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NGSライブラリー調製

NGSライブラリー調製

ライブラリー調製は、次世代シーケンシングの最初のステップです。DNAまたはRNAサンプルのシーケンシングを行うには、事前に核酸を単離、断片化、および末端修復してから、ライゲーションまたはタグメンテーションの手法を用いてアダプターと共有結合させる必要があります。十分に準備されたNGSライブラリーの複雑さは、サンプルの複雑さを慎重かつ正確に反映する必要がありますが、ライブラリーの準備中に導入されたバイアスも反映します。次世代シーケンシング用のDNAまたはRNAライブラリーを準備する際の重要な目標は、PCRまたはその他の増幅によって引き起こされるバイアスを減らしながら複雑さを最大化することです。

ワークフローを簡素化し、サンプルの複雑さを正確に表す高品質のDNAまたはRNAライブラリーの準備を容易にすると同時に、全ゲノムシーケンス(WGS)、全トランスクリプトーム分析(WTA)、トータルRNAシーケンス、ならびにmiRNAおよびsmall RNAシーケンスアプリケーションのバイアスを低減するように設計されたNGSライブラリー準備ツールのポートフォリオを提供します。


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ゲノムDNA抽出キット

DNAライブラリー調製では、細胞、組織、またはその他のサンプルタイプから高分子量ゲノムDNA(gDNA)を抽出する必要があります。精製されたゲノムDNAのせん断、生物学的/化学的夾雑物を最小限に抑えなければ、その後の増幅やシーケンシングの反応において最適な性能が得られません。  

Fire Monkey™/Fire Flower™高分子量DNA抽出キットは、せん断を最小限にして低分子核酸の混入を最小限に抑えた、高純度ゲノムDNAの単離を可能にします。

  • Fire Monkey™は、平均鎖長が100 kb超の高分子量DNAを細菌または哺乳動物の細胞から1時間で抽出する、標準的なスピンカラムプロセスです。
  • Fire Flower™は、あらゆるサンプルソースから抽出されたDNAを15分以内でサイズ選択できる、標準的なスピンカラムプロセスです。Fire Flower™は、DNAの断片化を最大30%減少させると同時に、全体の平均鎖長を30 kb増加できます。 

Whole Genome Amplification キット

DNAシーケンス分析は、利用できるサンプルが少量なことや、抽出収率が低いことにより制限を受けることがよくあります。出発物質に制限がある場合は、増幅技術を用いて出発DNAを増量することができます。Whole genome amplification(WGA)を使用すると、インタクトDNAと断片化が進んだDNAの両方のサンプルを、NGSワークフローにインプットするために予備増幅できます。

SeqPlex-I WGAキットでは、少量のDNAや分解した/断片化が進んだDNAを、Illumina®次世代シーケンシング(NGS)フロー細胞に直接インプットするために増幅できます。  

  • わずか100 pgのDNAからシーケンシングを容易に実行
  • プライマーの強化により、全ゲノムの完全カバー、最小限のシーケンスバイアス、および次世代シーケンシング(NGS)に最適な単位複製配列サイズを実現
  • 高い費用対効果:NGSライブラリー調製の追加手順が不要
  • Illumina®次世代シーケンシングに適合

全ゲノム増幅用のSeqPlex Enhanced DNA Amplification キットは、極めて少量のDNAや分解した/断片化が進んだDNAから容易に次世代シーケンシングを実行できるようにデザインされています。このキットは、Illumina®、SOLiD™、または454シーケンシングワークフローに適用できるように開発されました。

  • ランダムプライミング法により、ChIPやFFPEなどの断片化したDNAを増幅
  • わずか100 pgのChIP DNAからシーケンシングを容易に実行
  • プライマーの強化により、全ゲノムの完全カバー、最小限のシーケンスバイアス、およびプライマーの除去を実現
  • 次世代シーケンシング用のIllumina®、SOLiD™、または454ライブラリー調製に適合

全トランスクリプトーム増幅キット

RNA-Seq用NGSライブラリーの調製における主な目的は、バイアスを低く抑えながら、シーケンスの出発プールを完全に表せるようにトランスクリプトームライブラリーの複雑性を最大化することです。ハイスループットな遺伝子発現プロファイリングとトランスクリプトーム分析の場合は、出発RNAが少量なことからRNA-Seqは通常困難を伴います。Whole transcriptome amplification (WTA)を用いれば、少量のRNAから十分な量のシーケンシングターゲットを生成できますが、ライブラリーバイアスを低く抑えるために、特定のmRNAを喪失または変形させない高性能の転写/複写が必要となります。

