化学处理的重组胰蛋白酶在蛋白质组学和蛋白质表征分析中的应用评测

文/ Judy Boland, Nicolas Caffarelli, Gordon Nicol, Amber Henry, Jeffrey L. Turner, and Kevin RayMilliporeSigma, A business of Merck KGaA, Darmstadt, Germany, St. Louis MO 63103

 

概览

  • 我们在多种MS工作流程中将重组和天然来源的胰蛋白酶进行了比较。
  • 天然来源的胰蛋白酶已被二甲基化以防止自溶,并且用TPCK进行处理以抑制胰凝乳蛋白酶。
  • 使用天然和重组胰蛋白酶,在复杂混合物中鉴定出相似量的蛋白质和肽。
  • 单蛋白消化物的TIC结果显示相对于天然胰蛋白酶,重组胰蛋白酶能够更完整的处理肽。
  • 胰蛋白酶二甲基化导致处理速度缓慢,但观察到较少的自溶肽。

介绍

猪胰胰蛋白酶

Porcine Pancreatic Trypsin


蛋白质组学级胰蛋白酶:

  1. 经过二甲基化(防止自溶)
  2. 经过TPCK处理(抑制胰凝乳蛋白酶)
 

Dimethylated

还有更好的选择吗?

 

材料和方法

 

Materials and Methods

 

结果

SOLu-胰蛋白酶稳定性

SOLu-Trypsin Stability


人类蛋白提取物消化  

胰蛋白酶   鉴定的蛋白平均数量
37°C,18小时 45°C,2小时
蛋白质组学级胰蛋白酶 2,021 2,167
SOLu-胰蛋白酶 2,055 2,128
SOLu-二甲基化胰蛋白酶 2,025 2,162

使用天然和重组胰蛋白酶,分别通过传统的37°C消化过夜和45°C2小时快速消化方案消化人蛋白质提取物。两种情况下,都能够鉴定出数量相近的蛋白质。

 

载脂蛋白A-1的消化

Apolipoprotein A-1 Digest

 

二甲基化或非二甲基化

To Dimethylate or Not Dimethylate

 

结论

  • 与标准测序级胰蛋白酶相比,在所有测试条件下,重组胰蛋白酶能够消化产生并鉴定出相当数量的肽和蛋白质。
  •  我们的结果显示出二甲基化可减少自溶片段的产生,然而未修饰的酶可更快对某些切割位点进行处理。
  • 基于加速稳定性研究,SOLu-胰蛋白酶在37°C下溶液稳定> 49天,在4°C时> 800天。
  • 在不改变工作流程的情况下,可以使用重组溶液稳定的胰蛋白酶代替天然胰蛋白酶。
 

材料