This kit has not been tested in-house with PFA-fixed samples. However, academic literature indicates successful use of this kit with fixed samples.
WGA4
Kit de amplificación del genoma completo de una sola célula GenomPlex®
Amplify genome of a single cell
Sinónimos:
Single cell whole genome amplification, Whole genome amplification
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| Talla/SKU | Disponibilidad | Precio |
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10 reactions | Comprobar disponibilidad del carrito | $292.00 |
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500 reactions | Comprobar disponibilidad del carrito | $10,260.00 |
Acerca de este artículo
UNSPSC Code:
12352200
EC Number:
254-457-8
NACRES:
NA.55
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Servicio técnico
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Permítanos ayudarleQuality Segment
technique(s)
whole genome amplification: suitable
dilution
(WGA)
input
purified DNA
shipped in
wet ice
storage temp.
−20°C
General description
En el kit de amplificación del genoma completo de una sola célula GenomePlex® se utiliza una tecnología patentada basada en la fragmentación aleatoria del ADN genómico y la conversión de los pequeños fragmentos resultantes en una colección de moléculas amplificables por PCR flanqueadas por sitios de cebado universales. La amplificación del genoma completo (WGA) se consigue por amplificación mediante PCR de las moléculas de la colección utilizando oligonucleótidos cebadores universales. Este kit está diseñado para amplificar el genoma de una sola célula. Este método rápido y sencillo proporciona una amplificación del orden de millones de veces que produce microgramos del ADN genómico procedente de una sola célula. Los métodos tradicionales de amplificación del genoma completo de una sola célula producen cantidades insuficientes con una representación significativamente sesgada. El kit incluye todos los reactivos necesarios para la lisis celular y la exitosa amplificación del genoma completo. Las células individuales pueden aislarse mediante clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS), microdisección por captura láser (LCM), dilución o cualquier otro método aplicable.
Application
El kit de amplificación del genoma completo de una sola célula GenomePlex® se ha utilizado:
- para amplificar el ADN aislado
- en la amplificación del genoma completo (WGA)
- para amplificar los ADN microdisecados
- para la amplificación del ADN genómico de células tumorales circulantes procedente de células de cáncer de próstata metastásico resistentes a la castración
- para la detección de variaciones del número de copias (CNV) mediante el método de secuenciación del genoma completo a baja cobertura de una sola célula (SLWGS)
- en la electroforesis en gel
- en la qPCR
- micromatrices de hibridación genómica comparativa
- análisis de repetición corta en tándem (STR)
- análisis de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP)
Features and Benefits
- Gran rendimiento y precisión de la amplificación del ADN en cuatro horas
- Amplificación del ADN de cualquier fuente, como células cancerosas, células epiteliales, linfocitos, células amnióticas, fibroblastos, células fijas de policarbonato, y células vegetales
- Representación completa de todo el genoma con sesgo alélico mínimo
- La ADN polimerasa WGA es adecuada para utilizar en aplicaciones posteriores, como electroforesis en gel, qPCR, micromatrices de hibridación genómica comparativa (CGH), análisis de repetición corta en tándem (STR) y análisis de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), ensayos TaqMan® y análisis de microsatélites
Other Notes
Las secuencias de los cebadores universales proporcionadas en este kit se consideran privadas.
Legal Information
El empleo de este producto está cubierto por una o más de las siguientes patentes estadounidenses y las correspondientes reivindicaciones de patente fuera de los Estados Unidos: 5,789,224, 5,618,711, 6,127,155 y las reivindicaciones fuera de los EE.UU. Correspondientes a la patente estadounidense caducada nº 5,079,352. La adquisición de este producto incluye una inmunidad limitada intransferible contra pleitos según las reivindicaciones de patentes anteriores para utilizar sólo esta cantidad de producto para la propia investigación interna del comprador. No se transfiere expresamente, por implicación ni por estoppel derecho alguno sobre otra reivindicación de patente, ni derecho de ejecución de ningún método patentado ni derecho de realización de servicios comerciales de ningún tipo, entre otros, informar de los resultados de las actividades del comprador por un precio u otra consideración comercial. Este producto está indicado solo para investigación. Los usos diagnósticos bajo patentes de Roche requiere una licencia aparte de Roche. Para más información sobre las licencias de compra, contacte con el Director de Licencias, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, EE.UU.
