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# Sequenziamento di nuova generazione

Il sequenziamento di nuova generazione (NGS) è un termine che racchiude in senso lato diverse tecnologie correlate che consentono una copertura di sequenziamento massivamente parallela o approfondita per una regione selezionata o per l’intero genoma di un organismo. Fondamentali nell’ambito della ricerca basata sulla genomica, le tecnologie di sequenziamento esistono ormai da decenni. Tuttavia, il continuo progresso dell’NGS e delle tecnologie di sequenziamento massivamente parallelo del DNA e dell’RNA ha fornito ai ricercatori una maggiore copertura di sequenziamento a livello genomico e strumenti di analisi dei dati più avanzati, con una rapida riduzione dei costi. Le applicazioni dell’NGS vanno oltre l’analisi dell’intero genoma, poiché questa tecnologia ha implicazioni significative sia per i recenti progressi nella genomica fondamentale che nella ricerca sulle malattie.
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Panoramica
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Assistenza
## Panoramica sui metodi NGS
Sebbene la metodologia e i reagenti per l’NGS siano in continua evoluzione, oggi i ricercatori hanno a disposizione numerosi sistemi NGS. Le piattaforme comunemente utilizzate integrano diverse fasi critiche del flusso di lavoro NGS, tra cui la preparazione dei campioni o delle librerie, la generazione di cluster, il sequenziamento e l’analisi dei dati. La preparazione dei campioni comporta in genere l’amplificazione del DNA o l’aggiunta di linker o adattatori di sequenza. La generazione di cluster di ciascuna sequenza di DNA avviene quando il DNA contenente il linker legato covalentemente si ibrida a una superficie solida per l’amplificazione tramite PCR a ponte, oppure tramite metodi alternativi quali la PCR in emulsione. Inoltre, esistono numerosi metodi di sequenziamento del DNA, tra cui il sequenziamento per ligazione, il sequenziamento per sintesi, il pirosequenziamento e il sequenziamento a semiconduttori ionici. Ciascun metodo di sequenziamento prevede fasi di reazione e composizioni chimiche diverse che, in ultima analisi, determinano la lunghezza di ciascuna sequenza (lunghezza di lettura), il tasso di errore e il costo dei reagenti.
## Approcci [](https://www.sigmaaldrich.com)analitici per l’analisi dei dati NGS
Un elemento fondamentale per tutti i flussi di lavoro NGS è la fase critica di analisi dei dati che segue il sequenziamento. Sebbene ogni piattaforma e flusso di lavoro NGS produca un’enorme quantità di informazioni digitali acquisite su computer, il set di dati grezzi deve essere analizzato da bioinformatici utilizzando un numero sempre crescente di strumenti analitici per l’allineamento e la mappatura delle letture, quali Bowtie, Galaxy e molti altri. Molti degli sviluppi nel campo delle tecnologie NGS derivano dalla fusione di numerosi settori scientifici, finalizzata a sviluppare e ottimizzare l’analisi e l’interpretazione di insiemi di dati di tali dimensioni. A seconda delle specifiche esigenze applicative, i ricercatori sono ora in grado di utilizzare questi potenti strumenti per sequenziare interi genomi, esomi o trascrittomi a fini di ricerca fondamentale e clinica.
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