[コンテンツへスキップ](https://www.sigmaaldrich.com#main-content) [![Merck](https://www.sigmaaldrich.com/static/logos/purple/merck.svg)](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja) 製品 カート0 JPJA 製品 [ログイン / 登録](https://www.sigmaaldrich.com/oidc-sign-in) [注文検索](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/order-lookup) [クイックオーダー](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/quick-order) カート0 [ホーム](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja)[DNAシーケンシング](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/applications/genomics/next-gen-sequencing)ChIC/CUT&RUNデータ解析ツールの概要 # ChIC/CUT&RUNデータ解析ツールの概要 ChIP-seqは、DNAとタンパク質の相互作用を調べるための強力なツールで、転写因子（TF）、ヒストン修飾、染色体DNA結合酵素、シャペロン、またはヌクレオソームの染色体上の位置をマッピングするために使用できます。長年にわたり、クロマチン免疫沈降（ChIP）の基本は変わっていません。感度が制限される高いバックグラウンド、大量の細胞が必要なこと、クロスリンクや可溶化によるアーティファクトの問題も残ったままです。Chromatin ImmunoCleavage（ChIC）は、このような困難な問題や非効率性をChIPに代わって解決する重要な技術です。ChIC技術に基づいて、ゲノムワイドプロファイリングに適用できるようにさらに進化し、作業が簡素化された技術がCleavage Under Targets and Release Using Nuclease（CUT&RUN）です2。使用する抗体に応じて付属のpG-MNまたはpA-MN/pG-MNタンパク質カクテルで選べる3種類のChIC/CUT&RUN ChICキットを、ChICおよびCUT&RUN技術用に開発しました（カタログ番号：CHR100～102）。 ChIC/CUT&RUN法により実験手順は大幅に改善されましたが、得られたシーケンシングデータの処理と解析はChIP-seqの場合と変わっていません。そこで私たちは、先に述べた3つの手法、つまりChIP-seq、ChIC、CUT&RUNに適したデータ処理・解析ツールを開発しました。このツールは現在、ChIC/CUT&RUNキットをご購入いただいたお客様に限り提供しています。ChIP-seqでの実験結果を包括的に解析できます。このツールは、ファイル管理、データ解析および結果レポートという3つのモジュールで構成されています（図1）。 ファイル管理モジュールはさまざまな機能を備え、Illuminaプラットフォームで過去に生成されたバーコード付きのNGSファイル、バーコードなしのNGSファイルどちらも読込みが可能です。また、リードファイルの品質管理（QC）、視覚化、デフォルトの解凍機能、QC要件を満たすためのリードの前処理などの機能があります。各アカウントには50GBのストレージをご用意していますが、アップロードできるファイルサイズは最大で6GBです。 データ解析モジュールは、ピークコール、TF結合プロファイル、および結合性の変化の解析という主要な3つの機能を提供します。データ解析で考慮される因子には、ピークタイプ（narrow peak、broad peak）、サンプルのバーコードの有無、反復数、およびコントロールの有無などがあります。また、結合部位の分布、パスウェイ／GO enrichmentやベン図などさまざまなカテゴリーに基づいて、各解析機能のための多くのアノテーションが用意されています。最新バージョンでは、ヒト（hg38、hg19）、マウス（mm10、mm9）、およびラット（rn6、rn4）を主に考慮しています。 結果モジュールでは、ピークコール、モチーフ検出、結合性の変化、およびそれらのアノテーションのすべてのデータが、該当する結果パネルをクリックするだけで表示されます。ピークコールの結果はサンプルごとに、反復サンプル2つ以上で一致した結果を表示します。この結果は、IGVゲノムブラウザでダウンロード、可視化できます。TF結合プロファイル機能を用いると、選択した上位の結合部位を有するDNAモチーフを特定でき、特定された上位のDNA結合モチーフはさらにJasparデータベースと比較されます。比較結合解析では異なるサンプル／処置間の結合性の相違を調べます（反復回数は使用する方法により異なります）。重要なことは、各タイプの解析のアノテーション結果をダウンロードして表やプロットとして可視化できる点です。ツールに関する詳細は、FAQをご覧ください。 ※初回使用時、データ解析ルールページで画面右のRegister Now をクリックし、ユーザー情報をご登録ください。Order IDの欄は入力なしで登録可能です。入力しSubmit をクリックしたら、弊社にて登録情報を確認いたします。確認が取れましたら、使用開始のメールをお送りいたします。メールが届きましたら、ご利用いただけます。※ご不明な点などございましたら、テクニカルサービスまでお問い合わせください。 ![データ解析のワークフロー](https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/cms-commons/sigmaaldrich/marketing/global/images/technical-documents/articles/genomics/next-gen-sequencing/data-analysis-workflow.png "Data analysis workflow") __図1.__データ解析のワークフロー | | | |--------|------------------------------| | 製品番号 | 製品名 | | CHR100 | ChIC/CUT&RUNキット（pA-MN） | | CHR101 | ChIC/CUT&RUNキット（pG-MN） | | CHR102 | ChIC/CUT&RUNキット（pA-MN/pG-MN） | | CHR103 | ジギトニン溶液－高純度 | ### 参考文献 1\. Schmid M, Durussel T, Laemmli UK. 2004. ChIC and ChEC. Molecular Cell. 16(1):147-157. [https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.09.007](https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.09.007) 2\. Skene PJ, Henikoff JG, Henikoff S. 2018. Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers. Nat Protoc. 13(5):1006-1019. [https://doi.org/10.1038/nprot.2018.015](https://doi.org/10.1038/nprot.2018.015) __関連資料__ - [ChIC/CUT&RUNデータ解析ツール　よくある質問（FAQ）](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/technical-documents/technical-article/genomics/next-gen-sequencing/chic-data-analysis-tool-faq) - [ChIC/CUT&RUNキット](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/technical-documents/technical-article/genomics/next-gen-sequencing/chromatin-immuno-cleavage-chic) - [カスタム次世代シーケンシングオリゴ](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/technical-documents/technical-article/genomics/next-gen-sequencing/custom-next-gen-sequencing-oligos) - [Water for Next-Generation Sequencing](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/technical-documents/technical-article/genomics/next-gen-sequencing/water-for-next-generation-sequencing) - [Modification of the WTA2 Amplification Product for Next Generation Sequencing](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/technical-documents/technical-article/genomics/next-gen-sequencing/wta2-next-gen-sequencing) - [Whole Genome Amplification for Single Cell Biology](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/whole-genome-amplification) - [Whole Transcriptome Amplification of RNA from Low Cell-Number Samples](https://www.sigmaaldrich.com/JP/ja/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/wta-of-rna-low-input) - [Benzonase® Nuclease for Microbiome Workflows](https://www.sigmaaldrich.com/JP/en/technical-documents/technical-article/genomics/dna-and-rna-purification/benzonase-nuclease-microbiome-workflows) TOP __ログインして続行__ 続きを確認するには、ログインするか、新規登録が必要です。 ログイン__アカウントをお持ちではありませんか？__お客様情報を登録 An unknown error has occured. - 日本語 - JA - English - EN [詳細はこちら](https://www.sigmaaldrich.com)