定制新一代测序寡核苷酸概述

无论新一代测序 (NGS) 平台如何变化,都需要通用和索引接头序列来正确组装样品片段。接头 - 尤其是索引接头(包含 MID(多重识别位点)或条形码) - 如果包含过高比例的截短序列(不可接受的低纯度)或过高比例的其他接头序列(过度交叉污染),可能分别导致多重检测序列读数完整性缺损(以及接头序列过度二聚化)和序列组装错配。在进行数据分析阶段之前,这类问题不可检测,从而会浪费代价高昂的时间和资金。

因此,用于接头序列的生产工艺(阅读有关为什么 HPLC不会将交叉污染降低到可接受的水平的技术说明)对于成功的测序运行来说至关重要。我们的自定义新一代测序寡核苷酸(NGSO)在严格条件下进行生产,以确保合适的纯度和低交叉污染,避免因接头质量问题导致测序失败,以满足研究、商业和分子诊断的需求(阅读有关利用NGSO进行 最大化读长, 最小化接头二聚体形成,和 生产接头试剂盒 等工艺的案例研究)。

您可通过下表确定三个选项中哪一个适合您的需求。主要选择标准应为容许的交叉污染上限以及相关质量管理体系(ISO 9001:研究和商业需求;ISO 13485:分子诊断需求)。如有疑问,Illumina仪器请选择 NGSO-Gold,Thermo Fisher(Ion Torrent™)仪器请选择NGSO-Silver。

新一代测序寡核苷酸规格

选项 NGSO-Bronze NGSO-Silver NGSO-Gold
交叉 污染1  <2% • <1%  <0.25%
规格和最小 产量2
  • 0.05µmol(1 - 3 OD)
  • 0.2µmol(3 - 8 OD)
  • 1.0µmol(9 - 13 OD)
  • 咨询更大规格
  • 0.2µmol(10 nmol或2 - 6 OD,
    取   决于序列长度)
  • 咨询更大规格
  • 0.2µmol(3 - 8 OD)
  • 1.0µmol(9 - 13 OD)
  • 或最终产量:25、50、100、250和500 nmol
  • 或咨询mg级产品
纯度
  • 70-85%
  • 65-80%
  • 85-95%
序列 长度
  • 10-80个碱基
  • 10-80个碱基
  • 10-80个碱基
修饰
  • 5'-磷酸盐
  • 硫代磷酸盐
  • 5-Me-dC
  • 5'-磷酸盐
  • 硫代磷酸盐
  • 5-Me-dC
  • 5'-磷酸盐
  • 硫代磷酸盐
  • 5-Me-dC
形式
  • 以干粉管形式提供
  • 以溶液形式通过管或96孔板提供
  • 标准:100µM水溶液,TE(10 mM Tris,pH 7.5-8.0,1 mM EDTA)或Tris(10 mM Tris-HCl,pH 8.0)
  • 咨询:30-150µM溶于水中或30-130µM溶于TE / Tris缓冲液中
  • 混合可用:可以
  • 支持双重检测:不可以
  • 在管中以干燥或溶于水/缓冲液的形式提供(也可提供混合和等分服务)
平台
兼容性
  • Illumina,Thermo Fisher(Ion Torrent™)和PacBio™
  • Thermo Fisher(Ion Torrent™)
  • Illumina,Thermo Fisher(Ion Torrent™)和PacBio™
质量控制
  • 100%质谱检测
  • 可进行分析型HPLC检测
  • 可提供分析证书
  • 100%质谱检测
  • 可进行分析型HPLC检测
  • 可提供分析证书
  • 100%质谱检测
  • 可进行分析型HPLC检测
  • 可提供分析证书
质量 管理系统
  • ISO 9001
  • ISO 9001
  • ISO 9001
  • ISO 13485
典型应用
  • 特定基因或Panel的靶向测序
  • SNP基因分型和变异检测
  • 商业试剂盒制造
产量,价格和
交货时间表
请在线填写申请表。产量、价格和预计交货时间将在可行性评估后提供。

1使用经上述工艺制造的接头序列作为独立资源所确定的数值。使用Illumina仪器进行多重测序。

2预期的产率适用于20碱基或更长的寡核苷酸。


 功能质量控制

NGSO-Bronze、Silver和Gold都已经过工艺验证,以确保均能提供低于上表中交叉污染水平上限的接头序列。但是,在装运之前, NGSO接头序列通常不会通过NGS进行功能测试,因此不会提供实际的交叉污染值。如果您希望通过NGS对接头序列进行功能质量控制,请在线填写框 申请表后选中相应复选框。我们将进行可行性评估(这包括就实验步骤与您进行沟通),如果可行的话,我们将提供报价以及预计完成日期。测试将在Illumina仪器上进行。


 其他NGS寡核苷酸

除了接头以外,主要的测序平台通常还需要其他类型的寡核苷酸以开展工作流程中的其他步骤,例如扩增引物(图1)。这些其他寡核苷酸不必满足与接头相同的低交叉污染上限值;因此,它们可以作为标准的定制DNA寡核苷酸(Custom DNA Oligos)进行订购。

通用的新一代测序工作流程和所需的寡核苷酸

 图1.通用的新一代测序工作流程和所需的寡核苷酸。

但是,我们建议根据表中所示的寡核苷酸功能进行某些纯化。

推荐的非接头序列新一代寡核苷酸的纯化
 

平台 Illumina Thermo Fisher(Ion Torrent™) PacBio™
扩增引物 卡夹或HPLC 不可用 不适用
目标捕获探针 HPLC HPLC HPLC
封闭寡核苷酸 HPLC HPLC HPLC
测序引物 卡夹或HPLC 不适用 卡夹或HPLC
多重检测引物 不适用 不适用 卡夹或HPLC

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