寡核苷酸常问问题

我们的客户服务代表和技术服务科学家非常乐意回答您有关寡核苷酸的问题。然而,您也可以在本文找到所需的答案。


 设计

贵公司在设计方面提供帮助吗?

是的,您可以使用我们的OligoArchitect Online工具进行实时PCR / qPCR设计。  同样,您可以使用下列链接中的申请表,免费向我们的技术服务科学家咨询设计方面的建议。

对于大量设计,我们的生物信息学团队能提供帮助。请联系dnaoligos@sial.com进行可行性审查/报价。

我如何选择合适的探针类型?

请参阅我们的文章《选择合适的定制qPCR探针》。  同样,您可以发送电邮至oligotechserv@sial.com,联系我们的技术服务科学家,在探针的选择方面获得帮助。


 合成

寡核苷酸是如何合成的? 
我们采用亚磷酰胺化学合成寡核苷酸。  关于详细的合成方法,请参阅我们的文章《DNA寡核苷酸合成》。


 长度

我可以订购的最长序列是多少?标准DNA寡核苷酸可提供多达120个碱基。然而,与标准DNA寡核苷酸相比,长链寡核苷酸规格较有限,最长为180个碱基。有关详情,请参阅我们的长链寡核苷酸产品。

我可以订购的最短序列是多少?标准DNA寡核苷酸最短为6个碱基。如果您需要少于6个碱基,请联系dnaoligos@sial.com进行可行性评估/报价。


 修饰

我的寡核苷酸在5'或3'末端是否有磷酸基团?
合成的所有寡核苷酸末端均为羟基。
 但是,磷酸基团可被添加到两端。  可使用网上订购配置器或电子邮件订购模板将此修饰添加到您的序列上。磷酸基团的代码是[Phos],在序列中的位置如下:

[Phos]ACGTACGTACGTACGT[Phos]

提供哪些修饰?
可在我们的定制DNA寡核苷酸修饰页面上找到按类别(荧光、黏附、结合、间隔序列、模拟、嵌入、反义和硫代磷酸酯)提供的标准修饰。如果您未看到所需的修饰,很有可能我们仍在改进它,特别是一些可商购获得的产品,例如CPG、亚磷酰胺或NHS酯。

如果在市面上买不到,我们可以作为原料生产您的修饰(有关可行性,请发送电子邮件至dnaoligos@sial.com,说明您的需求;最低费用为25,000美元,通常需要六个月的提前期)。

在设计我的序列时,我应该在哪里进行修饰?
这取决于拟进行的技术和应用的要求。例如,如果要使用qPCR探针,5'端报告子染料和3'淬灭基团被认为是标准的和最常见的,并且效果很好。但是,有些用户可能出于各种原因需要内部淬灭基团,我们可以根据用户要求生产。对于因富含AT区域的靶而需要较短序列长度的qPCR探针,可以在内部添加LNA® (Locked Nucleic Acid®)。如需获得修饰位置方面的帮助,请发送电邮至oligotechserv@sial.com,联系我们的技术服务团队。

对于那些受知识产权保护的染料,贵公司是否提供替代品?提供。如果您打算将寡核苷酸商品化,那么可以理解您希望获得您能自由使用的染料。请发送电子邮件至oligotechserv@sial.com,联系我们的技术服务团队,我们将确定您想要替换的染料有哪些可用替代品。

 


 纯度

有哪些纯化方法可用,它们的保证纯度是多少?
我们的方法和纯度保证如下:脱盐(无保证)、处理柱(无保证,但通常有65-80%全长序列)、RP-HPLC(反相高效液相色谱,> 85%全长序列)和PAGE(聚丙烯酰胺凝胶电泳,> 95%全长序列)。此外,我们还提供不太常用的IE-HPLC(离子[具体来说是阴离子]交换高效液相色谱,请咨询和了解全长序列保证)。最后,我们还提供NGSO(下一代测序寡核苷酸),这是使用专有工艺纯化的定制接头,其目的是将交叉污染尽可能降低到最低水平。有关详细的纯化方法,请参阅我们的文章《寡核苷酸纯化》。

为什么硫代磷酸寡核苷酸的分析型HPLC色谱图看起来很宽?
硫的存在产生立体异构的α-磷,且所得的非对映异构体在色谱过程中稍微改变了洗脱时间。有关该问题的详情,请参阅我们的文章《硫代磷酸寡核苷酸的色谱图分析》。


 数量

贵公司如何确定数量?
我们1)使用UV-Vis分光光度计测量A260值,2)使用比尔-朗伯特定律将吸光度值转换为浓度,和3)将浓度转换为光密度(OD)的常用单位。有关此方法的详情和计算示例,请参阅我们的文章《寡核苷酸定量》。

