Vlastní oligosekvenátory pro sekvenování Next-Gen

Přečtěte si více informací

• Specifikace oligosekvenátorů pro sekvenování nové generace
• .Funkční kontrola kvality
• Ostatní-ngs-oligonukleotidy
• Seznamy produktů

Nezávisle na platformě sekvenování nové generace (NGS) jsou pro správné sestavení fragmentů vzorku nutné univerzální a indexové adaptérové sekvence. Adaptéry - zejména indexové adaptéry, protože obsahují MID (multiplexní identifikátor) nebo čárový kód - obsahující příliš vysoký podíl zkrácených sekvencí (nepřijatelně nízká čistota) nebo příliš vysoký podíl jiných adaptérových sekvencí (nadměrná křížová kontaminace) mohou vést k narušení integrity sekvenčního čtení (také nadměrná dimerizace adaptéru), respektive k nesprávnému sestavení sekvence během multiplexních experimentů. Tyto typy problémů jsou nezjistitelné až do fáze analýzy dat, což je činí časově i finančně nákladnými.

Pro úspěšný průběh sekvenování je proto rozhodující výrobní proces použitý pro sekvence adaptérů. Naše zakázkové sekvenační oligosy pro sekvenování příští generace (NGSO) jsou vyráběny za přísných podmínek, aby byla zajištěna vhodná čistota a nízká křížová kontaminace, a splňovaly tak potřeby výzkumu, komerční potřeby a potřeby molekulární diagnostiky tím, že eliminují neúspěšné sekvenační běhy s vadnou kvalitou adaptéru.

Pomocí tabulky níže se rozhodněte, která ze tří možností je vhodná pro splnění vašich potřeb. Hlavním kritériem výběru by mělo být, který strop křížové kontaminace je přijatelný spolu se systémem řízení kvality (ISO 9001 pro výzkumné a komerční potřeby; ISO 13485 pro potřeby molekulární diagnostiky). V případě pochybností zvolte NGSO-Gold pro přístroje Illumina a NGSO-Silver pro přístroje Thermo Fisher (Ion Torrent™).

¹Hodnoty stanovené prostřednictvím nezávislých zdrojů, které používaly adaptéry vyrobené těmito postupy. Multiplexní sekvenování bylo provedeno pomocí přístrojů Illumina.
²Očekávané výtěžnosti platí pro oligonukleotidy o délce 20 bází a delší.

Funkční kontrola kvality

NGSO-Bronze, Silver a Gold prošly procesní validací, aby bylo zajištěno, že každý z nich poskytuje adaptéry s úrovní křížové kontaminace nižší, než jsou stropy ve výše uvedené tabulce. Před odesláním však adaptéry NGSO v rámci rutiny neprochází funkčním testováním s NGS, které by poskytlo skutečné hodnoty křížové kontaminace. Pokud si přejete funkční kontrolu kvality svých adaptérů pomocí NGS, zašlete prosím požadavky. Provedeme posouzení proveditelnosti (to zahrnuje konzultaci s vámi ohledně protokolu), a pokud to bude možné, poskytneme nabídku s cenou a odhadovaným termínem dokončení. Testování bude provedeno na přístrojích Illumina.

Jiné oligonukleotidy NGS

Kromě adaptérů hlavní sekvenační platformy často vyžadují i jiné typy oligonukleotidů pro další kroky v pracovním postupu, např.např. amplifikační primery (Obrázek 1). Tyto další oligonukleotidy nemusí splňovat stejný strop nízké křížové kontaminace jako adaptéry, proto je lze objednat jako standardní vlastní oligony DNA.

Obrázek 1. Obecný pracovní postup sekvenování nové generace a potřebné oligonukleotidy.

Však doporučujeme určitá purifikační opatření na základě funkce oligonukleotidů, jak je uvedeno v tabulce.

Klikněte na zde a objednejte si tyto další oligonukleotidy pro sekvenování nové generace na zakázku.