MBD6000

Zestaw 5R-Plex

Ultra-sensitive 16S NGS assay for degraded and low biomass DNA

• NACRES: NA.84
• UNSPSC Code: 41106302

Właściwości

• Quality Segment: 200
• usage: Preparing 96 samples for sequencing
• technique(s): DNA amplification: suitable, DNA sequencing: suitable
• shipped in: dry ice
• storage temp.: -10 to -25°C

Opis

General description

Gen 16S rybosomalnego RNA (16S rRNA) jest powszechnym markerem bakteryjnym, wykorzystywanym jako cel do profilowania społeczności drobnoustrojów w badaniach metagenomicznych mikrobiomu. Gen ten składa się z dziewięciu zmiennych regionów (V1-V9) przeplatających się między konserwowanymi regionami. Najpopularniejsze testy 16S rRNA NGS są ukierunkowane na jeden lub dwa regiony przy użyciu pojedynczego zestawu starterów (np. V3-V4). Jednak takie podejście zwykle skutkuje słabą wykrywalnością bakterii i wskaźnikiem klasyfikacji, gdy dane wejściowe DNA są niskiej jakości lub gdy stosuje się je do próbek o wyjątkowo niskiej biomasie. Zestaw 5R-PLEX oferuje kompletne rozwiązanie dla trudnych próbek biologicznych, w których standardowe protokoły sekwencjonowania 16S nie działają. Typy próbek obejmują:

• Tkanka utrwalona formaliną i zatopiona w parafinie (FFPE)
• Tkanka guza nowotworowego
• Zdegradowane lub uszkodzone DNA
• Próbki o niskiej biomasie
• Kopalne i starożytne DNA

Zestaw 5R-PLEX został opracowany we współpracy z dr Ravidem Straussmanem z Instytutu Weissmanna, w oparciu o technikę, która została opisana w jego publikacji Science poświęconej charakterystyce ludzkiego mikrobiomu nowotworowego (Science2020 May 29;368(6494):973-980. doi: 10.1126/science.aay9189). Zestaw jest ukierunkowany na pięć krótkich zmiennych regionów wzdłuż genu 16S rRNA (V2, V3, V5, V6, V8), które są koamplifikowane w multipleksowanym PCR w jednej probówce. Po sekwencjonowaniu dane wyjściowe są przesyłane na naszą platformę M-CAMPTM (Microbiome Computational Analysis for Multi-omics Profiling) i analizowane przy użyciu unikalnego algorytmu 5R-PLEX[2]. To nowe podejście do analizy łączy obliczeniowo amplifikowane regiony w celu zrekonstruowania jednego spójnego profilu mikrobiologicznego o wysokiej rozdzielczości. Przeczytaj więcej o naszym zestawie tutaj.

Features and Benefits

• Zestaw 5R-PLEX zapewnia wysokoprofilowe sekwencjonowanie zdegradowanych, uszkodzonych lub o niskiej zawartości biomasy próbek.
• Multipleksowany test NGS jest ukierunkowany na 5 zmiennych regionów genu 16S rRNA w pojedynczej puli starterów.
• Zawiera kontrolę pozytywną do eksperymentów z wykrywaniem problemów.
• Zestaw może wykryć zaledwie 1pg wysoce zdegradowanego bakteryjnego DNA o średniej wielkości fragmentu 260bp.
• Zestaw zawiera odczynniki o niskim obciążeniu biologicznym
• Obejmuje wyłączny dostęp do platformy M-CAMP^™ z innowacyjnym algorytmem zaprojektowanym do rekonstrukcji pojedynczego spójnego profilowania drobnoustrojów i przeprowadzania kompleksowej analizy.

Preparation Note

Okres trwałości wszystkich odczynników dostarczonych w zestawie wynosi 12 miesięcy, jeśli są prawidłowo przechowywane. Wszystkie składniki należy przechowywać w temperaturze -20 °C.

Other Notes

Szczegółowe informacje na temat komponentów zestawu można znaleźć w instrukcji obsługi.

• 5R-PLEX PCR1 Primer mix- 25 μL
• 5R-PLEX PCR2 Forward Primer mix- 25 μL
• 5R-PLEX index plate 96-plate
• Water, microbial DNA-free 10X- 1.5 mL
• HF DNA Polymerase- 0.1 mL
• 5X HF buffer 2 mL
• dNTP′s- 0.2 mL
• Elution Buffer (EB), microbial DNA-free- 8 mL
• 5R-PLEX Positive Control (10 ng/μL)- 30 μL

Legal Information

M-Camp is a trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany

Ta strona może zawierać tekst przetłumaczony maszynowo.

Informacja o środkach bezpieczeństwa

• hcodes: H412
• pcodes: P273 - P501
• Hazard Classifications: Aquatic Chronic 3
• Klasa składowania: 10 - Combustible liquids