选择适当的定制qPCR探针

用于qPCR的定制探针种类多样,应用优势各异。下文对常用的定制qPCR探针的应用进行了总结。


 应用参考指南

(有关其他产品信息,请单击下面的列标题。)

  SYBR®Green I* 双标记探针 双标记
锁定核酸 
探针
分子信标* LightCycler®探针*  Scorpions®探针*
APPLICATION 应用
 大规模筛选 • •          
 微阵列验证 • •        
 多个靶基因/少量样本        
SNP检测     • • • •
 等位基因鉴别     • • • •
 病原体检测   • • • •
 多重试验     • • • • • • • •
 病毒载量定量     • • • •
 基因表达分析   • • • • • • • • • •
 基因拷贝测定     • • • •
 终点基因分型       • •   • •
 体外定量或检测     • •    
             

*可以将锁核酸掺入PCR引物或qPCR探针中以提高特异性。除qPCR探针以外,寡核苷酸形式的锁核酸可在除美国之外的所有国家获得。


 报告基团、淬灭基团和仪器兼容性

现代qPCR平台通常具有多个检测通道,因而可灵活地选择探针标记。选择与qPCR仪器的检测通道兼容的荧光标记,并确保正确的仪器滤光片设置或校准检测非常重要。报告基团和仪器兼容性列表列出了一些最广泛使用的qPCR平台,同时指出了哪些荧光标记适合使用。请注意,所列出的并非所有标签,仍有许多可替代报告基团。若需在这些平台上使用非标准标记,请与当地的技术服务专业人员联系以获取相关信息。

染料替代品
一些qPCR仪器通常需要使用市场上不可获取的专有染料,例如VIC®和NED™。在寻找染料替代品时,以下标准非常重要:

  • 激发和检测波长应与仪器光源和检测系统兼容
  • 对于探针来说,淬灭基团能有效地吸收报告基团的发射波长的光
  • 消光系数越高,染料越亮,这有助于实现更灵敏的检测
  • 当使用多种染料(多重)时,每种染料的激发和发射波长必须是独立的,以避免相互干扰

淬灭基团
淬灭分子通常位于单分子探针的3'末端,例如双标记探针、分子信标和Scorpions探针。淬灭基团可能是荧光(TAMRA™)或非荧光分子(DABCYL,Black Hole Quencher® (BHQ®))。为获得最佳性能,淬灭基团的吸收光谱应尽可能与报告基团的发射光谱相匹配。我们推荐的报告基团/淬灭基团组合可以在光谱性质表中找到。

光谱性质表
 

染料 最大
EX(nm)
最大
EM(nm)
兼容
淬灭基团
6-FAM™ 495 520 BHQ-1, TAMRA
JOE™ 529 555 BHQ-1, TAMRA
TET™ 521 536 BHQ-1, TAMRA
Cal Fluor® Gold 5401 522 544 BHQ-1
HEX™2 535 556 BHQ-1, TAMRA
Cal Fluor Orange 5602 538 559 BHQ-1
TAMRA 557 583 BHQ-2
Cyanine 3 549 566 BHQ-2
Quasar® 5703 548 566 BHQ-2
Cal Fluor Red 5904 569 591 BHQ-2
ROX™ 586 610 BHQ-2
TxRd (Sulforhodamine 101-X) 597 616 BHQ-2
Cyanine 5 646 669 BHQ-3
Quasar 6705 647 670 BHQ-3
Cyanine 5.5 675 694 BHQ-3
1JOE/TET替代品
2VIC®替代品
3Cyanine 3替代品
4TAMRA替代品
5Cyanine 5替代品




 报告基团和仪器兼容性表

 

平台 SYBR
Green I
FAM HEX JOE ROX TET Cya-
nine 3
Cya-
nine 5
TAMRA TxRd LC Red
640
LC Red
705
ABI 7900HT          
ABI 7300            
ABI 7500      
ABI 7700            
ABI 7000              
ABI StepOne™          
ABI StepOnePlus™          
 
Bio-Rad iQ™ 5      
Bio-Rad Opticon® 2              
Bio-Rad Chromo4™    
Bio-Rad MyiQ™                    
Bio-Rad MiniOpticon™                    
Bio-Rad CFX96™
Bio-Rad SFX384™
 
Agilent Mx4000®    
Agilent Mx3000P®    
Agilent Mx3005P®    
 
Roche LightCycler®                
Roche LightCycler 2              
Roche LightCycler 480            
 
Cepheid SmartCycler®              
Cepheid SmartCycler II            
 
Qiagen Rotor-Gene® 6000      
 
Eppendorf Mastercycler®realplex          
Note: Not all qPCR instruments or fluorophores are listed. Contact the instrument manufacturer for details on compatible fluorophores 注意:该表并未列出所有qPCR仪器或荧光基团。有关兼容荧光基团的详细信息,请与仪器制造商联系


 材料