanki pobrane od pacjenta, takie jak małe biopsje igłowe, mogą ograniczać zakres dalszej analizy. GenomePlex® amplifikacja całego genomu (WGA) zapewnia sposób na zmniejszenie ilości wymaganego DNA do aCGH, oprócz innych analiz. Wykazano również, że produkt WGA działa na macierzach BAC2, 3 i innych platformach macierzy oligo4. Amplifikacja DNA może rozszerzyć liczbę i zakres zastosowań, takich jak profilowanie mikromacierzy, do analizy nanogramowych ilości DNA, a nawet pojedynczych komórek. Co więcej, i być może bardziej interesujące, GenomePlex WGA umożliwia badaczom reprezentatywną amplifikację genomu z próbek, które zostały pofragmentowane do średniego rozmiaru mniejszego niż 1 kb. ## [](https://www.sigmaaldrich.com)Wyniki __100 ng do 1 ng wejściowego DNA__ ![Wejściowe dane miareczkowania z mikromacierzy Agilent Human Genome CGH 105A](https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/cms-commons/sigmaaldrich/marketing/global/images/technical-documents/articles/genomics/qpcr/agilent-human-genome.jpg "Wejściowe dane miareczkowania z mikromacierzy Agilent Human Genome CGH 105A") __Rysunek 1.__Wejściowe dane miareczkowania z mikromacierzy Agilent Human Genome CGH 105A W każdym panelu (A-F) przedstawiono obok siebie wykresy zamiany barwników. Polaryzacja +1 (Cy5-HT29/Cy3-Kobieta) jest pokazana po lewej stronie, a polaryzacja -1 (Cy5-Kobieta/Cy3-HT29) jest pokazana po prawej stronie. Te wykresy CGH porównują normalne kobiece DNA z DNA ludzkiej linii komórkowej raka okrężnicy HT29, która ma znaną delecję w ramieniu p (poziome przesunięcie w lewo od linii zerowej), amplifikację ramienia q w regionie q23.3-24.33 (poziome przesunięcie w prawo od linii zerowej) i ogniskową delecję w q23.1. Na tych próbkach przeprowadzono zamianę barwników (przełączanie etykiet barwników między próbkami), aby wykazać, że wyniki nie były efektem stronniczości barwnika. Pochodne wartości odchylenia standardowego Log2Ratio (DLRSD) są pokazane pod wykresami. Wskaźniki jakości macierzy przedstawiono w tabeli 1. A: Amplifikacja od 100 ng materiału wejściowego B: Amplifikacja od 50 ng materiału wejściowego C: Amplifikacja od 10 ng materiału wejściowego D: Amplifikacja od 1 ng materiału wejściowego E: Brak amplifikacji SNR-Cy3SNR-Cy5BG Noise-Cy3BG Noise-Cy5 Amplified (100 ng input)1371921.92.6 Amplified (50 ng input)1181902.42.9 Amplified (10 ng input)942022.42.3 Amplified (1 ng input)1422211.72.2 Unamplified (500 ng input)1551902.03.1 Tabela 1: Wskaźniki wydajności macierzy / wyniki kontroli jakości (patrz przypis w celu uzyskania dalszych wyjaśnień) __Obraz żelu, przebieg czasu sonikacji genomowego DNA__ __Rysunek 2.__ 1,2% analiza elektroforezy w żelu agarozowym pofragmentowanego DNA Rozmiar fragmentu DNA określono za pomocą elektroforezy żelowej przed amplifikacją za pomocą GenomePlex WGA. Zarówno ludzkie żeńskie genomowe DNA, jak i genomowe DNA HT29 dają nienaruszone pasmo o wysokiej masie cząsteczkowej (> 12 000 bp), podczas gdy DNA było poddawane sonikacji przez 5 do 120 sekund, aby uzyskać rozmazy DNA o różnych rozmiarach. Próbki sonikowane przez 90 sekund (200-1500 bp, pasy 5 i 9) zostały wykorzystane w późniejszej analizie aCGH. Pas 1 & 7: Marker masy cząsteczkowej Pas 2: Nienaruszone żeńskie DNA (> 12,000 bp) Pas 3: Kobiece DNA poddane sonikacji przez 5 sekund (400 - 10 000 bp) Pas 4: Kobiece DNA poddane sonikacji przez 30 sekund (250 - 1 500 bp) Pas 5: Kobiece DNA poddane działaniu ultradźwięków przez 90 sekund (200 - 1200 bp) Pas 6: Kobiece DNA poddane działaniu ultradźwięków przez 120 sekund (150 - 600 bp) Pas 8: Nienaruszone DNA HT29 (> 12,000 bp) Lane 9: DNA HT29 poddane sonikacji przez 90 sekund __GenomePlex WGA może amplifikować DNA poniżej 1kb z wynikami równoważnymi z nienaruszonym DNA.