MISSION® siRNA

siRNA设计 - 选择您的siRNA

Sigma在MISSION®预设计siRNA上使用了哪些悬突?为什么选择这些悬突?

你们的Rosetta算法采用何种原理?

为什么Sigma列出来自于几种不同NM序列的siRNA?我应该选择每个NM序列中排第一位的,还是应该从一个NM序列中选择前三种siRNA?

How do I know which Predesigned siRNA I should I order? They are just numbered. What does this mean?

 

Sigma在MISSION®预设计siRNA上使用了哪些悬突?为什么选择这些悬突?

我们使用了dTdT悬突。根据2001年Elbashir等人描述:“选择胸苷悬突是因为它可以增强siRNA在细胞培养基和转染细胞内的核酸酶耐受性。”

在RNAi研究的早期阶段,该领域的领导者就已选择dTdT悬突,因此它在某些方面可能是历史以来就有的选择。siRNA通常设计有dTdT悬突,但UU或UG悬突也并不少见。2001年以来Elbashir等人的几篇论文都有提及基于有限数量基因和系统的siRNA设计规则,但研究人员仍然继续使用dTdT悬突以及UU悬突。

 

*Elbashir, S.M., et al., Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in mammalian cell culture. Nature 411(6836), 494-8 (2001). (link to PMID 11373684)

 

你们的Rosetta算法采用何种原理?

Rosetta siRNA设计算法利用位置特异性评分矩阵(PSSM)和全部重要siRNA种子区域的信息来预测目标靶基因的最有效和特异性siRNA序列。此外,Rosetta siRNA设计算法经过3年以上基因沉默实验的反馈训练,确保算法的计算机内规则得到现实经验证据的指导和支持。

 

为什么Sigma列出来自于几种不同NM序列的siRNA?我应该选择每个NM序列中排第一位的,还是应该从一个NM序列中选择前三种siRNA?

列出多个NM序列时,意味着该特定基因有替代转录物。我们的Rosetta算法是针对每个cDNA转录本单独运行的。

关于第二个问题,您应从一个RefSeq中选择3个siRNA,确保3个靶序列不同。

 

如何判定应该订购哪种预设计siRNA?他们只有相应的编号。这代表什么意思呢?

Sigma预设计MISSION siRNA是采用世界级siRNA设计算法设计的,该算法是由高级siRNA研究领域的领导者Rosetta Inpharmatics提供。将一些关键规则引入至最优秀的Rosetta siRNA设计算法中,可以增加siRNA的靶向特异性以及低丰度遗传信息的敲除。我们将Rosetta算法预设计出的siRNA从1到10进行排名,其中1是最高排名,10是最低排名。您可以从“siRNA类型列”中调取阳性对照siRNA或功能性验证siRNA的相关信息。