代谢组学

氨基酸参照表

疏水侧链氨基酸-脂肪族

Alanine, Ala, A

丙氨酸, Ala, A

Isoleucine, Ile, I

异亮氨酸
, Ile, I

Leucine, Leu, L

亮氨酸
, Leu, L

Methionine, Met, M

甲硫氨酸,
, Met, M
 

Valine, Val, V

缬氨酸
, Val, V

疏水侧链氨基酸-芳香族

Phenylalanine, Phe, F

苯丙氨酸
, Phe, F
 

Tryptophan, Trp, W

色氨酸
, Trp, W

 

Tyrosine, Tyr, Y

酪氨酸
, Tyr, Y
 

极性中性侧链氨基酸

Asparagine, Asn, N

天冬酰胺
, Asn, N
 

Cysteine, Cys, C

半胱氨酸
, Cys, C
 

Glutamine, Gln, Q

谷氨酰胺
, Gln, Q
 

Serine, Ser, S

丝氨酸
, Ser, S
 

Threonine, Thr, T

苏氨酸
, Thr, T
 

酸性带电荷侧链氨基酸

Aspartic acid, Asp, D

天冬氨酸
, Asp, D
 

Glutamic acid, Glu, E

谷氨酸
, Glu, E
 

碱性带电荷侧链氨基酸

Arginine, Arg, R

精氨酸
, Arg, R
 

Histidine, His, H

组氨酸
, His, H
 

Lysine, Lys, K

赖氨酸
, Lys, K
 

特殊氨基酸

Glycine, Gly, G

甘氨酸
, Gly, G
 

Proline, Pro, P

脯氨酸
, Pro, P
 

常见氨基酸的性质

名称 三字母符号 单字母符号 分子量 分子式 残基分子式 残基分子量
(-H2O)
pKa1 pKb2 pKx3 pl4
丙氨酸 Ala A 89.10 C3H7NO2 C3H5NO 71.08 2.34 9.69 6.00
精氨酸 Arg R 174.20 C6H14N4O2 C6H12N4O 156.19 2.17 9.04 12.48 10.76
天冬酰胺 Asn N 132.12 C4H8N2O3 C4H6N2O2 114.11 2.02 8.80 5.41
天冬氨酸 Asp D 133.11 C4H7NO4 C4H5NO3 115.09 1.88 9.60 3.65 2.77
半胱氨酸 Cys C 121.16 C3H7NO2S C3H5NOS 103.15 1.96 10.28 8.18 5.07
谷氨酸 Glu E 147.13 C5H9NO4 C5H7NO3 129.12 2.19 9.67 4.25 3.22
谷氨酰胺 Gln Q 146.15 C5H10N2O3 C5H8N2O2 128.13 2.17 9.13 5.65
甘氨酸 Gly G 75.07 C2H5NO2 C2H3NO 57.05 2.34 9.60 5.97
组氨酸 His H 155.16 C6H9N3O2 C6H7N3O 137.14 1.82 9.17 6.00 7.59
羟(基)脯氨酸 Hyp O 131.13 C5H9NO3 C5H7NO2 113.11 1.82 9.65
异亮氨酸 Ile I 131.18 C6H13NO2 C6H11NO 113.16 2.36 9.60 6.02
亮氨酸 Leu L 131.18 C6H13NO2 C6H11NO 113.16 2.36 9.60 5.98
赖氨酸 Lys
K 146.19 C6H14N2O2 C6H12N2O 128.18 2.18 8.95 10.53 9.74
甲硫氨酸 Met M 149.21 C5H11NO2S C5H9NOS 131.20 2.28 9.21 5.74
苯丙氨酸 Phe F 165.19 C9H11NO2 C9H9NO 147.18 1.83 9.13 5.48
脯氨酸 Pro P 115.13 C5H9NO2 C5H7NO 97.12 1.99 10.60 6.30
焦谷氨酸 Glp U 139.11 C5H7NO3 C5H5NO2 121.09 5.68
丝氨酸 Ser S 105.09 C3H7NO3 C3H5NO2 87.08 2.21 9.15 5.68
苏氨酸 Thr T 119.12 C4H9NO3 C4H7NO2 101.11 2.09 9.10 5.60
色氨酸 Trp W 204.23 C11H12N2O2 C11H10N2O 186.22 2.83 9.39
5.89
酪氨酸 Tyr Y 181.19 C9H11NO3 C9H9NO2 163.18 2.20 9.11 10.07 5.66
缬氨酸 Val V 117.15 C5H11NO2 C5H9NO 99.13 2.32 9.62 5.96

1 pKa:-COOH基团解离常数的对数的负数。

2 pKb:-NH3基团解离常数的对数的负数。

3 pKx:分子中其他基团解离常数的对数的负数。

4  pl:等电点的pH值

参考文献:D.R. Lide, Handbook of Chemistry and Physics72nd Edition, CRC Press, Boca Raton, FL, 1991.

常见氨基酸的疏水性指数

疏水性指数是指相对疏水性的度量,或氨基酸在水中的溶解度。在蛋白质中,疏水氨基酸很可能在其内部被发现,而亲水氨基酸则可能与水性环境接触。

下表中的数值已被标准化,其中疏水性最高的残基相对于甘氨酸被赋值为100——后者被认为是中性的,数值为0。亲水性残基相对于甘氨酸的数值以相同的比例外推。

At pH 2A At pH 7B
非常疏水
Leu 100 Phe 100
Ile 100 Ile 99
Phe 92 Trp 97
Trp 84 Leu 97
Val 79 Val 76
Met 74 Met 74
疏水
Cys 52 Tyr 63
Tyr 49 Cys 49
Ala 47 Ala 41
中性
Thr 13 Thr 13
Glu 8 His 8
Gly 0 Gly 0
Ser -7 Ser -5
Gln -18 Gln -10
Asp -18    
亲水
Arg -26 Arg -14
Lys -37 Lys -23
Asn -41 Asn -28
His -42 Glu -31
Pro -46 Pro -46 (used pH 2)
    Asp -55

ApH 2值:标准参照Sereda et al., J. Chrom. 676: 139-153 (1994)

BpH 7值:标准参照Monera et al., J. Protein Sci. 1: 319-329 (1995).