OligoEvaluator™ per il calcolo della T_m e l'analisi dei primer

OligoEvaluator™ per primer di DNA o RNA

OligoEvaluator è uno strumento di analisi dei primer per oligonucleotidi. Analizza la struttura secondaria, la formazione del dimero del primer e le caratteristiche fisiche degli oligonucleotidi. 

Siamo lieti di offrire OligoEvaluator™, il nostro calcolatore di sequenze di oligonucleotidi online che fornisce valori di analisi dei primer per la PCR:

• Conteggio basi
• Peso molecolare
• Coefficiente di estinzione
• Tipo di oligo

• µg/OD a 260 nm
  
• Lunghezza (coppie di basi)
• Temperatura di fusione del primer Tm (°C)

• Contenuto GC %
  
• Chiusura GC
• Lunghezza della corsa (bp)

• Struttura secondaria
  
• Verifica del dimero del primer
  
• Collegamento alla sequenza di BLAST

OligoEvaluator™ è facile da usare: selezionate il DNA o l'RNA, incollate la vostra sequenza e fate clic su calcola per ottenere i valori dallo strumento OligoEvaluator™. Tutte le proprietà riportate sono disponibili per l'esportazione in un comodo modello Excel.

Calcolo delle proprietà degli oligo, risospensione e diluizione

OligoEvaluator™ è composto da tre moduli. Scegliete l'analisi per esaminare le proprietà complete di un massimo di 10 primer alla volta. La risospensione e la diluizione sono moduli di calcolo separati all'interno di OligoEvaluator™.

Moduli	Caratteristiche
Analisi	Inserendo fino a 10 sequenze alla volta, lo strumento restituisce i valori di tutte le principali proprietà fisiche, come il peso molecolare, la temperatura di fusione, la struttura secondaria e la formazione del dimero del primer (le informazioni sulla struttura secondaria e sulla formazione del dimero del primer sono fornite in formato testo di semplice interpretazione, ad es.g. struttura secondaria--strong)
Risospensione	Inserendo la quantità, la concentrazione desiderata e il peso molecolare, lo strumento restituisce il volume di acqua o di tampone necessario per risospendere un oligonucleotide secco
Diluizione	Inserire la concentrazione di stock (risospensione), il volume finale desiderato e la concentrazione finale desiderata e lo strumento restituisce il volume di soluzione stock necessario per la diluizione

Caratteristiche avanzate della calcolatrice
Caratteristica	Descrizione
Condizioni di reazione	Esaminare l'analisi della struttura secondaria e la formazione del dimero del primer per verificare la presenza di un ripiegamento problematico
RicercaBLAST	Verifica l'omologia della sequenza oligonucleotidica

Condizioni di reazione

Definizioni e valori utilizzati nel calcolatore OligoEvaluator™

Parametro	Valore
Concentrazione dell'oligo	Il valore predefinito = 250. 0 nM.0 nM.
Concentrazione degli ioni monovalenti	Questa è la concentrazione di tutti gli ioni monovalenti, ad esempio K+, presenti nella miscela di reazione. Il K+ favorisce l'annealing riducendo la repulsione di carica tra i primer e i dorsali del templato caricati negativamente. Il valore predefinito = 100,0 mM.
Concentrazione dello ione Mg++ libero	Questa è la concentrazione di Mg2+  (ione magnesio) nella miscela di reazione. L'Mg2+ è un cofattore richiesto dalle DNA polimerasi termostabili. Il valore predefinito è 5,0 mM.
Totale Na[+] Equivalente	Il sodio equivalente è calcolato come segue: [Na+] = concentrazione dello ione monovalente + 4 × (Mg2+ libero) 1/2 (tutto in molarità) Il valore predefinito = 382.84 mM
Temperatura per il calcolo dell'energia libera	Si utilizza per calcolare l'energia libera di Gibbs (ΔG) nella formula: ΔG = ΔH - T ΔS. Il valore predefinito = 25,0 °C (298K).

Come si calcola la temperatura di annealing di un primer?

OligoEvaluator™ fornisce la temperatura di fusione degli oligo. È sufficiente inserire la sequenza nel modulo Analisi del calcolatore per trovare la T_m riportata nella settima colonna. La temperatura di ricottura dovrebbe di solito essere di diversi gradi inferiore al valore T_m . È possibile trovare informazioni più dettagliate sulla temperatura di fusione nel nostro articolo su Temperatura di fusione degli oligonucleotidi.

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