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Merck

A9539

Agarosa

BioReagent, Molecular Biology, low EEO

Agarose
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Sinónimos:

3,6-Anhydro-α-L-galacto-β-D-galactan, Agarose LE

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Acerca de este artículo

Número CAS:
EC Number:
MDL number:
UNSPSC Code:
41105317
PubChem Substance ID:
NACRES:
NA.25

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biological source

algae (marine)

Quality Level

grade

Molecular Biology

product line

BioReagent

form

powder

technique(s)

electrophoresis: suitable

impurities

≤10% moisture content

EEO

0.09-0.13

transition temp

gel point 36 °C ±1.5 °C (1.5% gel)

gel strength

≥1200 g/cm2 (1% gel)

anion traces

sulfate (SO42-): ≤0.15%

suitability

suitable for electrophoresis
suitable for molecular biology

foreign activity

DNase, RNase, none detected

SMILES string

O1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@H]([C@H]1CO)O)O[C@@H]4O[C@@H]5[C@H]([C@@H](OC5)[C@@H]4O)O[C@@H]6O[C@@H]([C@@H]([C@@H]([C@H]6O)O)O)CO)O)O[C@H]2[C@H]3OC[C@@H]2O[C@H]([C@H]3O)O

InChI

1S/C24H38O19/c25-1-5-9(27)11(29)12(30)22(38-5)41-17-8-4-36-20(17)15(33)24(40-8)43-18-10(28)6(2-26)39-23(14(18)32)42-16-7-3-35-19(16)13(31)21(34)37-7/h5-34H,1-4H2/t5-,6-,7+,8+,9+,10+,11+,12-,13+,14-,15+,16-,17-,18+,19+,20+,21-,22+,23+,24+/m1/s1

InChI key

MJQHZNBUODTQTK-WKGBVCLCSA-N

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A0169A2576A0576
EEO

0.09-0.13

EEO

0.09-0.13

EEO

≤0.12

EEO

≤0.12

form

powder

form

powder

form

powder

form

powder

gel strength

≥1200 g/cm2 (1% gel)

gel strength

≥1200 g/cm2 (1% gel)

gel strength

≥300 g/cm2 (1.5% gel)

gel strength

≥1800 g/cm2 (1% gel), ≥3200 g/cm2 (1.5% gel)

Quality Level

200

Quality Level

200

Quality Level

200

Quality Level

200

product line

BioReagent

product line

-

product line

-

product line

-

grade

for molecular biology

grade

-

grade

Molecular Biology

grade

-

General description

La agarosa es un polisacárido natural aislado de los géneros de algas Gelidium y Gracilaria. Desde el punto de vista estructural, es un polímero lineal consistente en unidades alternas de D-galactosa y 3,6-anhidro-L-galactosa.[1]

Application

La agarosa se ha utilizado:

  • en la electroforesis en gel para analizar la integridad del ADN[2]
  • para preparar geles hidrocoloides y estudiar la influencia estructural de los geles en la liberación de carbohidratos[3]
  • en la electroforesis en gel para analizar la integridad del ARN[4]
  • es adecuada para aplicaciones proteicas como la inmunodifusión de Ouchterlony y radial (RID)

Biochem/physiol Actions

La agarosa sirve como agente gelificante y se utiliza ampliamente en la investigación en biología molecular para separar y analizar los ácidos nucleicos mediante electroforesis o transferencia (Northern o Southern). Durante la gelificación, los polímeros de agarosa se combinan de manera no covalente, produciendo una red de haces cuyos tamaños de poro deciden las propiedades de tamizado molecular de un gel. El tipo y la concentración de agarosa influyen en la tasa de migración de una molécula de ADN a través de un gel.[1] Sin embargo, la agarosa también tiene características atractivas que provocan un fuerte interés en su uso en aplicaciones biológicas. Se sabe que imita la matriz extracelular, lo que la convierte en un excelente biomaterial para aplicaciones de ingeniería de tejidos. Debido a su gran capacidad de captación de agua la agarosa es adecuada para la encapsulación celular. La agarosa permite la permeación regulada del oxígeno y los nutrientes y es útil en el crecimiento, la diferenciación y la proliferación celulares. La agarosa se utiliza en la administración controlada o localizada de medicamentos y en la medicina regenerativa, como neurogénesis, angiogénesis, espermatogénesis, formación de cartílago, regeneración ósea, cicatrización de heridas y páncreas artificiales.[5]

Features and Benefits

  • Biocompatible
  • Los geles de agarosa tienen tamaños de poro más grandes que los geles de poliacrilamida a bajas concentraciones
  • A diferencia de la poliacrilamida, la consistencia de los geles es más sólida (pero también menos elástica)
  • Posee poco bromuro de etidio y SYBR verde

Analysis Note

A continuación se presenta una lista de las propiedades asociadas a nuestras agarosas:
Contenido de sulfatos - utilizados como un indicador de pureza, ya que los sulfatos constituyen el principal grupo iónico presente.
Fuerza del gel - la fuerza que debe aplicarse a un gel para provocar su fractura.
Punto de gelificación - la temperatura a la cual una disolución acuosa de agarosa forma un gel cuando se enfría. Las disoluciones de agarosa exhiben histéresis en la transición de líquido a gel - es decir, su punto de gelificación no es el mismo que su temperatura de fusión.
Electroendosmosis (EEO) - movimiento de líquido a través del gel. En un gel de agarosa, los grupos aniónicos están pegados a la matriz y no pueden moverse, pero los contra-cationes disociables pueden migrar en la matriz hacia el cátodo, dando lugar a EEO. Dado que el movimiento electroforético de los biopolímeros suele ser en dirección al ánodo, la EEO puede alterar las separaciones debido a la convección interna.

