抗体

人类蛋白质图谱在线研讨会

人类蛋白质图谱

Mathias Uhlen, AlbaNOva University Center, Royal Institute of Technology, Stockholm, Sweden

人类基因组序列的完成使构建人体组织和细胞的全局表达谱成为了可能,从而使研究人员能够在正常组织和疾病组织之间进行比较研究。 2003年7月一项多学科研究被启动,以便利用基于抗体的组织蛋白质组学进行系统的人类蛋白质组研究,并用组织微阵列将高通量的单特异性抗体(亲和纯化)与人体组织和细胞中的蛋白质谱分析相结合。通过组织和细胞微阵列对蛋白质表达模式进行分析,这些微阵列含有> 700个正常和癌症组织以及体外培养的细胞。结果显示在公开可用的数据库中,其中包含来自蛋白质谱分析的图像和数据。每个图像都由认证的病理学家手动注释和整理,其为相关的功能研究提供了知识库,并使得研究人员能够在正常和疾病组织中搜索和查询蛋白质谱。我们的研究结果表明,这种分析方法可能可以扩展到大部分人类蛋白质中,从而为医学和生物学研究提供有价值的工具。人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)(www.proteinatlas.org)内人类蛋白质组系统研究的数据为利用计算机模拟方法鉴定各种类型的生物标志物提供了新的可能。一部分抗体已经被选择用于确定患者的肿瘤扩展分析。创建特别设计的组织微阵列(tissue microarrays, TMA),包括与相应患者相关的临床数据,并用针对选择的靶标的抗体对其进行免疫染色。每个这样的TMA包含来自具有确定的肿瘤类型的患者的超过100种不同的肿瘤。扩展分析显示,对于几种潜在的生物标志物,蛋白质表达水平与各种临床病理参数(包括各个患者的总体存活率)相关。使用这种策略,我们可以发现和验证几种潜在临床重要性的新标志物。

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关于主讲人:

Mathias Uhlén博士

Mathias Uhlén是瑞典斯德哥尔摩皇家理工学院(KTH)微生物学教授。 Uhlén博士是瑞典皇家工程科学院(IVA)、瑞典皇家科学院(KVA)和欧洲分子生物学组织(EMBO)的成员。 他是欧洲蛋白质组学协会(EuPA)的副主席和人类蛋白质组织(HUPO)理事会成员。 Uhlén博士在生物科学方面拥有280多份出版物,研究内容主要关注于生物技术和生物医学领域中亲和试剂的开发和使用。

Uhlén博士目前正从事人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)计划,旨在系统地绘制人类蛋白质组图谱。 2007年10月,Protein Atlas 3.0版发布(www.proteinatlas.org),其中280多万张高分辨率图像代表了2,621种人类蛋白质。

Uhlén博士成立了几家公司,包括Pyrosequencing AB(Biotage AB),Affibody AB,SweTreeGenomics AB,Magnetic Biosolutions AB,Creative Peptides AB和Atlas Antibodies AB。 他曾获得过无数奖项,其中包括1992年的Svedberg奖,1993年的GöranGustavsson奖,2004年瑞典皇家工程科学院金质奖章,2004年Seraphim最高尚勋章 - 国王勋章,2005年Jerker Porath奖和Akzo Nobel奖以及2006年HUPO杰出成就奖。

Uhlén博士是Biotage AB(publ),Skanditek AB(publ),Nordiag ASA(publ),Novozymes A / S(publ),Affibody AB,Atlas Antibodies AB,KTH Holding AB和SweTree Genomics AB的董事会成员

参考文献

1.      Berglund et al (2008) “The epitope space of the human proteome” Protein Science 17, 606-613.

2.      Uhlen, M (2008) “Affinity as a tool on life science” Biotechniques, in press (April).

3.      Mathivanan et al (2008) “Human Proteinpedia enables sharing of human protein data” Nature Biotechnol. 26(2):164-7.

4.      Hober S and Uhlén M. (2008) “Human protein atlas and the use of microarray technologies” Curr Opin Biotechnol. 19(1):30-5.

5.      Björling et al (2008) “A web-based tool for in silico biomarker discovery based on tissue-specific protein profiles in normal and cancer tissues” Mol Cell Proteomics, in press (April).

6.      Barbe et al (2008) “Toward a confocal subcellular atlas of the human proteome” Mol Cell Proteomics. 7(3):499-508.

7.      Uhlen M. (2007) “Mapping the human proteome using antibodies” Mol Cell Proteomics 6(8):1455-6.