カスタム次世代シーケンシングオリゴ

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• 次世代シーケンシングオリゴ仕様
• 機能的品質管理
• その他のNGSオリゴヌクレオチド
• 製品リスト

次世代シーケンシング（NGS）プラットフォームだけでなく、サンプルフラグメントの適切なアセンブリには、ユニバーサルアダプターとインデックスアダプターが必要です。アダプター、特にMID（マルチプレックスID）またはバーコードを含むインデックスアダプターでは、マルチプレックス実験中に、切断された配列の割合が高すぎる（非常に低純度）または他のアダプターの割合が高すぎる（過剰なクロスコンタミネーション）場合、それぞれシーケンス読み取り完全性不良（過度のアダプター二量体化も）またはシーケンスアセンブリーがうまくいかない可能性があります。こうした問題はデータ分析段階にならなければ検出できず、時間とコストがかかります。

したがって、シーケンシングの成功には、アダプターシーケンスに用いる生産プロセスが重要です。メルクの次世代シーケンシングオリゴ（NGSO）は厳しい条件下で生産されており、アダプター品質不良のシーケンシングランを排除することで、研究、商用、分子診断薬原料のニーズを満たす適切な純度と少ないクロスコンタミネーションをお約束します。

下の表を用いて、3つのサービスのうち、どれがニーズを満たすかを決定してください。主な選択基準は、どのサービスのクロスコンタミネーション上限であれば許容できるか、また品質管理システム（研究と商用にはISO 9001、分子診断薬原料にはISO 1345）です。判断に迷う場合は、Illuminaの装置にはNGSO-Gold、Thermo Fisher（Ion Torrent®）の装置にはNGSO-Silverをお選びください。

次世代シーケンシングオリゴ仕様
サービス	NGSO-Bronze	NGSO-Silver	NGSO-Gold
クロス コンタミネーション1	2%未満	1%未満	0.25%未満
スケールと 保証収量2	0.05 µmol（1～3 OD）  0.2 µmol（3～8 OD） 1.0 µmol（9～13 OD）  大スケールについてはお問い合わせください	0.2 µmol （鎖長に応じて 10 nmolまたは2～6 OD） 大スケールについてはお問い合わせください	0.2 µmol（3～8 OD） 1.0 µmol（9～13 OD） または、保証収量：25、50、100、 250、500 nmol mg単位での合成についてはお問い合わせください
精製度	70～85%	65～80%	85～95%
鎖長	10～80塩基	10～60塩基	10～80塩基
修飾	5'-リン酸塩 ホスホロチオエート 5-Me-dC	5'-リン酸塩 ホスホロチオエート 5-Me-dC	5'-リン酸塩 ホスホロチオエート 5-Me-dC
納品形態	乾燥状態でチューブで納品	溶液状態でチューブまたは 96ウェルプレートで納品 標準：100 µM超純水、 TE（10 mM Tris、pH 7.5～8.0、 1 mM EDTA）、またはTris （10 mM Tris-HCl、pH 8.0） お問い合わせ：30～150 µM超純水 またはTE中 30～130 µM/Trisバッファー 混合：可能 duplex：不可	乾燥または超純水 ／バッファーに溶解してチューブで納品 （Poolingおよび Aliquoteも可）
プラットフォーム 適合性	Illumina、Thermo   Fisher（Ion Torrent®）、 PacBio®	Thermo Fisher （Ion Torrent®）	Illumina、Thermo Fisher （Ion Torrent®）、PacBio®
品質管理	100%質量分析 HPLC分析 あり 分析証明書 あり	100%質量分析 HPLC分析あり 試験成績書 あり	100%質量分析 HPLC分析あり 試験成績書 あり
品質管理 システム	ISO 9001	ISO 9001	ISO 13485
一般的な用途	一部遺伝子 またはパネルの ターゲットシーケンシング	SNPジェノタイピングと 遺伝子変異検出	商用キットの 生産

¹値はこれらのプロセスで生産されたアダプターを用いて外部組織によって確認されました。マルチプレックスシーケンシングはIllumina製装置を用いて実施しました。
²保証収量は20塩基長以上のオリゴヌクレオチドに対して有効

機能的品質管理

NGSO-Bronze、Silver、Goldはプロセスバリデーションを受け、各々が上の表のクロスコンタミネーション上限未満を確保しています。しかし、NGSOアダプターは、出荷前に毎回NGOでの機能試験を実施して実際のクロスコンタミネーション値を出しているわけではありません。NGSによるアダプターの機能品質管理をご希望の場合、リクエストフォーム記入時にボックスにチェックを入れてください。実現可能性評価（プロトコルについてのお客様との相談も含む）を行い、可能であれば価格と推定完了日を含む見積りをお送りします。試験はIllumina製装置で行います。

その他のNGSオリゴヌクレオチド

アダプターのほか、主なシーケンシングプラットフォームでは、追加のステップを実施するため、増幅プライマーなど他のタイプのオリゴヌクレオチドが必要になることがあります（図1）。これらのオリゴヌクレオチドは、アダプターと同様の低いクロスコンタミネーション上限を満たす必要はないので、標準カスタムオリゴDNAとしてご注文いただけます。

図1. 一般的な次世代シーケンシングワークフローと必要なオリゴヌクレオチド

表に示すように、オリゴヌクレオチドの使用目的に合わせた精製をお勧めします。

アダプター以外の次世代シーケンシングで使用するオリゴヌクレオチドに対するおすすめの精製
使用する機器のメーカー	Illumina	Thermo Fisher（Ion Torrent®）	PacBio®
増幅プライマー	カートリッジまたはHPLC	日本国内取扱いなし	該当なし
ターゲットキャプチャープローブ	HPLC	HPLC	HPLC
ブロッキングオリゴ	HPLC	HPLC	HPLC
シーケンシングプライマー	カートリッジまたはHPLC	該当なし	カートリッジまたはHPLC
マルチプレックスプライマー	該当なし	該当なし	カートリッジまたはHPLC

製品リスト

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