蛋白質與核酸的相互作用
蛋白質是細胞內的主力分子，負責細胞為了運作和存活而進行的各種生物活動。有趣的是，多種蛋白質還會與 DNA 互動。染色體內的 DNA 通常會緊緊包圍著蛋白質，這些蛋白質被稱為染色體內的染色體。這些蛋白質 - DNA 纖維束有助於將 DNA 包裝成細胞核內的緊湊形狀。研究人員已經開發出強大的分子工具和技術，用來分離這些蛋白質 - DNA 束和其他 DNA 結合蛋白複合物，以進一步進行下游應用。
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免疫共沉淀
免疫共沉淀使用高度特異性的 RNA 和 DNA 結合蛋白（如轉錄因子）抗體，科學家可以評估分子通路的調控，並更好地了解健康和疾病組織中的基因功能。
目前有許多技術和方法可用來研究蛋白質-RNA 和蛋白質-DNA 之間的互作，並適用於額外的下游分析。例如， chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays are often used to investigate transcription factor-DNA interactions for gene expression and epigenetic modification studies.而 RNA沉澱 (RIP) 分析 常用於研究蛋白質與 mRNA、非編碼 RNA、miRNA 和病毒 RNA 的結合。免疫沉淀研究的一个常见挑战是抗体的特异性和或与相关蛋白的接触。為了迴避其中一些問題，研究人員會使用重組蛋白技術來表達具有獨特標籤的修飾蛋白，例如 hemagglutinin (HA) tag，可被適當的抗體高度特異性辨識。
Proximity Ligation Assay Technology
有趣的是，科學家們利用蛋白質-DNA 技術設計出評估蛋白質-蛋白質互作的新工具和方法。proximity ligation assay (PLA) technology facilitates in situ detection of endogenous proteins, protein modification, and protein interactions.類似於免疫共沉澱技術，PLA 分析使用高度特異性的一級抗體來識別兩個感興趣的蛋白質。然而，經修飾的寡核苷酸標記二抗（作為 PLA 探針）會用來與一抗結合。只有當兩種蛋白都存在且在附近時，雜交連結寡組才會與 PLA 探針結合。接合酶的加入會形成一個封閉的圓形 DNA 模板。有了新形成的圓形 DNA 模板，再加入 DNA 聚合酶就可以進行滾圓擴增，最終產生與 PLA 探針相連的大幅擴增信號。選擇適當的蛋白質與核酸互動技術，主要取決於研究人員的下游應用需求。
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