SeqPlex-I WTAキットは、少量の逆転写されたRNAや分解したDNAを、Illumina®次世代シーケンシング(NGS)フロー細胞に直接インプットするための増幅を可能にします。 

  • 断片化した、または極めて少量の全RNAを増幅します。ランダムプライミング法により、FFPEやRIPを含むあらゆるソースから、断片化したRNAまたはインタクトRNAを容易に増幅します。
  • より完全なトランスクリプトームカバレッジと効率的なプライミングを確保する半縮重ライブラリープライマーデザイン
  • 少ない手順:シーケンシング前のcDNA断片化は不要
  • 高効率:ds-cDNAを8時間以内で増幅
  • 高い費用対効果:NGSライブラリー調製の追加手順が不要
  • Illumina®次世代シーケンシングに適合

全トランスクリプトーム増幅(WTA)用SeqPlex RNA Amplification キットは、少量のRNAや分解した/断片化が進んだRNA(ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織サンプルからのRNAなど)から、次世代シーケンシング(NGS)を容易に実行できるようにデザインされています。SeqPlexキットは、RNAサンプルをNGSワークフローにインプットするための予備増幅を可能にします。

  • ランダムプライミング法により、FFPEやRIPを含むあらゆるソースから、少量の断片化したRNAまたはインタクトRNAを増幅
  • より完全なトランスクリプトームカバレッジと効率的なプライミングのための半縮重ライブラリープライマーデザイン
  • シーケンシング前のDNA断片化不要
  • ds-cDNAを8時間以内で増幅
  • あらゆる次世代シーケンシングプラットフォームに適合(Pacific Bioscience社製を除く)

低分子RNAライブラリー調製

miRNA、siRNA、およびpiRNAなどの低分子RNAの研究に革命をもたらしたNGS技術は、遺伝子発現の転写後調節に極めて重要な役割を果たすことが証明されています。低分子RNAのシーケンシングは、低分子RNAの発見とプロファイリングにとってますます一般的な手法になってきました。しかし、低分子RNAライブラリーの調製法では、特にアダプターライゲーション手順の際に重大なバイアスが入り込むおそれがあります。 

RealSeq®-AC RNAライブラリー調製キットは、NGSに入り込むバイアスを低減できるmiRNAおよび低分子RNAシーケンシングライブラリーを調製するための新たな方法を提供します。新しい単独のアダプターと環状化を用いることにより、RealSeq®はライブラリー調製バイアスを大幅に削減します。この技術により、一般に使用されるシーケンシングライブラリー調製では多くのmiRNAを検出できなくなるという問題が解決されます。

  • 低分子RNAシーケンシングにおけるシーケンシングバイアスを大幅に削減
  • 生物学的に意味のある低分子RNAを正確に定量
  • 新しい低分子RNAのより効率的な発見が可能

ライブラリークリーンナップ

NGSライブラリークリーンナップは、シーケンシングアダプター、PCRプライマー、dNTP、酵素、およびバッファーの夾雑物の除去に関与すると同時に、下流シーケンシングに適したサイズ範囲の核酸の選択を可能にします。ライブラリークリーンナップ法により、収率と発見率が最大化され、生物学的/化学的夾雑物が最小限に抑えられ、シーケンシングのための調製において望ましくない核酸断片やライブラリー分子が除去されます。

HighPrep™ PCR Clean-up System は、効果的なDNA断片の精製と、サイズに応じた単位複製配列の選択のためにデザインされた、常磁性ビーズベースのPCR後クリーンナップ試薬です。DNA断片は磁性ビーズ粒子と選択的に結合するため、この精製では塩、プライマー、プライマーダイマー、およびdNTPが除去されます。磁性ビーズは、NGSのための種々のライブラリー調製化学反応に使用されます。

  • 100 bp超のアンプリコンの高い回収率
  • ハイスループットな液体処理システムに適応可能
  • 100 bp超のアンプリコンの安定した回収率、予測可能かつ一貫したサイズ選択
  • 遠心分離とろ過を不要にすることで高収率と高純度を達成



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