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NGS文库的制备

NGS文库的制备

文库制备是下一代测序技术的第一步。在对DNA或RNA样品进行测序以前,必须使用连接或标记( tagmentation)方法将核酸分离、片段化、末端修复并与接头(adapter)共价连接。精心制备的NGS文库的复杂性应完全准确地反映出样品的复杂性,但也将反映出文库制备过程中引入的任何偏差。制备用于下一代测序的DNA或RNA文库的一个关键目标是最大程度提高复杂性,同时减少PCR或其它扩增方法引入的偏差,因为生成的文库的质量会严重影响NGS结果。

我们提供了一系列NGS文库制备工具组合,其旨在简化工作流程并便于制备准确代表样品复杂性的高质量DNA或RNA文库,同时减少全基因组测序(WGS)、全转录组分析(WTA)、总RNA测序以及miRNA和小RNA测序应用的偏差。


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基因组DNA提取试剂盒

为了制备DNA文库,需要从细胞、组织或其它种类样品中提取高分子量基因组DNA(gDNA)。纯化的基因组DNA应具有最小的剪切力以及最少的生物和化学污染物,从而使随后的扩增或测序反应具有最佳性能。

Fire Monkey™/ Fire Flower™高分子量DNA提取试剂盒可分离具有最小剪切力和低分子量核酸污染物的高纯度基因组DNA。

  • Fire Monkey™是一种标准的旋转离心柱(spin-column)工艺,可以在1小时内从细菌或哺乳动物细胞中提取平均链长大于100kb的高分子量DNA。
  • Fire Flower™是标准的旋转离心柱(spin-column)工艺,可以在15分钟内从任何样品来源中尺寸选择性地提取DNA。Fire Flower™可以使总平均链长增加30%,同时消高达30kb的DNA片段。

全基因组扩增试剂盒

DNA序列分析通常受到可用样品量少或提取率低的限制。当可获得的起始材料有限时,可以使用扩增技术来增加起始DNA的数量。全基因组扩增(WGA)可用于预先扩增完整的和高度片段化的DNA样品,以加入NGS工作流程。

SeqPlex-I WGA试剂盒可以扩增少量DNA,或降解高度片段化的DNA,用于直接加入Illumina®下一代测序(NGS)流通池。

  • 便于实现低至100 pg的DNA测序
  • 增强的引物实现基因组全覆盖、最小的序列偏差和扩增子尺寸,是下一代测序(NGS)的理想选择。
  • 性价比高:无需额外的NGS文库制备
  • 兼容Illumina®下一代测序

面向全基因组扩增的SeqPlex Enhanced DNA扩增试剂盒专用于对极小量或降解/高度片段化的DNA进行下一代测序(NGS)。该试剂盒可纳入Illumina®、SOLiD™或454测序工作流程中。

  • 随机引物技术可扩增片段化DNA,例如ChIP或FFPE。
  • 方便进行低至100 pg的ChIP DNA测序
  • 增强的引物可实现基因组全覆盖、最少的序列偏差和引物去除。
  • 兼容Illumina®、SOLiD™或454文库制备,可用于下一代测序

全转录组扩增试剂盒

制备RNA-Seq NGS文库的主要目标是最大程度提高转录组文库的复杂性,以充分代表序列的起始库(starting pool),同时减少偏差。用于高通量基因表达谱和转录组分析的RNA-Seq通常面临起始RNA量少的难题。全转录组扩增(WTA)可用于由少量RNA生成足够数量的测序靶标,但需要进行高保真的转录本复制同时不丢失或扭曲特定的mRNA以减少文库偏差。

SeqPlex-I WTA试剂盒可以扩增少量的逆转录RNA或降解的RNA,以便直接加入Illumina®下一代测序(NGS)流通池。

  • 扩增片段化的或极少量的总RNA。采用随机引物技术可以轻松扩增所有来源的片段化或完整RNA(包括FFPE和RIP)。
  • 半简并文库引物设计可确保更全面的转录组覆盖和高效的引物。
  • 步骤更少:测序前无需破碎cDNA
  • 高效率:8小时内即可完成ds-cDNA扩增
  • 性价比高:不再需要额外的NGS文库制备步骤
  • 兼容Illumina®下一代测序

用于全转录组扩增(WTA)的SeqPlex RNA扩增试剂盒设计用于进行少量或降解/高度片段化的RNA(如福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样品中的RNA)的下一代测序(NGS)SeqPlex试剂盒让用户可以预先扩增RNA样品,以便加入NGS工作流程中。

  • 随机引物技术可以扩增来自所有来源(包括FFPE和RIP)的少量片段化的或完整RNA。
  • 半简并文库引物设计可实现更全面的转录组覆盖和有效的引物。
  • 测序前无需破碎DNA
  • 8小时内即可完成ds-cDNA扩增
  • 兼容Pacific Bioscience以外的所有下一代测序平台

小RNA文库制备

NGS技术变革了包括miRNA、siRNA和piRNA在内的小RNA研究,研究证明这些小RNA在翻译后基因表达的调控中起着至关重要的作用。小RNA测序已成为小RNA发现和分析中越来越受欢迎的方法。但是,小RNA文库制备方法的接头连接(adapter ligation)步骤会带来显著的偏差。

RealSeq®-ACRNA文库制备试剂盒提供了一种制备miRNA和小RNA测序文库的新方法,可减少NGS中的合并偏差(incorporation bias)。通过使用新型单接头和环化方法,RealSeq®大大降低了文库制备的偏差。该技术解决了常用测序文库制备所导致的许多miRNA未检测不足的问题。

  • 显著降低小RNA测序中的测序偏差
  • 准确量化与生物学相关的小RNA
  • 可以更高效地发现新型小RNA

文库纯化

NGS文库纯化涉及删除测序接头、PCR引物、dNTP、酶和缓冲液污染物,同时选择正确尺寸范围的核酸用于下游测序。文库纯化方法应最大程度提高产率和回收率,最大程度减少生物和化学污染物,并去除测序准备中不需要的核酸片段或文库分子。

HighPrep™PCR纯化系统是一种基于顺磁珠(paramagnetic bead)的PCR后纯化试剂,设计用于高效地纯化DNA片段并根据尺寸特异性扩增子选择。纯化步骤包括去除盐、引物、引物二聚体、dNTP,因为DNA片段选择性地结合磁珠颗粒。磁珠用于NGS的不同文库制备化学方法。

  • >100 bp 扩增子的高回收率
  • 适用于高通量液体处理系统
  • 稳定回收> 100bp的扩增子,可预测且一致的尺寸选择
  • 没有离心或过滤操作导致更高和更纯的收率

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