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Merck

Synthesis of PS/PO-chimeric oligonucleotides using mixed oxathiaphospholane and phosphoramidite chemistry.

Organic & biomolecular chemistry (2014-11-05)
Ewa Radzikowska, Janina Baraniak
ABSTRACT

Chimeric oligonucleotides containing phosphodiester and phosphorothioate linkages have been obtained using the solid phase synthesis. The oligonucleotide parts possessing natural internucleotide phosphate bonds were assembled using commercially available nucleoside 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylamino)phosphoramidites 7 whereas the phosphorothioate segment was built using nucleoside 3'-O-(2-thio-1,3,2-oxathiaphospholanes) 3. The oxidation steps, crucial for the conversion of phosphite linkages into the phosphate moieties, were conducted using tert-butylperoxy-trimethylsilane, and this reagent was not harmful to the diester phosphorothioate linkages. When P-diastereopure nucleoside 3'-O-(2-thio-1,3,2-oxathiaphospholane) monomers were employed the resulting chimeric backbone retained the P-stereoregularity of the phosphorothioate units.

MATERIALI
Numero di prodotto
Marchio
Descrizione del prodotto

Sigma-Aldrich
Acetonitrile, suitable for HPLC, gradient grade, ≥99.9%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetonitrile, HPLC Plus, ≥99.9%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetonitrile, ACS reagent, ≥99.5%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetonitrile, anhydrous, 99.8%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetonitrile, suitable for HPLC, gradient grade, ≥99.9%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
1,8-diazabiciclo[5.4.0]undec-7-ene, 98%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
tert-Butyl hydroperoxide solution, 70 wt. % in H2O
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetic anhydride, ReagentPlus®, ≥99%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Decane, ReagentPlus®, ≥99%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Piperidina, ReagentPlus®, 99%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
tert-Butyl hydroperoxide solution, 5.0-6.0 M in decane
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetic anhydride, ACS reagent, ≥98.0%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Piperidina, ≥99.5%, purified by redistillation
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Succinic anhydride, ≥99% (GC)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetic anhydride, 99.5%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetonitrile, biotech. grade, ≥99.93%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Piperidina, biotech. grade, ≥99.5%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
1,8-Diazabicyclo[5.4.0]undec-7-ene, puriss., ≥99.0% (GC)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetonitrile, electronic grade, 99.999% trace metals basis
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Decane, ≥95%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Decane, anhydrous, ≥99%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Ammonium citrate dibasic, ACS reagent, 98%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Ammonium citrate dibasic, puriss., ≥98%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
tert-Butyl hydroperoxide solution, 5.0-6.0 M in nonane
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Tetrazole solution, suitable for DNA synthesis, filtered through a 1 μm filter, ~0.45 M in acetonitrile
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acetonitrile, suitable for DNA synthesis, ≥99.9% (GC)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Supelco
Acetonitrile, Pharmaceutical Secondary Standard; Certified Reference Material
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Supelco
Decane, analytical standard
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Supelco
Acetonitrile, analytical standard
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
3-Hydroxypyridine-2-carboxylic acid, 98%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili