Sekvenační primery

Navrhli jsme řadu primerů pro dopředné a zpětné sekvenování, které vám umožní sekvenovat jakýkoli insert, který vytvoříte do určité pozice v kterémkoli z našich expresních vektorů SnapFast™. U jiných vektorů je třeba navrhnout vlastní primery. Tam, kde je to možné, jsou vazebná místa pro každý z těchto primerů zachována. Každý primer byl navržen podle následujících parametrů:

Obsah GC: 50-55 %
Teplota tání (TM): 55-60 °C
Páry bází (BP): 18-22 nukleotidů
Dimer primeru: Ne
2^ndry struktura: Žádná-slabá

Kliknutím na příslušné restrikční místo naleznete primery, které obklopují danou oblast pro sekvenování:

AsiSI
Bgl2
NotI
HindIII
SacI
EcoRI

KpnI NcoI EcoRV XhoI XbaI

ClaI BamHI StuI NheI SbfI

PacI SwaI FseI AscI PmeI

Sekvenační vložky v místě Bgl2:

Přední BglII (primer se váže mezi AsiSI a Bgl2 a čte směrem k Bgl2)
Název primeru: OGP-F1  
Sekvence: TCGTTGCGTTACACAC
TM: 59 °C
BP: 18
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhá struktura: Bgl II (primer se váže mezi NotI a Bgl2 a čte směrem k Bgl2)
Název primeru: OGP-R1
Sekvence: TGTGTCGAGTGGATGGTAG
TM: 59,67 °C
BP: 19
GC: 52,6 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura:

Sekvenační vložky mezi NotI - XbaI (sekvence MCS): Název primeru: OGP-F2
Sekvence: TGTCGATCCTACCATCCA
TM: 60 °C
BP: 18
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura: Velmi slabá

Reverzní XbaI-NotI (primer se váže mezi CIaI a XbaI a čte směrem k XbaI)
Název primeru: OGP-R2
Sekvence: Struktura: AGTCAGTCAGTGCAGGAG
TM: 56 °C
BP: 18
GC: 55 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura:

Sekvenční vložky mezi ClaI - NheI (sekvence fúzního MCS):

Přední ClaI - NheI (primer se váže mezi XbaI a BsgI a čte směrem k BsgI)
Název primeru: OGP-F3
Sekvence: Struktura: AGTTGTCTCCTCCTGCACT
TM: 58,97 °C
BP: 19
GC: 53 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura: Velmi slabá

Reverzní NheI-ClaI (primer se váže mezi SbfI a NheI a čte směrem k NheI)
Název primeru: OGP-R3
Sekvence: AGCTGAAGGTACGCTGTATC
TM: 58.53 °C
BP: 20
GC: 50%
Dimer: No
2^ndry structure:

Sekvenační inzerty v místě SbfI:

Přední SbfI (primer se váže mezi NheI a SbfI a čte směrem k SbfI). Tyto sekvence primerů byly změněny v lednu 2014, protože v některých plazmidech způsobovala nízká úroveň homologie smíšená čtení.
Název primeru: OGP-F4
Sekvence: GGATTGCTATCTACCGG
TM: 55 °C
BP: 17
GC: 53 %
Dimer: Ne
2^druhy struktura:

Reverzní SbfI (primer se váže mezi PacI a SbfI a čte směrem k SbfI)
Název primeru: OGP-R4
Sekvence: CCAAGGTAACCAATGAG
TM: 53 °C
BP: 17
GC: 47 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura:

Sekvenační vložky v místě PacI:

Přední PacI (primer se váže mezi SbfI a PacI a čte směrem k PacI)
Název primeru: OGP-F5
Sekvence: CTCATTGGTTACCTTGGG
TM: 57,8 °C
BP: 18
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura:

Reverzní PacI (primer se váže mezi SwaI a PacI a čte směrem k PacI)
Název primeru: OGP-R5
Sekvence: ACAAGTCGATCTCGCCAA
TM: 62 °C
BP: 18
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura:

Sekvenační vložky v místě SwaI:

Přední SwaI (primer se váže mezi PacI a SwaI a čte směrem ke SwaI)
Název primeru: OGP-F6
Sekvence: TGGTCCTTGCTATTGCAC
TM: 59,79 °C
BP: 18
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura: Slabá

Reverzní SwaI (primer se váže mezi FseI a SwaI a čte směrem ke SwaI)
Název primeru: OGP-R6
Sekvence: Struktura: 2^druhy struktura: CAAGATGGATCGACGAA
TM: 62 °C
BP: 18
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhy struktura:

Sekvenační inzerty v místě FseI: Název primeru: OGP-F7
Sekvence: GATCCATCTTGCAGGCTAC
TM: 59,78 °C
BP: 19
GC: 53 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura:

Reverzní FseI (primer se váže mezi AscI a FseI a čte směrem k FseI)
Název primeru: OGP-R7
Sekvence: GGAGTAATACCTGGCGATAG
TM: 57.7 °C
BP: 20
GC: 50%
Dimer: No
2^ndry structure:

Sekvenační inzerty v místě AscI:

Přední AscI (primer se váže mezi FseI a AscI a čte směrem k AscI)
Název primeru: OGP-F8
Sekvence: TCCCGATCTATCCGAGAT
TM: 59,51 °C
BP: 18
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura: Slabá

Reverzní AscI (primer se váže mezi PmeI a AscI a čte směrem k AscI)
Název primeru: OGP-R8
Sekvence: T: 61,24 °C
BP: 18
GC: 55 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura: V případě, že se jedná pouze o jednu skupinu, je třeba provést analýzu:

Sekvenační inzerty v místě PmeI: Název primeru: OGP-F9
Sekvence: CAGGAAGTCCAATCGTCAG
TM: 60,85 °C
BP: 19
GC: 53 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura:

Reverzní PmeI (primer se váže mezi AsiSI a PmeI a čte směrem k PmeI)
Název primeru: OGP-R9
Sekvence: CTCGAAACGACGAGATT
TM: 60,3 °C
BP: 18
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura: Slabá

Sekvenační vložky v místě AsiSI:

Přední AsiSI (primer se váže mezi PmeI a AsiSI a čte směrem k AsiSI)
Název primeru: OGP-F10
Sekvence: T: 58,97 °C
BP: 20
GC: 50 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura: Základní struktura: GTCAGCTATCGTC:

Reverzní AsiSI (primer se váže mezi BglII a AsiSI a čte směrem k AsiSI)
Název primeru: OGP-R10
Sekvence: CCTGTGGAGCTAATGTC
TM: 58 °C
BP: 18
GC: 55 %
Dimer: Ne
2^druhé struktura: Žádná