如果我订购0.2μmol规模,我会收到0.2μmol的材料吗?
不会,交付的材料量通常小于起始合成规模(您可以订购精确数量的材料,而不是按起始合成规模订购)。这是因为每个碱基之间的偶合效率<100%。此外,切割、去保护基和纯化也会使最终产量降低(有关其他详细信息,请参阅我们的文章《DNA寡核苷酸合成》末尾的“产量”一节)。  关于最低产量保证,请查看我们的标准DNA寡核苷酸产品。


 形式

为什么我在容器(试管/板孔)中看不到任何材料?
除非另有说明,否则我们提供的所有寡核苷酸都是干的。如果将试管/培养板呈直角置于光线下,您可能会在容器底部看到薄膜或釉料。在取下盖子/板垫之前,我们建议进行离心,以防材料在运输过程中松动。如果能在水或缓冲液中重悬,而且有A260读数,就说明有寡核苷酸。


 质量

贵公司采用哪些质量控制方法?
默认情况下,我们采用各种方法,例如质谱测定法;在客户要求的情况下,我们还会收费采用一些方法,例如分析型HPLC。有关我们所采用方法的详情,请参阅我们的文章《寡核苷酸质量控制和质量保证》。

我可以索取贵公司的ISO 9001/13485证书复印件吗?
是的,请登录我们的寡核苷酸质量注册网页下载PDF文件。


 服务

贵公司是否提供寡核苷酸退火服务?
是的,请将可行性审查/报价请求发送至dnaoligos@sial.com。  如果您想自行退火,那么请参阅我们的《寡核苷酸退火实验方案》。


 解链温度

如何计算解链温度 (Tm)?
对于≥15个碱基的序列,我们采用最邻近法。对于≤14个碱基的序列,我们采用基本方法(修正型Marmur Doty公式)。  关于每种方法的详情和计算示例,请参阅我们的文章《寡核苷酸解链温度》。

为什么我的技术数据表上的解链温度(Tm)与OligoArchitect™ Online计算的解链温度不同?
OligoArchitect™ Online针对qPCR进行了优化,而我们内部生产系统采用的方法是针对PCR优化的。如果您已使用OligoArchitect™ Online设计序列,那么请在实验中使用OligoArchitect™ Online计算的Tm 。  如果您未使用OligoArchitect™ Online设计序列,并且打算在PCR中使用寡核苷酸,那么请使用技术数据表中提供的Tm 。


 操作及处理

如何制备100μM原液?
简化算法如下:从试管标签 / 技术数据表中读取nmol量,然后乘以10,得到重悬体积,单位为μL(微升;由于技术数据表中包括重悬所需的体积,因此实际上不需要进行这步计算)。关于详细算法和简化算法的详细说明与示例,请参阅我们的文章《寡核苷酸的处理和稳定性》。

如何将nmol(纳摩尔)转换为μg(微克)?
此示例使用详细的量纲分析:

  •  假设寡核苷酸量为30nmol
  •  假设摩尔量(分子量)为6766.5g mol-1

 

如何将染料与氨基标记的序列缀合?
请参阅我们的《NHS-酯修饰与氨基标记的寡核苷酸缀合的实验方案》。

如何减少硫醇修饰的序列?
请参阅我们的《减少硫醇修饰的寡核苷酸的实验方案》。

什么是qPCR MIQE指南,为什么我应该遵循该指南?
 

MIQE指南旨在将qPCR研究标准化,以提高实验透明度,确保实验室之间的一致性,并保持科学文献的诚信。 有关详情及可供下载的清单,请参阅我们的文章《MIQE — 发表实时定量PCR实验结果的最基本信息》。如想了解更多详情,请观看我们的qPCR和MIQE研讨会系列


 稳定性

如果我在周末将寡核苷酸留在实验室工作台上,到周一还能用吗?
能用,无论是干燥的还是在TE缓冲液中,在室温下放置时,寡核苷酸的稳定性可长达3 - 6个月。   有关稳定性的详细信息,请参阅我们的文章《寡核苷酸的处理和稳定性》。

建议的储存条件是什么?
我们建议可将寡核苷酸置于4°C下短期使用(稳定期约1年),或置于-20°C下长期保存(稳定期约2年)。可以将寡核苷酸保持干燥或放入溶液(水或TE缓冲液)中,其稳定性不受影响。有关稳定性的详细信息,请参阅我们的文章《寡核苷酸的处理和稳定性》。


 安全性

贵公司的产品是否有安全数据表?
是的,请登录我们的安全数据表网页下载PDF文件。


 其他

请登录KiCqStart® SYBR® Green引物、 KiCqStart® SYBR® Green引物基因阵列KiCqStart®探针阵列,查看这些产品的更具体的常问问题。

请登录定制多肽文库(PEPscreen®,查看该产品具体的常问问题。

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 材料