OligoEvaluator™ für T_m-Berechnung & Primer-Analyse

OligoEvaluator™ für DNA- oder RNA-Primer

OligoEvaluator ist ein Werkzeug zur Primeranalyse für Oligonukleotide. Es analysiert die Sekundärstruktur, die Primer-Dimer-Bildung und die physikalischen Eigenschaften von Oligonukleotiden.

Wir freuen uns, den OligoEvaluator™ anbieten zu können, unseren Online-Rechner für Oligonukleotidsequenzen, der Primer-Analysewerte für die PCR liefert:

• Basenzahl
• Molekulargewicht
• Extinktionskoeffizient
• Oligo-Typ

• µg/OD bei 260 nm
  
• Länge (Basenpaare)
• Primer-Schmelztemperatur Tm (°C)

• GC-Gehalt %
  
• GC-Klammer
• Lauflänge (bp)

• Sekundärstruktur
  
• Primer-Dimer-Check
  
• BLAST-Sequenz-Link

Der OligoEvaluator™ ist einfach zu bedienen: Wählen Sie DNA oder RNA aus, fügen Sie Ihre Sequenz ein und klicken Sie auf "Berechnen", damit das OligoEvaluator™-Tool Werte zurückgibt. Alle berichteten Eigenschaften sind für den Export in eine praktische Excel-Vorlage verfügbar.

Berechnen Sie Oligo-Eigenschaften, Resuspension & Verdünnung

Der OligoEvaluator™ besteht aus drei Modulen. Wählen Sie Analyse, um die kompletten Eigenschaften von bis zu 10 Primern auf einmal zu betrachten. Resuspension und Verdünnung sind separate Berechnungsmodule innerhalb des OligoEvaluator™.

Module	Funktionen
Analyse	Geben Sie bis zu 10 Sequenzen auf einmal ein, und das Tool liefert Werte für alle wichtigen physikalischen Eigenschaften wie Molekulargewicht, Schmelztemperatur, Sekundärstruktur und Primer-Dimer-Bildung (Sekundärstruktur und Primer-Dimer-Bildung werden in einem einfach zu interpretierenden Textformat angegeben, z. B.g. Sekundärstruktur - stark)
Resuspendierung	Geben Sie die Menge, die gewünschte Konzentration und das Molekulargewicht ein, und das Tool gibt das Volumen an Wasser oder Puffer zurück, das für die Resuspendierung eines trockenen Oligonukleotids benötigt wird
Verdünnung	Geben Sie die Stammkonzentration (Resuspension), das gewünschte Endvolumen und die gewünschte Endkonzentration ein, und das Tool gibt das für die Verdünnung benötigte Volumen der Stammlösung zurück

Erweiterte Funktionen des Rechners
Merkmal	Beschreibung
Reaktionsbedingungen	Überprüfung der Sekundärstrukturanalyse und der Primer-Dimer-Bildung auf problematische Faltung
BLAST-Suche	Überprüfung auf Oligonukleotid-Sequenzhomologie

Reaktionsbedingungen

Die im OligoEvaluator™-Rechner verwendeten Definitionen und Werte

Parameter	Wert
Oligo-Konzentration	Der Standardwert = 250.0 nM.
Einwertige Ionenkonzentration	Dies ist die Konzentration aller einwertigen Ionen, z.B. K+, die in der Reaktionsmischung vorhanden sind. K+ fördert das Annealing durch Verringerung der Ladungsabstoßung zwischen den negativ geladenen Primern und den Template-Rückgraten. Der Standardwert = 100,0 mM.
Freies Mg++ Ionenkonzentration	Dies ist die Konzentration von Mg2+ (Magnesiumion) in der Reaktionsmischung. Mg2+ ist ein Cofaktor, der von thermostabilen DNA-Polymerasen benötigt wird. Der Standardwert = 5,0 mM.
Gesamtes Na[+]-Äquivalent	Das Natriumäquivalent wird wie folgt berechnet: [Na+] = Einwertige Ionenkonzentration + 4 × (Freies Mg2+) 1/2 (alles in Molarität) Der Standardwert = 382.84 mM
Temperatur für die Berechnung der freien Energie	Dies wird verwendet, um die Gibbssche freie Energie (ΔG) in der Formel: ΔG = ΔH - T ΔS zu berechnen. Der Standardwert = 25,0 °C (298K).

Wie berechnet man die Schmelztemperatur eines Primers?

Der OligoEvaluator™ liefert die Schmelztemperatur für Oligos. Geben Sie einfach Ihre Sequenz in das Berechnungsmodul Analyse ein, und Sie finden die T_m in der siebten Spalte. Die Glühtemperatur sollte normalerweise einige Grad unter dem T_m -Wert liegen. Ausführlichere Informationen zur Schmelztemperatur finden Sie in unserem Artikel über Schmelztemperatur von Oligonukleotiden.

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