OligoEvaluator™ para el cálculo de T_m y el análisis de cebadores

OligoEvaluator™ para cebadores de ADN o ARN

OligoEvaluator es una herramienta de análisis de cebadores para oligonucleótidos. Analiza la estructura secundaria, la formación de dímeros de cebadores y las características físicas de los oligonucleótidos. 

Nos complace ofrecer OligoEvaluator™, nuestra calculadora en línea de secuencias de oligonucleótidos que proporciona valores de análisis de cebadores para PCR:

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• Cuento de bases
• Peso molecular
• Coeficiente de extinción
• Tipo de óligos

• µg/OD a 260 nm
  
• Longitud (pares de bases)
• Temperatura de fusión del prímero Tm (°C)

• Contenido de CG %
  
• Pinza de CG
• Longitud de carrera (pb)

• Estructura secundaria
  
• Comprobación de dímeros de primers
  
• Enlace de secuenciaBLAST

OligoEvaluator™ es fácil de usar: seleccione ADN o ARN, pegue su secuencia y haga clic en calcular para que la herramienta OligoEvaluator™ devuelva los valores. Todas las propiedades reportadas están disponibles para su exportación a una conveniente plantilla de Excel.

Evaluador de Oligo.

Compute propiedades de oligo, resuspensión y dilución

El OligoEvaluator™ consta de tres módulos. Elija análisis para ver las propiedades completas de hasta 10 primers a la vez. Resuspensión y Dilución son módulos de calculadora separados dentro de OligoEvaluator™.

Dilución.

Características
Análisis	Propiedades físicasIntroduzca hasta 10 secuencias a la vez, y la herramienta devuelve valores para todas las propiedades físicas principales, como el peso molecular, la temperatura de fusión, la estructura secundaria y la formación de dímeros de cebadores (la información sobre la estructura secundaria y la formación de dímeros de cebadores se proporciona en un formato de texto fácil de interpretar, e.g. estructura secundaria--strong)
Resuspensión	Introduzca la cantidad, la concentración deseada y el peso molecular, y la herramienta devolverá el volumen de agua o tampón necesario para resuspender un oligonucleótido seco
Dilución	Introduzca la concentración de la solución madre (resuspensión), el volumen final deseado y la concentración final deseada, y la herramienta devolverá el volumen de solución madre necesario para la dilución

Funciones avanzadas de la calculadora
Característica	Descripción
Condiciones de reacción	Revisar el análisis de la estructura secundaria y la formación de dímeros de cebadores.Revisar el análisis de la estructura secundaria y la formación de dímeros de cebadores para comprobar si existe un plegamiento problemático
BúsquedaBLAST	Comprobar la homología de la secuencia de oligonucleótidos

Condiciones de reacción

Definiciones y valores utilizados en la calculadora OligoEvaluator™

Definiciones y valores utilizados en la calculadora OligoEvaluator™.

Parámetro	Valor
Concentración de óligos	El valor por defecto = 250.0 nM.
Concentración de iones monovalentes	Es la concentración de todos los iones monovalentes, por ejemplo K+, presentes en la mezcla de reacción. El K+ favorece el recocido al reducir la repulsión de carga entre los cebadores cargados negativamente y los esqueletos de la plantilla. El valor predeterminado = 100,0 mM.
Concentración de iones Mg++ libres	Esta es la concentración de Mg2+ (ion magnesio) en la mezcla de reacción. El Mg2+ es un cofactor requerido por las ADN polimerasas termoestables. El valor por defecto = 5,0 mM.
Na[+] Total Equivalente	El sodio equivalente se calcula de la siguiente manera: [Na+] = Concentración de iones monovalentes + 4 × (Mg2+ libre) 1/2 (todo ello en molaridad) El valor por defecto = 382.84 mM
Temperatura para el cálculo de la energía libre	Se utiliza para calcular la energía libre de Gibbs (ΔG) en la fórmula: ΔG = ΔH - T ΔS. El valor por defecto = 25,0 °C (298K).

¿Cómo calcular la temperatura de annealing de un primer?

El OligoEvaluator™ proporciona la temperatura de fusión de los oligos. Simplemente introduzca su secuencia en el módulo Análisis de la calculadora, y encontrará la T_m informada en la séptima columna. La temperatura de recocido debe ser normalmente varios grados inferior al valor de T_m . Puede encontrar información más detallada sobre la temperatura de fusión en nuestro artículo sobre Temperatura de fusión de oligonucleótidos.

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