__ ![GenomePlex WGA może amplifikować DNA poniżej 1kb z wynikami odpowiadającymi nienaruszonemu DNA.](https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/cms-commons/sigmaaldrich/marketing/global/images/technical-documents/articles/genomics/qpcr/genome-plex-wga-can-amplify.jpg "GenomePlex WGA może amplifikować DNA poniżej 1kb z wynikami odpowiadającymi nienaruszonemu DNA.") __Rysunek 3.__Widoki CGH Analytics mikromacierzy Agilent Human Genome CGH 44B chromosomu 8 w ludzkiej linii komórkowej raka okrężnicy HT29 vs. normalna kobieta Produkt WGA wygenerowany z nienaruszonego DNA HT29 (A) i sonikowanego (90 s) DNA HT29 (B) ujawnił identyczną znaną delecję w ramieniu 8p (poziome przesunięcie w lewo od linii zerowej), amplifikację wzdłuż ramienia 8q w regionie 8q23.3-24.23 (poziome przesunięcie w prawo od linii zerowej) oraz ogniskową delecję w 8q23.1 (poziome przesunięcie w lewo od linii zerowej, zaznaczone przerywaną niebieską ramką). Odpowiednie powiększone widoki genów dla danych zarówno z nienaruszonego DNA (C), jak i pofragmentowanego DNA (D), skupiające się na Chr8 q22.2-23.1, pokazują wyraźną delecję ~ 1,5 MB (zaznaczoną grubą linią) obejmującą białko palca cynkowego ZFPM2 i supresor nowotworu LRP12, które zostały wcześniej zgłoszone w analizach opartych na macierzach BAC. A: Widok chromosomu 8 amplifikowanego nienaruszonego DNA porównującego HT29/Kobieta (50 ng danych wejściowych) B: Widok chromosomu 8 amplifikowanego sonikowanego 90-sekundowego DNA porównującego HT29/Kobieta (50 ng danych wejściowych) C: Powiększony widok genu panelu A (okno powiększenia 12 MB) D: Powiększony widok genu panelu B (okno powiększenia 12 MB) __Identyfikacja ogniskowej delecji za pomocą mikromacierzy Agilent Human Genome CGH 244K przy użyciu amplifikowanego lub nieamplifikowanego DNA GenomePlex.__ ![Widoki CGH Analytics analiz Agilent 244K (5) ludzkiego zamrożonego guza piersi w porównaniu z normalną kobietą](https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/cms-commons/sigmaaldrich/marketing/global/images/technical-documents/articles/genomics/qpcr/cgh-analytics-views.jpg "Widoki CGH Analytics analiz Agilent 244K (5) ludzkiego zamrożonego guza piersi w porównaniu z normalną kobietą") __Rysunek 4.__Widoki CGH Analytics analiz Agilent 244K (5) ludzkiego zamrożonego guza piersi w porównaniu z normalną kobietą Wykres rozrzutu (widok chromosomu) uzyskany z analizy mikromacierzy 244K ujawnia ogniskową delecję w regionie chromosomu 13 p13.1 (poziome przesunięcie na lewo od linii zerowej, zaznaczone przerywaną niebieską ramką) zarówno w próbkach amplifikowanych (A), jak i nieamplifikowanych (B). Odpowiadający powiększony widok genu (C = amplifikowany, D = nieamplifikowany), który koncentruje się na oknie 3,7 MB w 13p13.1 zawierającym ogniskowe delecje. Wiele wzorów delecji obejmujących gen raka piersi BRCA2 (oznaczony czerwonym paskiem) w obrębie ogniskowej delecji 1,5 MB w ramieniu 13p 13.1 zidentyfikowano zarówno za pomocą produktu WGA, jak i nieamplifikowanego genomowego DNA wygenerowanego z DNA guza piersi. A: Guz piersi vs. normalna kobieta Chr13, Amplifikacja WGA (50 ng danych wejściowych) B: Guz piersi vs. normalna kobieta Chr13, Nieamplifikowany genomowy DNA wygenerowany z DNA guza piersi. Chr13, bez amplifikacji (500 ng danych wejściowych) C: Powiększony widok genu w panelu A (okno 3,7 MB) D: Powiększony widok genu w panelu B (okno 3,7 MB) __Weryfikacja danych aCGH raka piersi przy użyciu ilościowego PCR specyficznego dla genu BRCA2__ ![Walidacja danych aCGH dotyczących raka piersi przy użyciu ilościowej reakcji PCR specyficznej dla genu BRCA2](https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/cms-commons/sigmaaldrich/marketing/global/images/technical-documents/articles/genomics/qpcr/gene-specific-quantitative.jpg "Walidacja