We do not have a branded "high-salt lysis buffer" off the shelf that is compatible with benzonase. However, we offer a specialized Benzonase® Salt Tolerant Endonuclease which is active at higher salt concentration, up to1M NaCl .
https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/mm/e5014
E1014
Nucléase Benzonase®
≥250 units/μL, ≥90% (SDS-PAGE), recombinant, expressed in E. coli, buffered aqueous glycerol solution
Benzonase® Nuclease
Synonyme(s) :
Endonucléase from Serratia marcescens
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5 KU
236.00 CHF
25 KU
807.00 CHF
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Numéro CAS:
UNSPSC Code:
12352204
NACRES:
NA.54
MDL number:
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Nucléase Benzonase®, ≥250 units/μL, ≥90% (SDS-PAGE), recombinant, expressed in E. coli, buffered aqueous glycerol solution
biological source
Serratia marcescens
recombinant
expressed in E. coli
assay
≥90% (SDS-PAGE)
form
buffered aqueous glycerol solution
mol wt
30 kDa
concentration
≥250 units/μL
application(s)
research use
foreign activity
protease, essentially free
shipped in
wet ice
storage temp.
−20°C
Quality Level
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1 of 4
Cet article | 70664 | 71206 | 71205-M |
|---|---|---|---|
| assay ≥90% (SDS-PAGE) | assay >99% (SDS-PAGE) | assay >99% (SDS-PAGE) | assay >90% (SDS-PAGE) |
| biological source Serratia marcescens | biological source Serratia marcescens | biological source Serratia marcescens | biological source Serratia marcescens |
| form buffered aqueous glycerol solution | form buffered aqueous glycerol solution | form buffered aqueous glycerol solution | form buffered aqueous glycerol solution |
| application(s) research use | application(s) research use | application(s) research use | application(s) research use |
| concentration ≥250 units/μL | concentration 25-29 units/μL | concentration ≥250 units/μL | concentration ≥250 units/μL |
| recombinant expressed in E. coli | recombinant expressed in E. coli | recombinant expressed in E. coli | recombinant expressed in E. coli |
Application
La nucléase Benzonase® a été utilisée : dans un tampon de lyse C glacé pour digérer de l'ADN et de l'ARN et contribuer à la libération complète de toutes les protéines nucléaires[1], dans une étape d'immunoprécipitation pour libérer les complexes protéiques présents dans le nucléoplasme et la chromatine[2], comme supplément dans un tampon RIPA pour fractionner des cellules SHSY5Y en vue d'une immunoprécipitation[3], pour éliminer les acides nucléiques résiduels d'anneaux aortiques dans une méthode de décellularisation.[4]
Pour l'élimination des acides nucléiques présents dans les échantillons protéiques.
Biochem/physiol Actions
Digère l′ADN et l′ARN endogènes ou dénaturés par voie thermique.
La nucléase Benzonase® peut digérer entièrement les acides nucléiques en donnant des oligonucléotides à extrémité 5′-monophosphate de 3 à 5 bases de long, ce qui en fait un outil idéal pour éliminer les acides nucléiques mélangés aux protéines recombinantes et pour les applications nécessitant une digestion complète des acides nucléiques. En plus de réduire la viscosité des extraits protéiques et d'empêcher les cellules de s'agglutiner, prétraiter les échantillons protéiques avec la nucléase Benzonase® améliore grandement leur résolution en électrophorèse sur gel en 2D grâce à la suppression des éventuels acides nucléiques liés. Cette enzyme polyvalente est capable de digérer l'ADN et l'ARN natifs ainsi que leurs formes dénaturées par voie thermique, l'activité de l'enzyme étant maximale entre pH 8,0 et pH 9,2. La nucléase Benzonase® permet d'éliminer l'ADN des cellules hôtes présent dans les échantillons de microbiome. Dans de nombreux cas, les échantillons de microbiome (salive ou peau par exemple) contiennent un pourcentage élevé d'ADN des cellules hôtes qui interfère avec les résultats en aval. Nos experts ont montré que réduire la quantité de l'ADN issu des celles hôtes permet d'abaisser le coût du séquençage tout en augmentant et en améliorant les données. Les données expérimentales sont disponibles dans l'article technique : Benzonase® Nuclease for Microbiome Workflows.
Features and Benefits
- Déplétion de l'ADN des cellules hôtes présent dans les échantillons de microbiome.
- Digestion efficace des acides nucléiques dans diverses procédures.
- Réduction de la viscosité durant l'extraction de protéines.
General description
La nucléase Benzonase® est une endonucléase génétiquement modifiée extrêmement efficace issue de Serratia marcescens[5]. Ce dimère protéique doté de deux ponts disulfure cruciaux[6] est capable d'attaquer et de dégrader toutes les formes d'ADN et d'ARN (simple brin, double brin, linéaire et circulaire) en conditions opératoires très variées. La nucléase Benzonase® a la capacité d'éliminer les acides nucléiques et d'améliorer la pureté et la qualité des échantillons protéiques.
Legal Information
La nucléase Benzonase® est fournie par Merck KGaA Darmstadt (Allemagne) et/ou ses filiales.
Benzonase is a registered trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany
Physical form
Classe de stockage
10 - Combustible liquids
wgk
WGK 1
flash_point_f
Not applicable
flash_point_c
Not applicable
ppe
Eyeshields, Gloves
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Characterization of Laminins in Healthy Human Aortic Valves and a Modified Decellularized Rat Scaffold
Granath C, et al.