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Referencia del producto
Descripción
Precios

Clase de almacenamiento

11 - Combustible Solids

wgk_germany

WGK 1

flash_point_f

Not applicable

flash_point_c

Not applicable

ppe

Eyeshields, Gloves, type N95 (US)


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The pattern of RNA integrity and the expression of housekeeping genes are influenced by sodium hypochlorite and ascorbic acid
Begum S, et al.
American Journal of Stem Cells, 12(1), 12-12 (2023)
Lukas Kain et al.
Journal of the mechanical behavior of biomedical materials, 85, 225-236 (2018-06-23)
Mechanical assessment of biological materials and tissue-engineered scaffolds is increasingly focusing at lower length scale levels. Amongst other techniques, atomic force microscopy (AFM) has gained popularity as an instrument to interrogate material properties, such as the indentation modulus, at the
Release of glucose and maltodextrin DE 2 from gellan gum gels and the impacts of gel structure
Kanyuck KM, et al.
Food Hydrocolloids, 122, 107090-107090 (2022)
Agarose-based biomaterials for tissue engineering
Zarrintaj P, et al.
Carbohydrate Polymers, 187, 66-84 (2018)
Stephen AM and Phillips GO
Food Sci. Technol., 160 (2006)

Protocolos

GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit protocol describes a simple and convenient way for the isolation of pure genomic DNA from bacteria.

The GenElute™ Blood Genomic DNA Kit Protocol provides a simple and convenient way to isolate pure genomic DNA from fresh or aged whole blood.

The GenElute Mammalian Genomic DNA Purification Kit Protocol describes the isolation of pure, high molecular weight DNA from a variety of mammalian sources.

Questions

1–4 of 4 Questions  
  1. How can I determine the shelf life / expiration / retest date of this product?

    1 answer
    1. If this product has an expiration or retest date, it will be shown on the Certificate of Analysis (COA, CofA). If there is no retest or expiration date listed on the product's COA, we do not have suitable stability data to determine a shelf life. For these products, the only date on the COA will be the release date; a retest, expiration, or use-by-date will not be displayed.
      For all products, we recommend handling per defined conditions as printed in our product literature and website product descriptions. We recommend that products should be routinely inspected by customers to ensure they perform as expected.
      For products without retest or expiration dates, our standard warranty of 1 year from the date of shipment is applicable.
      For more information, please refer to the Product Dating Information document: https://www.sigmaaldrich.com/deepweb/assets/sigmaaldrich/marketing/global/documents/418/501/product-dating-information-06-25-mk.pdf

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  2. I would like to know the molecular weight of this agarose.

    1 answer
    1. Agarose is a polysaccharide made up of alternating ?-D-galactose and 3,6-anhydro-L-galactose units of agarobiose in its chemical structure. The molecular weight is variable and has not been determined. Please see the link below for additional information, including an agarose selection guide:
      https://www.sigmaaldrich.com/deepweb/assets/sigmaaldrich/product/documents/181/864/a9539pis.pdf

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  3. How is shipping temperature determined? And how is it related to the product storage temperature?

    1 answer
    1. Products may be shipped at a different temperature than the recommended long-term storage temperature. If the product quality is sensitive to short-term exposure to conditions other than the recommended long-term storage, it will be shipped on wet or dry-ice. If the product quality is NOT affected by short-term exposure to conditions other than the recommended long-term storage, it will be shipped at ambient temperature. As shipping routes are configured for minimum transit times, shipping at ambient temperature helps control shipping costs for our customers. For more information, please refer to the Storage and Transport Conditions document: https://www.sigmaaldrich.com/deepweb/assets/sigmaaldrich/marketing/global/documents/316/622/storage-transport-conditions-mk.pdf

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  4. Good afternoon, The specification of this product indicates that the amount of sulfate is lower or equal to 15%. Could you please specify what the 15% refers to? mass of sulfate groups per total mass of the polymer? Best regards

    1 answer
    1. This product contains trace amounts of sulfate. The maximum amount allowable is 0.15% by weight.

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Reviews

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  1. Freiburg, Germany
    • Review 1
    • Votes 3
    5 out of 5 stars.

    Perfect for DNA gel electrophoresis

    We use this agarose already since several years in the lab on a regular basis for our DNA gel electrophoresis and always obtained very good results. We use in for gels from 0.8 up to 4%.

    Helpful?

  2. 1 Ratings-only review

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