凝膠電泳

目前有幾種蛋白質凝膠電泳的方法，每種方法都能為感興趣的蛋白質提供不同的資訊：

SDS-PAGE

十二烷基硫酸鈉 (SDS) - 聚丙烯酰胺凝膠電泳 (PAGE) 可根據分子質量分離蛋白質。在此方法中，SDS 洗滌劑被加入到運行緩衝液中。SDS 會給蛋白質帶來淨負電荷，掩蓋其本質電荷。當蛋白質在 SDS 和變性試劑的作用下被分離時，它們會變得不像球狀而更像線狀。因此，SDS 結合蛋白在凝膠中遷移的速率主要取決於其大小，因此可透過與蛋白質標準比較來估計分子量。

原生 PAGE

在原生聚丙烯酰胺凝膠電泳中，蛋白質的分離方式可保留其原生構象（三級結構）、亞單元互動（四級結構和蛋白質與蛋白質之間的互動）以及生物活性。在此方法中，蛋白質是在非還原、非變性的條件下製備和運行。蛋白質的移動性是由複雜的因素組合所決定的，因為每個蛋白質都可以依據其電荷移動至任一電極，移動速率則取決於其形狀和結合行為。因此，本質 PAGE 不建議用於分子量測定。原生 PAGE 通常用於需要純化活性蛋白質，或使用只能辨識原生形式蛋白質的抗體進行檢測的應用。

等電位聚焦 (IEF)

等電位聚焦使用電場和 pH 漸層來根據蛋白質的原生等電位 (pI) 來分離蛋白質。當蛋白質移動通過 pH 遞變梯度時，它們的淨電荷會發生變化。在電場作用下，每個蛋白質會移動到其淨電荷為零的 pH 值（稱為蛋白質的等電點）。在分離過程中，樣品中的蛋白質會在凝膠中特定且可預測的位置聚集，或稱為「聚焦」。等電位聚焦可用於複雜樣本中蛋白質的鑑定（例如、細胞和組織裂解液、血漿）中的蛋白質鑒定、轉譯後修飾分析以及質譜分析樣品的分離。

2D PAGE

二維聚丙烯酰胺凝膠電泳可根據蛋白質的固有等電位（pI）和質量來分離蛋白質。透過等電壓聚焦 (IEF) 進行 pI 分離。質量分離則透過 SDS-PAGE 進行。2-D PAGE 可提供蛋白質分析的最高解析度，通常用於蛋白質組研究，可在單一凝膠上解析成百上千種蛋白質。