OligoEvaluator™ pour le calcul de Tm et l'analyse des amorces
OligoEvaluator™ pour les amorces ADN ou ARN
OligoEvaluator est un outil d'analyse des amorces pour les oligonucléotides. Il analyse la structure secondaire, la formation de dimères d'amorces et les caractéristiques physiques des oligonucléotides.
Nous sommes heureux de proposer OligoEvaluator™, notre calculateur de séquences d'oligonucléotides en ligne qui fournit des valeurs d'analyse d'amorces pour la PCR :
L'outil OligoEvaluator™ est un outil d'analyse d'amorces pour les oligonucléotides.
- Nombre de bases
- Poids moléculaire
- Coefficient d'extinction
- Type d'oligo
- µg/OD à 260 nm
- Longueur (paires de bases)
- Température de fusion du primer Tm ;(°C)
- Contenu en gènes %
- Clampage en gènes
- Longueur de chaîne (bp)
- Structure secondaire
- Vérification du dimère primaire
- Lien de séquenceBLAST
OligoEvaluator™ est facile à utiliser : sélectionnez l'ADN ou l'ARN, collez votre séquence et cliquez sur calculer pour que l'outil OligoEvaluator™ renvoie des valeurs. Toutes les propriétés rapportées sont disponibles pour l'exportation vers un modèle Excel pratique.
Calculer les propriétés des oligos, la remise en suspension et la dilution
L'OligoEvaluator™ se compose de trois modules. Choisissez l'analyse pour examiner les propriétés complètes d'un maximum de 10 amorces à la fois. La remise en suspension et la dilution sont des modules de calcul distincts au sein de l'OligoEvaluator™.
| Modules | Caractéristiques |
|---|---|
| Analyse | Saisissez jusqu'à 10 séquences à la fois et l'outil renvoie des valeurs pour toutes les principales propriétés physiques, telles que le poids moléculaire, la température de fusion, la structure secondaire et la formation de dimères d'amorces (les informations sur la structure secondaire et la formation de dimères d'amorces sont fournies dans un format texte simple à interpréter, par ex.g. structure secondaire--strong) |
| Entrez la quantité, la concentration souhaitée et le poids moléculaire, et l'outil renvoie le volume d'eau ou de tampon nécessaire pour remettre en suspension un oligonucléotide sec <. | |
| Dilution | Entrez la concentration du stock (remise en suspension), le volume final souhaité et la concentration finale souhaitée, et l'outil renvoie le volume de solution stock nécessaire pour la dilution |
Fonctionnalités avancées de la calculatrice | ||
|---|---|---|
| Caractéristique | Description | |
| Conditions de réaction | Révision de l'analyse de la structure secondaire et de la formation des dimères d'amorces afin de vérifier l'absence de problèmes de repliementExaminer l'analyse de la structure secondaire et la formation de dimères d'amorces pour vérifier si le repliement pose problème | |
| RechercheBLAST | Vérifier l'homologie des séquences d'oligonucléotides | |
Conditions de réaction
Définitions et valeurs utilisées dans le calculateur OligoEvaluator™
.| Paramètre | Valeur |
|---|---|
| Concentration de l'oligo | La valeur par défaut = 250.0 nM. |
| Concentration en ions monovalents | Il s'agit de la concentration de tous les ions monovalents, par exemple K+, présents dans le mélange réactionnel. K+ favorise le recuit en réduisant la répulsion de charge entre les amorces chargées négativement et les squelettes de la matrice. La valeur par défaut = 100,0 mM. |
| ++ Concentration en ions Mg++ libres | Il s'agit de la concentration en Mg2+ ;(ion magnésium) dans le mélange réactionnel. Mg2+ est un cofacteur requis par les ADN polymérases thermostables. La valeur par défaut = 5,0 mM. |
| Equivalent Na[+ total | L'équivalent sodium est calculé comme suit : [Na+] = Concentration en ions monovalents + 4 × (Mg2+ libre) 1/2 ;(tout en molarité) La valeur par défaut = 382.84 mM |
| Température pour le calcul de l'énergie libre | Cette valeur est utilisée pour calculer l'énergie libre de Gibbs (ΔG) selon la formule : ΔG = ΔH - T ΔS. La valeur par défaut = 25,0 °C (298K). |
Comment calculer la température de recuit d'une amorce ?
L'OligoEvaluator™ fournit la température de fusion des oligos. Il suffit d'entrer votre séquence dans le module d'analyse de la calculatrice, et vous trouverez la Tm rapportée dans la septième colonne. La température de recuit doit généralement être inférieure de plusieurs degrés à la valeur Tm t. Vous trouverez des informations plus détaillées sur la température de fusion dans notre article sur Température de fusion des oligonucléotides.
Produits
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