danych aCGH dotyczących raka piersi przy użyciu ilościowej reakcji PCR specyficznej dla genu BRCA2") __Rysunek 5:__ Średnia z trzech zestawów starterów do ilościowej PCR SYBR Green ukierunkowanych na eksony 2, 3 i 26 (6) genu BRCA2 wykazała różnicę 1,54 cyklu między DNA guza piersi a prawidłowym DNA kobiety. Ten 2,9-krotny (2^1,54) spadek reprezentacji genu BRCA2 z próbki guza w porównaniu z próbką prawidłową potwierdza ogniskową heterozygotyczną delecję 13 p13.1. ## [](https://www.sigmaaldrich.com)Footnotes Array Performance/QC Metrics (CGH Analytics 3.4 software QC metrics) __DLRSD__Derivative Log2 Ratio Standard DeviationOdchylenie standardowe log2 kolejnych sond podzielone przez sqrt(2).br> Ratio Standard DeviationOdchylenie standardowe logarytmu różnic między kolejnymi sondami podzielone przez sqrt(2). Ta metryka oblicza współczynnik logarytmiczny szumu między sondami w tablicy.Doskonały: <0.2 Dobry: 0.2-0.3 Słaby: >0.3 __BGNoise__Hałas tła Ta metryka jest obliczana jako odchylenie standardowe negatywnych sond kontrolnych.br> ujemnych sond kontrolnych po odrzuceniu cech niejednorodnych odstających, cech nasyconych i cech odstających populacjiDoskonały: 5 Dobry: 5-10 Słaby: >10 __SNR__Signal to Noise RatioTa metryka jest obliczana jako intensywność sygnału podzielona przez BGNoise.Doskonały: >100 Dobry: 30-100 Słaby: <30 ## [](https://www.sigmaaldrich.com)Wnioski Ta metoda amplifikacji pozwala na stosowanie mniejszych ilości (nanogramowych) materiału wyjściowego i jest w stanie unieśmiertelnić cenne próbki poprzez kolejne reamplifikacje. Poza pominięciem wstępnego trawienia enzymami restrykcyjnymi, DNA WGA może być bezpośrednio włączone do przepływu pracy oligo-aCGH bez większych odstępstw od protokołu zalecanego przez Agilent. Amplifikowany materiał generuje wysokiej jakości dane CGH, które odpowiadają wynikom z nieamplifikowanych próbek genomowego DNA. Przyszłe eksperymenty będą koncentrować się na tworzeniu wysokiej jakości profili genomowych z próbek tkanek, w tym próbek FFPE i LCM 7. ## Materiały Przepraszamy, wystąpił nieoczekiwany błąd Response not successful: Received status code 500 ### Referencje 1\. Barrett MT, Scheffer A, Ben-Dor A, Sampas N, Lipson D, Kincaid R, Tsang P, Curry B, Baird K, Meltzer PS, et al. 2004. Comparative genomic hybridization using oligonucleotide microarrays and total genomic DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences. 101(51):17765-17770. [https://doi.org/10.1073/pnas.0407979101](https://doi.org/10.1073/pnas.0407979101) 2\. Johnson NA, Hamoudi RA, Ichimura K, Liu L, Pearson DM, Collins VP, Du M. 2006. Application of array CGH on archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues including small numbers of microdissected cells. Lab Invest. 86(9):968-978. [https://doi.org/10.1038/labinvest.3700441](https://doi.org/10.1038/labinvest.3700441) 3\. Little SE, Vuononvirta R, Reis-Filho JS, Natrajan R, Iravani M, Fenwick K, Mackay A, Ashworth A, Pritchard-Jones K, Jones C. 2006. Array CGH using whole genome amplification of fresh-frozen and formalin-fixed, paraffin-embedded tumor DNA. Genomics. 87(2):298-306. [https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2005.09.019](https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2005.09.019) 4\. O'Geen H, Nicolet CM, Blahnik K, Green R, Farnham PJ. 2006. Comparison of sample preparation methods for ChIP-chip assays. BioTechniques. 41(5):577-580. [https://doi.org/10.2144/000112268](https://doi.org/10.2144/000112268) 5\. 2007\. Agilent Human, Mouse and Rat Genome CGH Microarrays, 244A and 105A . \[Internet]. USA : Agilent Technologies, Inc . Available from: [http://www.koreabiomics.com/avi/CGH%20array.pdf](http://www.koreabiomics.com/avi/CGH%20array.pdf) 6\. Tavtigian Sea. 1996. The complete BRCA2 gene and mutations in chromosome 13qlinked kindreds. . Nature Genetics . 