GenomePlex is a registered trademark of Takara Bio USA, Inc.
TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.
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|---|---|---|---|
| description Amplify genome of a single cell | description Kit for whole genome amplification from a variety of DNA sources including FFPE tissue | description Reamplification of WGA product with minimal bias | description Optimized kit with enzyme for amplifying a variety of DNA including FFPE tissue |
| technique(s) whole genome amplification: suitable | technique(s) whole genome amplification: suitable | technique(s) whole genome amplification: suitable | technique(s) whole genome amplification: suitable |
| shipped in wet ice | shipped in wet ice | shipped in wet ice | shipped in wet ice |
| dilution (WGA) | dilution (WGA) | dilution (WGA) | dilution (WGA) |
| input purified DNA | input purified DNA | input purified DNA | input purified DNA |
| storage temp. −20°C | storage temp. −20°C | storage temp. −20°C | storage temp. −20°C |
| Quality Level 200 | Quality Level 200 | Quality Level 200 | Quality Level 200 |
Palabra de advertencia
Danger
Códigos de peligro
Indicaciones de precaución
Hazard Classifications
Resp. Sens. 1
Clase de almacenamiento
10 - Combustible liquids
Punto de inflamación (°F)
Not applicable
Punto de inflamación (°C)
Not applicable
WGK
WGK 3
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Is this kit compatible with PFA-fixed samples or should I first reverse crosslinked DNA and then use a broad-spectrum DNA repair enzyme cocktail before doing WGA?
1 answer-
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Buongiorno, il kit GenomePlex® Single Cell WGA4 per amplificazione di DNA da singola cellula con quali metodiche di preparazione di librerie è compatibile? Vi ringrazio
1 answer-
The GenomePlex® Single Cell WGA4 Single Cell DNA Amplification Kits can be sequenced using any library preparation kit that includes end repair (Blunting + A tailing + 5' phosphorylation) followed by adapter ligation.
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I want the amplified product to be NGS sequenced. What is the error rate during amplification and the coverge rate of the genome?
1 answer-
The error rate during amplification has not been determined, but without proofreading, the whole genome amplification polymerase error rate is expected to be similar to native Taq polymerase, typically in the range of approximately 1 × 10^5 to 2 × 10^4. Publications specifically quantifying coverage can be found in early work with WGA4, which reported an overall measured coverage of 78% for aneuploidy screening (doi.org/10.1016/j.fertnstert.2007.07.789). Later work using WGA4 to measure gene copy number variation (https://doi.org/10.1038/srep11415) showed coverage varied by GC content; in areas with a GC composition of 30-60%, the coverage varied approximately 60-120% (rat genomic DNA has 41.9% GC). Several papers have been published on obtaining optimal results and accurate analysis from the kit, with the most relevant being (https://doi.org/10.1038/nprot.2012.039).
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Is there an estimate for the ratio of ssDNA to dsDNA, like roughly 3 times more ssDNA than dsDNA? Also, does the advertised 5-10 ug of DNA for WGA4 correspond to total DNA or just dsDNA?
1 answer-
The ratio of ssDNA to dsDNA has not been determined. However, the 5-10 ug of DNA advertised for WGA4 corresponds to total DNA, not just dsDNA.
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What A260/A280 ratios are expected for a successful WGA 4 product using the WGA4 kit?
1 answer-
The A260/280 has not been measured for any amplification product; however, given that starting material is infinitesimal quantities and adding very little protein, the expectation is for A260/280 to resemble that of pure DNA, especially after purification using the GenElute PCR Cleanup Kit (Catalog Number NA1020).
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What kinds of cells can be used as starting materials with Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit?
1 answer-
The cell lysis method involves treatment with proteinase K and heat. Most cells will be lysed under these conditions.
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Can Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit, be used with purified DNA?
1 answer-
Yes. The kit is designed to amplify the small amount of DNA that is present in a single cell (3-5 pg). It will also work with small amounts of purified DNA; we recommend less than 100 pg.
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Can the amplified Omniplex products resulting from the use of Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit, be used for TA cloning?
1 answer-
Yes. Please ensure that a final extension of 7-30 minutes at 72°C is included after amplification if performing subsequent TA cloning reactions.
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What is the Department of Transportation shipping information for this product?
1 answer-
Transportation information can be found in Section 14 of the product's (M)SDS.To access the shipping information for this material, use the link on the product detail page for the product.
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