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カスタム次世代シーケンシングオリゴ

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームだけでなく、サンプルフラグメントの適切なアセンブリには、ユニバーサルアダプターとインデックスアダプターが必要です。アダプター、特にMID(マルチプレックスID)またはバーコードを含むインデックスアダプターでは、マルチプレックス実験中に、切断された配列の割合が高すぎる(非常に低純度)または他のアダプターの割合が高すぎる(過剰なクロスコンタミネーション)場合、それぞれシーケンス読み取り完全性不良(過度のアダプター二量体化も)またはシーケンスアセンブリーがうまくいかない可能性があります。こうした問題はデータ分析段階にならなければ検出できず、時間とコストがかかります。

したがって、シーケンシングの成功には、アダプターシーケンスに用いる生産プロセス(HPLCがクロスコンタミネーションを許容できるレベルにまで低くしない理由についての技術資料をご覧ください)が重要です。メルクの次世代シーケンシングオリゴ(NGSO)は厳しい条件下で生産されており、アダプター品質不良のシーケンシングランを排除して、研究、商用、分子診断薬原料のニーズに対する適切な純度と低いクロスコンタミネーションをお約束します(NGSOでの最大読み取り長さアダプターダイマー形成の最小化アダプターキットの生産に関する研究をご覧ください)。 

下のを用いて、3つのサービスのうち、どれがニーズを満たすかを決定してください。主な選択基準は、どのサービスのクロスコンタミネーション上限であれば許容できるか、また品質管理システム(研究と商用にはISO 9001、分子診断薬原料にはISO 1345)です。判断に迷う場合は、Illuminaの装置にはNGSO-Gold、Thermo Fisher(Ion Torrent®)の装置にはNGSO-Silverをお選びください。


1値はこれらのプロセスで生産されたアダプターを用いて外部組織によって確認されました。マルチプレックスシーケンシングはIllumina製装置を用いて実施しました。
2保証収量は20塩基長以上のオリゴヌクレオチドに対して有効


機能的品質管理

NGSO-Bronze、Silver、Goldはプロセスバリデーションを受け、各々が上の表のクロスコンタミネーション上限未満を確保しています。しかし、NGSOアダプターは、出荷前に毎回NGOでの機能試験を実施して実際のクロスコンタミネーション値を出しているわけではありません。NGSによるアダプターの機能品質管理をご希望の場合、リクエストフォーム記入時にボックスにチェックを入れてください。実現可能性評価(プロトコルについてのお客様との相談も含む)を行い、可能であれば価格と推定完了日を含む見積りをお送りします。試験はIllumina製装置で行います。

その他のNGSオリゴヌクレオチド

アダプターのほか、主なシーケンシングプラットフォームでは、追加のステップを実施するため、増幅プライマーなど他のタイプのオリゴヌクレオチドが必要になることがあります(図1)。これらのオリゴヌクレオチドは、アダプターと同様の低いクロスコンタミネーション上限を満たす必要はないので、標準カスタムオリゴDNAとしてご注文いただけます。

一般的な次世代シーケンシングワークフロー

図1.一般的な次世代シーケンシングワークフローと必要なオリゴヌクレオチド

表に示すように、オリゴヌクレオチドの使用目的に合わせた精製をお勧めします。


これらのカスタム次世代シーケンシングオリゴヌクレオチドおよびその他カスタム/プレデザインDNA・qPCRプローブのご注文は、こちらをクリックしてください。

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