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Polymerase-Kettenreaktion (PCR) Anwendungen

RT-PCR-Schritte von der RNA-Isolierung bis zur Amplifikation - Die PCR mit reverser Transkriptase (RT) erfolgt in folgenden Schritten: Isolierung von RNA oder mRNA, Primer-Annealing, Erststrangsynthese und PCR-Amplifikation

Die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) ist eine leistungsstarke molekularbiologische Kerntechnik, die eine effiziente und schnelle in vitro-Methode für die enzymatische Amplifikation spezifischer DNA- oder RNA-Sequenzen aus verschiedenen Quellen darstellt. Eine Standard-PCR besteht aus der Ziel-DNA, einem Satz synthetischer Oligonukleotid-Primer, die die Ziel-DNA-Sequenz flankieren, einer thermostabilen DNA-Polymerase (normalerweise Taq-Polymerase) und Nukleotiden. Bei der Verwendung von Thermocyclern durchläuft jeder Amplifikationszyklus drei Phasen: Denaturierung der doppelsträngigen DNA (dsDNA) in separate einzelsträngige DNA, Annealing der Primer an die Ziel-DNA-Sequenz und Extension, bei der die DNA-Polymerase die DNA von den Primern verlängert und so neue dsDNA mit einem alten und einem neuen Strang erzeugt. Die in einem Zyklus synthetisierten Stränge dienen im nächsten Zyklus als Vorlage, was zu einer millionenfachen Vergrößerung der DNA-Menge in nur 20 Zyklen führt.



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Reverse Transkriptase-PCR (RT-PCR)

RT-PCR, oder reverse Transkriptase-PCR, ist eine Variante der Standard-PCR-Technik, bei der spezifische mRNA aus sehr kleinen Proben amplifiziert wird. Damit entfällt der mühsame Prozess der mRNA-Reinigung, der bei herkömmlichen Klonierungsverfahren erforderlich ist. Bei der RT-PCR werden zusätzlich zu den Standard-PCR-Reagenzien reverse Transkriptase und eine RNA-Probe verwendet. Das Reaktionsgemisch wird auf 37 ˚C erhitzt, so dass die reverse Transkriptase eine komplementäre cDNA-Kopie aus der RNA-Probe herstellen kann. Diese cDNA bindet dann an einen der Primer, was zur Synthese des ersten Strangs führt. Daran schließt sich die Standard-PCR an, bei der schließlich dsDNA erzeugt wird. Die RT-PCR wird häufig mit der Echtzeit-PCR (qPCR) kombiniert, die für die Quantifizierung von Transkriptionsmengen in Zellen und Geweben weit verbreitet ist.

Hot-Start-PCR

Die Hot-Start-PCR ist eine Technologie, die die Hot-Start-Taq-Polymerase oder den Einbau modifizierter dNTPs während des Reaktionsaufbaus hemmt, bis ein Wärmeaktivierungsschritt erfolgt. Es stehen verschiedene Methoden zur Verfügung, um die Aktivität der Hot-Start-Polymerase zu hemmen, darunter chemische Modifikation, Antikörper-vermittelte und Aptamer-vermittelte Methoden.

Endpunkt-PCR für lange und genaue Target-Amplifikation

Die Endpunkt-PCR wird häufig eingesetzt, um das Vorhandensein von Targets und deren relative Häufigkeit am Ende der Reaktion zu bestimmen. Die begrenzte Länge der bei der Standard-PCR erzeugten Sequenzen (ca. 5 kb) wird zum Teil durch die Einbeziehung zusätzlicher Faktoren überwunden, die für eine "Korrekturlese"-Aktivität sorgen. Bei der langen und genauen (LA) PCR wird eine zweite thermostabile Polymerase mit einer 3′→5′-Exonuklease eingesetzt, um terminale Nukleotidfehlverknüpfungen zu reparieren, was zu einer deutlich erhöhten Zuverlässigkeit und der Fähigkeit führt, DNA-Ziele mit einer Länge von bis zu 40 kb zu amplifizieren.

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