BioResearch Open Access, 9(1) (2020)
Sequential fractionation and isolation of subcellular proteins from tissue or cultured cells
Baghirova S, et al.
MethodsX, 2, 440-445 (2015)
The involvement of tau in nucleolar transcription and the stress response
Maina M.B., et al.
Acta Neuropathologica Communications, 6(70) (2018)
P Friedhoff et al.
Protein expression and purification, 5(1), 37-43 (1994-02-01)
Overproduction of the extracellular Serratia marcescens nuclease in Escherichia coli results in aggregation and sequestration of a large amount of the protein in inclusion bodies. Only a relatively small amount is secreted into the medium from which it can be
Miles C Scotcher et al.
PloS one, 4(3), e4924-e4924 (2009-03-18)
Botulism, an often fatal neuroparalytic disease, is caused by botulinum neurotoxins (BoNT) which consist of a family of seven serotypes (A-H) produced by the anaerobic bacterium Clostridium botulinum. BoNT, considered the most potent biological toxin known, is a 150 kDa
Articles
Benzonase®endonuclease efficiently removes nucleic acid contaminants from viral production, crucial for cell and gene therapies and vaccines.
This page lists nine frequently asked questions and answers about Benzonase® Nuclease.
The field of proteomics is continually looking for new ways to investigate protein dynamics within complex biological samples. Recently, many researchers have begun to use RNA interference (RNAi) as a method of manipulating protein levels within their samples, but the ability to accurately determine these protein amounts remains a challenge. Fortunately, over the past decade, the field of proteomics has witnessed significant advances in the area of mass spectrometry. These advances, both in instrumentation and methodology, are providing researchers with sensitive assays for both identification and quantification of proteins within complex samples. This discussion will highlight some of these methodologies, namely the use of Multiple Reaction Monitoring (MRM) and Protein-AQUA.
Benzonase® Nuclease for reducing host DNA in microbiome workflows and enhancing taxa identification.
Contenu apparenté
Read an automated protocol for protein purification using PureProteome™ nickel magnetic beads on the AAW™ automated assay workstation and see results comparing manual vs automated runs.
Find protein research tools to prepare, isolate, and analyze proteins. Organized by how to extract, protect, purify, enrich, modify, and quantify proteins.
The use of Benzonase® endonuclease can significantly reduce the levels of DNA by more than 100,000-fold while also reducing viscosity and protecting downstream equipment from DNA fouling. However, optimization strategies and DoE are critical when it comes to reducing DNA in your process. Setting up a DoE for your Benzonase® endonuclease application can help you find the optimal operation conditions that deliver the required DNA clearance from your process.
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Do you sell high salt lysis buffers that are compatible with benzonase? Do you have any written protocols for use of benzonase with high salt buffers?
1 answer-
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I am doing a protein purification and would like to know if magnesium chloride is required in the lysis buffer when using the Benzonase. Also, would the activity of benzonase be affected when added to a lysis buffer containing EDTA
1 answer-
A concentration of 1-2 mM of magnesium is required for the activity of this product. An EDTA concentration of 1 mM partially inhibits the activity of this product.
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Hi, what is the ratio of E1014 : DNA and E1014 : RNA for an efficient acid nucleic removal?
1 answer-
For efficient nucleic acid removal using Benzonase® (E1014), the recommended ratio depends on the concentration of DNA or RNA in the sample. A typical starting point is 25 U/mL of Benzonase® for reducing nucleic acid content in lysates, which corresponds to approximately 1 unit of enzyme per 37 µg of DNA under optimal conditions. For lower concentrations of DNA or RNA, as little as 9 U/mL may achieve 99% removal, but higher concentrations, e.g., 90 U/mL, ensure faster and more complete degradation. Optimal activity requires 1–2 mM magnesium ions, a pH of 8.0–9.2, and incubation at 37°C. Adjustments may be needed for sample-specific factors such as buffer composition and nucleic acid load.
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How many ul does it contain? What kind of Unit is KU?
1 answer-
The unit activity of this product is lot-specific and reported in the product Certificate of Analysis. The minimum activity is 250 units per microliter. The KU value represents 1000 units. For example, a 20 KU package size represents 20,000 units. Please see the link below to review a sample or lot-specific Certificate:
https://www.sigmaaldrich.com/product/sigma/e1014#product-documentationHelpful?
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Hi, for protein purification from E. coli cells, how much is the working concentration range for Benzonase nuclease (≥250 units/μL)? Thank you
1 answer-
The recommended starting concentration for Benzonase nuclease is 25 units per milliliter of cell lysate.
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Hello, I plan to do proteomic for protein. When I add RIPA buffer to isolate the protein, I need to remove the DNA and RNA inside. When should I add E1014? Together with RIPA or after it?
1 answer-
Concentrations greater than 1 mM EDTA will inhibit Benzonase activity, and RIPA buffer recipes typically contain EDTA at higher concentrations than 1 mM. Therefore, Benzonase should be used after removing EDTA from the lysed sample or consider using a different lysis solution that does not include EDTA in the formulation.
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What is the storage temperature range for E1014? There is only a specified storage temperature, and not a range.
1 answer-
This product is stored at freezer temperature, which is typically -20°C. An excepted range is -15 - -20°C.
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