Sanger全基因组CRISPR矩阵型文库

Wellcome Trust Sanger研究所设计



  Sanger 慢病毒 CRISPR阵列文库斩获久负盛名的“全球百大研发奖”



 基因敲除的力量!

基因组编辑领域的两位领导者Millipore-Sigma和Wellcome Sanger研究所携手打造了人类和小鼠基因组的首个矩阵式慢病毒CRISPR敲除文库。

全基因组功能缺失筛查是发现生物过程基因和通路的有效方法。现在,利用每个基因的2个优化gRNA,可以实现完全基因敲除。最小克隆数目确保了在控制时间和费用的同时,达到最特异筛选。

早期筛选实验使用RNA干扰技术(RNAi),可使基因敲低但不能做到完全敲除。因此,当需要完全抑制基因表达时,RNAi则可能错过重要的基因靶标。CRISPR-Cas9技术可以在哺乳动物细胞中进行大规模更有效的功能缺失筛选。

集合型CRISPR文库的出现带来了高效的全基因组敲除,但需要额外的深度测序解卷积步骤来进行精准靶向鉴定。矩阵筛选具有易于靶向识别的优点,且不需要解卷积。矩阵式CRISPR筛选还可实现高内涵检测,例如细胞成像、荧光、发光和比色实验。MilliporeSigma独有的Sanger CRISPR文库采用全基因组CRISPR-Cas9技术,大大扩展了高通量筛选能力。
 

 新一代筛选工具问世

即使复杂细胞系也能实现高效、长期基因敲除。

CRISPR-Cas9基因组编辑系统极大扩展了研究能力。现在,您可通过单个实验对数以千计的基因编辑事件进行快速筛选和分析,发现和鉴定基因功能。

Sanger CRISPR矩阵型文库采用经Sanger测试并在相关文献中发表的经验证方法,是目前尖端的技术,现已向所有人开放。您可使用我们的CRISPR对照进行初步先导实验,优化细胞系统和检测。Sanger阵列库为MilliporeSigma独有,是我们现有CRISPR、RNAi 和ORF文库独一无二的补充。此外,我们将继续为您的筛选实验——从敲低/敲除到表达和验证——提供最先进的CRISPR产品组合。

访问Nature Biotechnology阅读更多 关于使用RNAi和CRISPR构建完整研究的案例。

      

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 立即开始CRISPR筛选

为什么使用优化gRNA的阵列式Sanger CRISPR文库可排除假阳性结果?Sanger CRISPR文库提供大量MilliporeSigma独享的高质量基因敲除。第一个全基因组阵列文库已上线,可加快您的研究进展!

优化的基于慢病毒的CRISPR

  • 稳定或瞬时转染
  • 丰富的细胞群(选择嘌呤霉素和BFP阳性靶标)
  • 持续掺入病毒微粒,创建稳定的细胞系
  • 几乎可转染任何细胞系(分裂或者不分裂的细胞系)
  • 可为任何应用定制滴度
  • BFP标记载体可实现阳性细胞可视化
图 1. 使用矩阵式CRISPR lenti-gRNA病毒感染A549-Cas9-Blast稳定细胞,感染后7天BFP的表达。20 X放大倍数。

需要关于CRISPR基础知识方面的帮助?了解更多关于 CRISPR入门指南的信息。

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 Sanger 文库规格

甘油形式

  • 大约400个96孔板,每个克隆50 µl细菌甘油储液
  • 人类或小鼠种属

慢病毒形式

  • 大约100个带有条形码标签的384孔板,经铝密封的Costar板
  • 每个克隆10μl,最小滴度为 1x106 个颗粒/ ml(通过p24测定)
    人类或小鼠种属

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 Sanger CRISPR gRNA 设计和载体特征

gRNA 设计

  • 通过靶向蛋白编码序列的前半部分,最大化基因敲除
  • 优化靶向所有转录本
  • 避免经常存在替代起始密码子的前90bp编码序列
  • 序列高度保守,避免SNP,确保在多种细胞系中可用
  • 严格的规则,减少或消除了潜在的脱靶效应

载体特征

  • 嘌呤霉素筛选简化了工作流程
  • 指示CRISPR表达的细胞,并可用BFP富集已转导的类群
  • 转座酶位点提供了慢病毒传递的替代方案

图 2. Sanger 慢病毒 CRISPR载体示意图(U6-gRNA:PGK-puro-2A-tagBFP)

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 慢病毒生产专业知识

MilliporeSigma致力于为基因组编辑技术提供无与伦比的产品和支持。 我们的生命科学和高科技中心拥有最先进的机器人、液体处理、实验室信息管理系统和专业实验室,为您的CRISPR研究提供优质、便捷的服务。

高质量生产系统和专业人员

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 任意规模筛选

Sanger文库是唯一支持全基因组CRISPR 敲除研究和复杂表型读出的工具,且阵列模式十分方便。对于较小规模的实验,利用Wellcome Trust Sanger研究所的设计专长和MilliporeSigma的制造品质,可为您的研究打造一个定制组合。

您需要更集中或经济的筛选?

  • 快速挑选任何基因的单个Sanger克隆
  • 择优挑选任何规格的定制Sanger组合
  • 利用Sanger组合靶向任意通路或基因家族
  • 订购任意Sanger载体gRNA设计
  • 凋亡
  • 癌症生物学
  • 细胞周期
  • 细胞因子受体
  • 细胞因子
  • 发育信号通路
  • DNA损伤修复
  • 药物转运
  • 药物基因组学
  • 表观遗传调节
  • G蛋白偶联受体
  • 解旋酶
  • 离子通道
  • JAK-STAT信号通路

 

  • 激酶
  • 膜运输
  • 核激素受体
  • p53
  • 磷酸酶
  • 蛋白酶
  • T-细胞激活
  • 转录因子
  • 抑癌基因
  • 酪氨酸激酶
  • 泛素水解酶
  • 泛素连接酶
  • 全基因组

 

未发现您所需的选项?您可在Sanger骨架中指定自己的gRNA生产。从全基因组文库到单个克隆,Sanger CRISPR慢病毒文库可引导开展无限的发现之路。

更多信息请发送电子邮件至crispr@sial.com获取。

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 Data Sanger gRNA应用数据

 
A.
  未感染细胞 病毒感染后的细胞

 

B.

 

C. CEL-1测定的gRNA 活性%
    Cel-1活性测定单独gRNA设计排名

图4 CEL-I检测。Sanger lenti-gRNA文库表现出了明确的切割效果。使用代表性的96孔Sanger平板感染A549-Cas9-Blast细胞,用嘌呤霉素进行筛选并进行CEL-I检测。 A)嘌呤霉素筛选4天后的细胞生长; B)CEL-1检测典型凝胶图; C)平均CRISPR核酸酶活性高,活性gRNA克隆全基因组频率高。每个点代表一个克隆。

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参考文献

  1. R. Barrangou et al., Science 315, 1709–1712 (2007).
  2. L. Cong et al., Science 339, 819–823 (2013).
  3. P. Mali et al., Science 339, 823–826 (2013).
  4. W. Y. Hwang et al., Nat. Biotechnol. 31, 227–229 (2013).