12 333-337. 7\. Johnson NA, Hamoudi RA, Ichimura K, Liu L, Pearson DM, Collins VP, Du M. 2006. Application of array CGH on archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues including small numbers of microdissected cells. Lab Invest. 86(9):968-978. [https://doi.org/10.1038/labinvest.3700441](https://doi.org/10.1038/labinvest.3700441) __Powiązane artykuły__ - [Projektowanie testów PCR/qPCR/dPCR](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/protocol/genomics/pcr/pcr-qpcr-dpcr-assay-design) - [Optymalizacja i walidacja testów PCR](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/assay-optimization-and-validation) - [Synteza oligonukleotydów DNA](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/dna-oligonucleotide-synthesis) - [Zablokowany kwas nukleinowy i drobne spoiwo / Eclipse Dark Quencher](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/locked-nucleic-acids-faq) - [Kwantyfikacja oligonukleotydów](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/quantitation-of-oligos) - [Rozwiązywanie problemów z RT-PCR](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/troubleshooting) - [Rozwiązywanie problemów z amplifikacją PCR i RT-PCR](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/troubleshooting-pcr-and-rt-pcr-amplification) - [Wybór odpowiedniej niestandardowej sondy qPCR](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/technical-article/genomics/qpcr/choosing-the-right-probe) - [Zobacz więcej](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/search/facet-search?focus=sitecontent&term=facet-search) __Powiązane kategorie produktów__ - [Amplifikacja całego genomu](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/products/molecular-biology-and-functional-genomics/pcr-and-amplification/whole-genome-amplification) - [Niestandardowe oligole cGMP](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/campaigns/cgmp-oligos) - [Zestaw narzędzi dotyczących odnawialnej energii elektrycznej](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/life-science/ssbi/sustainability-toolkits/renewable-electricity-toolkit) - [Amon w ściekach](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/protocol/analytical-chemistry/photometry-and-reflectometry/ammonium-in-wastewater) - [pH mleka i przetworów mlecznych](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/protocol/analytical-chemistry/photometry-and-reflectometry/ph-of-milk-and-milk-products) - [Projektowanie testów PCR/qPCR/dPCR](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/protocol/genomics/pcr/pcr-qpcr-dpcr-assay-design) - [Ręczne oczyszczanie białek znakowanych histydyną przy użyciu kolumn His GraviTrap™ TALON®](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/protocol/protein-biology/protein-purification/manual-purification-using-his-gravitrap-talon) - [Barwniki Atto dla doskonałego obrazowania fluorescencyjnego](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/technical-documents/protocol/research-and-disease-areas/cancer-research/atto-dyes-for-superior-fluorescent-imaging) - [Zobacz więcej](https://www.sigmaaldrich.com/PL/pl/search/facet-search?focus=sitecontent&term=facet-search) Góra __Zaloguj się, aby kontynuować__ Zaloguj się lub utwórz konto, aby kontynuować. Zaloguj się__Nie masz konta użytkownika?__Zarejestruj Dla wygody naszych klientów ta strona została przetłumaczona maszynowo. Dołożyliśmy starań, aby zapewnić dokładne tłumaczenie maszynowe. Tłumaczenie maszynowe nie jest jednak doskonałe. Jeśli tłumaczenie maszynowe nie spełnia Twoich oczekiwań, przejdź do wersji w języku angielskim. An unknown error has occured. - Polski - PL - English - EN [Dowiedz się więcej](https://www.sigmaaldrich.com)